More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ccel_R0026 on replicon NC_011898
Organism: Clostridium cellulolyticum H10



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009253  Dred_R0004  23S ribosomal RNA  85.46 
 
 
3592 bp  789    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0051  23S ribosomal RNA  85.48 
 
 
3592 bp  791    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0032  23S ribosomal RNA  85.46 
 
 
3592 bp  789    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.287543  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0068  23S ribosomal RNA  90.89 
 
 
2908 bp  2095    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00625643  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0048  23S ribosomal RNA  85.48 
 
 
3592 bp  791    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0017  23S ribosomal RNA  85.48 
 
 
3592 bp  791    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0027  23S ribosomal RNA  84.83 
 
 
2933 bp  886    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.373876  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0063  23S ribosomal RNA  84.03 
 
 
2976 bp  769    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0049  23S ribosomal RNA segment  85.93 
 
 
3298 bp  955    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.587428  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0009  23S ribosomal RNA  85.29 
 
 
2912 bp  916    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.363949  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0009  23S ribosomal RNA  100 
 
 
2913 bp  3358    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00195667  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0038  23S ribosomal RNA  100 
 
 
2913 bp  3358    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000518778  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0069  23S ribosomal RNA  86.35 
 
 
2609 bp  906    Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0010  23S ribosomal RNA  83.94 
 
 
2934 bp  761    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.625717 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0059  23S ribosomal RNA  84.83 
 
 
2935 bp  886    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0004  23S ribosomal RNA  84.86 
 
 
2928 bp  904    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0037  23S ribosomal RNA  84.95 
 
 
2927 bp  912    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0017  23S ribosomal RNA  86.65 
 
 
3129 bp  942    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.78829 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0059  23S ribosomal RNA  90.89 
 
 
2908 bp  2095    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00107341  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0017  23S ribosomal RNA  85.85 
 
 
2900 bp  973    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0039  23S ribosomal RNA  90.89 
 
 
2908 bp  2095    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000978357  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0029  23S ribosomal RNA  85.93 
 
 
2900 bp  981    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0090  23S ribosomal RNA  85.85 
 
 
2900 bp  973    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.133955  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0056  23S ribosomal RNA  90.89 
 
 
2908 bp  2095    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000789359  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0084  23S ribosomal RNA  85.93 
 
 
2900 bp  981    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0759493  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0054  23S ribosomal RNA  83.45 
 
 
2969 bp  763    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0006  23S ribosomal RNA  83.45 
 
 
2969 bp  763    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0030  23S ribosomal RNA  84.92 
 
 
2933 bp  894    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0045  23S ribosomal RNA  83.77 
 
 
2976 bp  745    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.570059  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0036  23S ribosomal RNA  84.29 
 
 
2934 bp  793    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0016  23S ribosomal RNA  84.83 
 
 
2933 bp  886    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0203947  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0024  23S ribosomal RNA  84.86 
 
 
2927 bp  904    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0113  23S ribosomal RNA  84.69 
 
 
2927 bp  888    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0067  23S ribosomal RNA  85.93 
 
 
2900 bp  981    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0059  23S ribosomal RNA  83.94 
 
 
2935 bp  761    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0882856  normal  0.887302 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0008  23S ribosomal RNA  84.69 
 
 
3357 bp  773    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.651179  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0054  23S ribosomal RNA segment  85.93 
 
 
3298 bp  955    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.26274  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0027  23S ribosomal RNA  86.65 
 
 
3129 bp  942    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.344785  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0004  23S ribosomal RNA  86.65 
 
 
3129 bp  942    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0020  23S ribosomal RNA  85.29 
 
 
3062 bp  916    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000158535  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0055  23S ribosomal RNA  86.65 
 
 
3129 bp  942    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0639179  decreased coverage  0.00060371 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0064  23S ribosomal RNA  85.29 
 
 
2912 bp  916    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00853635  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0071  23S ribosomal RNA  85.2 
 
 
2912 bp  908    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.19372  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0014  23S ribosomal RNA  100 
 
 
2913 bp  3358    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0264747  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0079  23S ribosomal RNA  85.29 
 
 
2913 bp  916    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.354766  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0020  23S ribosomal RNA  99.97 
 
 
3044 bp  6026    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00975854  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0026  23S ribosomal RNA  100 
 
 
3044 bp  6034    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.0000193882  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0058  23S ribosomal RNA  100 
 
 
2913 bp  3358    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00925109  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0082  23S ribosomal RNA  100 
 
 
3044 bp  6034    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00960446  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0087  23S ribosomal RNA  100 
 
 
3085 bp  3368    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0310291  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0002  23S ribosomal RNA  86.35 
 
 
2609 bp  906    Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000051832  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0041  23S ribosomal RNA  86.25 
 
 
2618 bp  898    Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0588399  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0004  23S ribosomal RNA  84.83 
 
 
2933 bp  886    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0035  23S ribosomal RNA  83.53 
 
 
2969 bp  771    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0021  23S ribosomal RNA  86.35 
 
 
2609 bp  906    Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0062  23S ribosomal RNA  84.92 
 
 
2932 bp  894    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0054  23S ribosomal RNA  84.92 
 
 
2933 bp  894    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0011  23S ribosomal RNA  84.83 
 
 
2933 bp  886    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0118  23S ribosomal RNA  84.83 
 
 
2933 bp  886    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0014745  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0004  23S ribosomal RNA  85.93 
 
 
2900 bp  981    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0050  23S ribosomal RNA  83.94 
 
 
2935 bp  761    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.617817  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0042  23S ribosomal RNA  83.7 
 
 
2936 bp  741    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  unclonable  0.000000000650821 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0099  23S ribosomal RNA  84.83 
 
 
2933 bp  886    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00331289  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0068  23S ribosomal RNA  83.86 
 
 
2935 bp  753    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.502369 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0066  23S ribosomal RNA  84.86 
 
 
2927 bp  904    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0010  23S ribosomal RNA  84.78 
 
 
2927 bp  896    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0092  23S ribosomal RNA  83.86 
 
 
2935 bp  753    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0027  23S ribosomal RNA  84.95 
 
 
2927 bp  912    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0064  23S ribosomal RNA  85.93 
 
 
2900 bp  981    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0008  23S ribosomal RNA segment  85.93 
 
 
3298 bp  955    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0070  23S ribosomal RNA  84.95 
 
 
2927 bp  912    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0030  23S ribosomal RNA segment  85.93 
 
 
3298 bp  955    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00296414  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0031  23S ribosomal RNA  84.69 
 
 
3357 bp  773    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0077  23S ribosomal RNA  85.46 
 
 
3592 bp  789    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0060  23S ribosomal RNA  85.48 
 
 
3592 bp  791    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.129555  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0015  23S ribosomal RNA  85.3 
 
 
2972 bp  821    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.544354  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2999  23S ribosomal RNA  86.25 
 
 
2909 bp  1092    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_3002  23S ribosomal RNA  86.25 
 
 
2908 bp  1092    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_3005  23S ribosomal RNA  86.17 
 
 
2908 bp  1084    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_3008  23S ribosomal RNA  86.17 
 
 
2908 bp  1084    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_3011  23S ribosomal RNA  86.17 
 
 
2908 bp  1084    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_3014  23S ribosomal RNA  86.17 
 
 
2908 bp  1084    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_3017  23S ribosomal RNA  86.17 
 
 
2908 bp  1084    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_3020  23S ribosomal RNA  86.17 
 
 
2907 bp  1084    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r02  23S ribosomal RNA  86.42 
 
 
2908 bp  1094    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r05  23S ribosomal RNA  86.17 
 
 
2908 bp  1084    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r08  23S ribosomal RNA  86.17 
 
 
2908 bp  1084    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r11  23S ribosomal RNA  86.17 
 
 
2908 bp  1084    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r14  23S ribosomal RNA  86.17 
 
 
2908 bp  1084    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r17  23S ribosomal RNA  86.1 
 
 
2908 bp  1076    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r20  23S ribosomal RNA  86.25 
 
 
2908 bp  1092    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r23  23S ribosomal RNA  86.17 
 
 
2908 bp  1084    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r25  23S ribosomal RNA  86.25 
 
 
2907 bp  1092    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r29  23S ribosomal RNA  86.17 
 
 
2907 bp  1084    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0011  23S ribosomal RNA  85.48 
 
 
3529 bp  835    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0016  23S ribosomal RNA  85.48 
 
 
3088 bp  835    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0021  23S ribosomal RNA  85.48 
 
 
3260 bp  835    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0093  23S ribosomal RNA  85.48 
 
 
3592 bp  791    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0087  23S ribosomal RNA  85.76 
 
 
2900 bp  965    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0079  23S ribosomal RNA  83.77 
 
 
2935 bp  745    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>