41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ccel_1259 on replicon NC_011898
Organism: Clostridium cellulolyticum H10



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013411  GYMC61_2705  glycoside hydrolase family 39  62.28 
 
 
503 aa  677    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0184  Xylan 1,4-beta-xylosidase  60.36 
 
 
501 aa  656    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1259  glycoside hydrolase family 39  100 
 
 
501 aa  1048    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2997  Xylan 1,4-beta-xylosidase  47.21 
 
 
514 aa  500  1e-140  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.864666 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33180  beta-xylosidase  46.32 
 
 
520 aa  498  1e-139  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0737494  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3822  Xylan 1,4-beta-xylosidase  44.85 
 
 
518 aa  478  1e-134  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.163293  normal  0.112071 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1978  Xylan 1,4-beta-xylosidase  42.46 
 
 
512 aa  454  1.0000000000000001e-126  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.727016  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2398  Xylan 1,4-beta-xylosidase  43.9 
 
 
519 aa  453  1.0000000000000001e-126  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.274955  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2663  Xylan 1,4-beta-xylosidase  43.64 
 
 
510 aa  445  1.0000000000000001e-124  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0370  Xylan 1,4-beta-xylosidase  43.44 
 
 
509 aa  442  1e-123  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.809464  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0776  glycoside hydrolase family protein  35.87 
 
 
523 aa  326  5e-88  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1297  glycoside hydrolase family 39  36.36 
 
 
523 aa  325  1e-87  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0114  glycoside hydrolase family 39  32.7 
 
 
544 aa  290  4e-77  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.747279  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7193  glycoside hydrolase family 39  32.25 
 
 
548 aa  281  2e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0114061  normal 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3134  glycoside hydrolase family protein  35.89 
 
 
477 aa  280  4e-74  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0820  Xylan 1,4-beta-xylosidase  31.84 
 
 
550 aa  278  2e-73  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3132  xylan 1,4-beta-xylosidase  37.69 
 
 
530 aa  274  3e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.297531 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0187  glycoside hydrolase family 39  38.97 
 
 
388 aa  266  4e-70  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0170  Xylan 1,4-beta-xylosidase  30.86 
 
 
611 aa  202  9.999999999999999e-51  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.268815  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3934  glycoside hydrolase family 39  27.25 
 
 
576 aa  158  3e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.346873 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5268  glycoside hydrolase family 39  25.86 
 
 
561 aa  151  2e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5150  glycoside hydrolase family 39  27.44 
 
 
566 aa  149  1.0000000000000001e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0964315  hitchhiker  0.00110099 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1539  glycoside hydrolase family 39  25.41 
 
 
578 aa  141  3e-32  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.262725 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3952  glycoside hydrolase family 39  23.94 
 
 
542 aa  130  7.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1416  glycoside hydrolase family 39  23.06 
 
 
557 aa  127  3e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.336596  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1362  glycoside hydrolase family protein  24.1 
 
 
557 aa  125  2e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.938738 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0695  glycoside hydrolase family protein  24.24 
 
 
466 aa  86.7  9e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.251112  normal  0.0214921 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2530  glycoside hydrolase family 39  24.29 
 
 
864 aa  68.2  0.0000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0356  hypothetical protein  23.83 
 
 
369 aa  53.5  0.000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000129825  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1344  hypothetical protein  25.66 
 
 
873 aa  50.4  0.00006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.173048  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2109  Carbohydrate-binding family 9  25.76 
 
 
1276 aa  50.4  0.00008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  decreased coverage  0.0000203571  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6399  glycoside hydrolase family 5  24.88 
 
 
415 aa  46.2  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.337804 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1432  AraC family transcriptional regulator  22.05 
 
 
686 aa  45.4  0.002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00438113  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0632  hypothetical protein  26.73 
 
 
809 aa  45.1  0.003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0657  hypothetical protein  26.73 
 
 
809 aa  45.1  0.003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1698  AraC family transcriptional regulator  22.51 
 
 
686 aa  45.1  0.003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000348751  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1063  glycoside hydrolase family 5  26.7 
 
 
398 aa  44.3  0.005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3268  Beta-xylosidase-like protein  25.85 
 
 
444 aa  44.3  0.005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.309548  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3601  hypothetical protein  29.01 
 
 
465 aa  44.3  0.006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.801511  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0790  hypothetical protein  25.58 
 
 
460 aa  43.9  0.008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4305  hypothetical protein  25 
 
 
445 aa  43.5  0.01  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>