More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ccel_3248 on replicon NC_011898
Organism: Clostridium cellulolyticum H10



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011898  Ccel_3248  putative sensor with HAMP domain  100 
 
 
600 aa  1214    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2114  putative sensor with HAMP domain  37.93 
 
 
627 aa  191  2.9999999999999997e-47  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.28006  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0994  putative sensor with HAMP domain  32.24 
 
 
603 aa  166  1.0000000000000001e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1646  putative sensor with HAMP domain  30.32 
 
 
617 aa  166  1.0000000000000001e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.177984  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0599  putative sensor with HAMP domain  26.56 
 
 
623 aa  163  8.000000000000001e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.396658  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2008  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.23 
 
 
585 aa  162  1e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2453  histidine kinase  32.91 
 
 
612 aa  159  1e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.000000429093  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3886  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.21 
 
 
580 aa  158  3e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000303887  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1137  putative sensor with HAMP domain  25.81 
 
 
597 aa  157  4e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3406  histidine kinase internal region  32.99 
 
 
603 aa  157  6e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.264135  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1227  histidine kinase  32.07 
 
 
488 aa  155  1e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0578  histidine kinase internal region  28.5 
 
 
604 aa  155  2e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2056  putative sensor with HAMP domain  33.69 
 
 
587 aa  152  1e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2345  sensor histidine kinase  32.09 
 
 
578 aa  149  1.0000000000000001e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0123193  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4590  putative sensor with HAMP domain  31.67 
 
 
577 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3857  signal transduction histidine kinase, LytS  28.53 
 
 
581 aa  149  2.0000000000000003e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000136608  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1339  signal transduction histidine kinase, LytS  33.18 
 
 
426 aa  149  2.0000000000000003e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19850  histidine kinase internal region  32.38 
 
 
595 aa  148  3e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2057  sensor histidine kinase  32.28 
 
 
578 aa  146  8.000000000000001e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0223  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.78 
 
 
502 aa  144  6e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1959  histidine kinase  31.51 
 
 
414 aa  143  9.999999999999999e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2252  histidine kinase internal region  32.49 
 
 
569 aa  142  1.9999999999999998e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2719  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.07 
 
 
576 aa  142  1.9999999999999998e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2140  histidine kinase internal region  30.3 
 
 
564 aa  141  3e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2551  signal transduction histidine kinase, LytS  30.36 
 
 
600 aa  140  7.999999999999999e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0852  putative sensor with HAMP domain  32.83 
 
 
610 aa  140  7.999999999999999e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0863  histidine kinase internal region  32.09 
 
 
599 aa  139  2e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0103  signal transduction histidine kinase, LytS  31.92 
 
 
495 aa  139  2e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0148  putative sensor with HAMP domain  29.24 
 
 
594 aa  138  3.0000000000000003e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0554  sensor histidine kinase  33.08 
 
 
583 aa  137  4e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0538  sensor histidine kinase  30.21 
 
 
583 aa  136  9e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0526  histidine kinase internal region  33.47 
 
 
594 aa  134  3.9999999999999996e-30  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000253378  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1983  putative sensor with HAMP domain  25.79 
 
 
597 aa  133  1.0000000000000001e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.24245  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0495  histidine kinase internal region  28 
 
 
604 aa  132  2.0000000000000002e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3774  signal transduction histidine kinase, LytS  29.24 
 
 
446 aa  131  4.0000000000000003e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.469079  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0398  histidine kinase internal region  27.11 
 
 
567 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1762  signal transduction histidine kinase, LytS  30.81 
 
 
465 aa  129  2.0000000000000002e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.513767  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2170  signal transduction histidine kinase, LytS  31.85 
 
 
581 aa  128  3e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.041747  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0468  signal transduction histidine kinase, LytS  33.33 
 
 
450 aa  127  4.0000000000000003e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0068  signal transduction histidine kinase, LytS  32.89 
 
 
366 aa  127  5e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.361346  normal  0.172153 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1250  signal transduction histidine kinase, LytS  26.47 
 
 
574 aa  125  2e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.888178  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2444  signal transduction histidine kinase, LytS  37.68 
 
 
566 aa  125  2e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.221441  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0494  signal transduction histidine kinase, LytS  33.02 
 
 
645 aa  125  2e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.000000000248497  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1861  signal transduction histidine kinase, LytS  30.57 
 
 
389 aa  125  2e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.923195  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2171  ATP-binding region, ATPase-like  29.5 
 
 
455 aa  125  3e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000346246  normal  0.0306612 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0945  histidine kinase  25.37 
 
 
600 aa  125  3e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3306  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.33 
 
 
483 aa  124  6e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10410  signal transduction histidine kinase, LytS  32.43 
 
 
578 aa  124  6e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000014237  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0292  signal transduction histidine kinase, LytS  35.44 
 
 
506 aa  123  8e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1878  signal transduction histidine kinase, LytS  30.15 
 
 
581 aa  122  9.999999999999999e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.770711  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0059  signal transduction histidine kinase, LytS  28.46 
 
 
557 aa  121  3e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.996795  hitchhiker  0.000632462 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1171  sensor histidine kinase  33.65 
 
 
410 aa  121  3e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.400646  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0058  signal transduction histidine kinase, LytS  28.46 
 
 
557 aa  121  3e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1585  signal transduction histidine kinase, LytS  31.05 
 
 
574 aa  122  3e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1289  signal transduction histidine kinase, LytS  34.93 
 
 
559 aa  121  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2517  sensor histidine kinase  34.93 
 
 
559 aa  121  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2532  sensor histidine kinase  34.93 
 
 
559 aa  121  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6326  signal transduction histidine kinase, LytS  31.73 
 
 
398 aa  121  3.9999999999999996e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.521722 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2670  sensor histidine kinase  34.93 
 
 
559 aa  121  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3612  sensor histidine kinase  34.93 
 
 
559 aa  121  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.857731 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0069  signal transduction histidine kinase, LytS  28.44 
 
 
400 aa  121  3.9999999999999996e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0746502  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4588  signal transduction histidine kinase, LytS  31.48 
 
 
561 aa  121  3.9999999999999996e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02290  predicted sensory kinase in two-component system with YpdB  34.93 
 
 
565 aa  121  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1277  signal transduction histidine kinase, LytS  34.93 
 
 
565 aa  121  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02251  hypothetical protein  34.93 
 
 
565 aa  121  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2749  sensor histidine kinase  34.93 
 
 
559 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1002  sensor histidine kinase  34.13 
 
 
410 aa  120  6e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4300  signal transduction histidine kinase, LytS  29.6 
 
 
557 aa  120  7.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0131803  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5281  signal transduction histidine kinase, LytS  30.27 
 
 
391 aa  120  9e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.119621  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3281  signal transduction histidine kinase, LytS  31.97 
 
 
335 aa  119  9.999999999999999e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2122  histidine kinase internal region  28.48 
 
 
516 aa  119  1.9999999999999998e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.190674  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4032  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.64 
 
 
446 aa  119  1.9999999999999998e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0162124  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0056  signal transduction histidine kinase, LytS  28.06 
 
 
557 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0698199  decreased coverage  0.000000126428 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0054  signal transduction histidine kinase, LytS  28.06 
 
 
557 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0736236  hitchhiker  0.000664675 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0054  signal transduction histidine kinase, LytS  28.06 
 
 
557 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2919  signal transduction histidine kinase, LytS  34.45 
 
 
565 aa  119  1.9999999999999998e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.125544 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3212  histidine kinase internal region  26.29 
 
 
596 aa  118  3e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2114  histidine kinase  27.69 
 
 
607 aa  117  5e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.156393  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2358  signal transduction histidine kinase, LytS  32.56 
 
 
566 aa  117  5e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.551334  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3292  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.92 
 
 
388 aa  117  5e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.210554  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2698  histidine kinase internal region  30.73 
 
 
576 aa  117  6.9999999999999995e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1965  histidine kinase internal region  31.92 
 
 
576 aa  117  6.9999999999999995e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1582  signal transduction histidine kinase, LytS  25.3 
 
 
498 aa  116  1.0000000000000001e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0045193  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1766  signal transduction histidine kinase, LytS  31.22 
 
 
558 aa  116  2.0000000000000002e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.420125  hitchhiker  0.00747728 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2134  signal transduction histidine kinase LytS  28.75 
 
 
394 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.775402  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4305  signal transduction histidine kinase, LytS  34.27 
 
 
654 aa  114  4.0000000000000004e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.119677  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1152  signal transduction histidine kinase, LytS  31.1 
 
 
394 aa  114  4.0000000000000004e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5007  signal transduction histidine kinase, LytS  28.5 
 
 
408 aa  114  5e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.131071  decreased coverage  0.00000540633 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2857  ATP-binding region, ATPase-like  28.57 
 
 
363 aa  114  6e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2761  signal transduction histidine kinase, LytS  28.5 
 
 
394 aa  114  7.000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.175049  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2431  signal transduction histidine kinase, LytS  31.36 
 
 
560 aa  113  8.000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000324417  normal  0.0100076 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2501  signal transduction histidine kinase, LytS  31.36 
 
 
560 aa  113  8.000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.443565  normal  0.0546493 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3263  histidine kinase internal region  31.05 
 
 
397 aa  113  8.000000000000001e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1282  signal transduction histidine kinase, LytS  30.17 
 
 
569 aa  113  9e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0211527 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2593  signal transduction histidine kinase, LytS  31.36 
 
 
560 aa  113  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0091271  hitchhiker  0.0052142 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4559  signal transduction histidine kinase, LytS  29.61 
 
 
409 aa  113  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.646655 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2144  signal transduction histidine kinase, LytS  30.04 
 
 
408 aa  113  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0137321  normal  0.176351 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1721  histidine kinase internal region  29.33 
 
 
573 aa  113  1.0000000000000001e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4493  histidine kinase internal region  27.57 
 
 
408 aa  112  2.0000000000000002e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.555212  normal  0.320157 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07025  histidine kinase  33.01 
 
 
340 aa  111  4.0000000000000004e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>