82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_8538 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_8538  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 321 aa  644    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000674281  hitchhiker  0.0000867328 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1890  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 120 aa  56.6  0.0000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00515298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1180  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 81 aa  52.8  0.000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.133666  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3920  transcriptional regulator, XRE family  41.54 
 
 		 72 aa  52.4  0.000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00000806628  normal  0.211868 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3871  transcriptional regulator, XRE family  41.54 
 
 		 72 aa  52.4  0.000009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  46.43 
 
 		 72 aa  51.2  0.00002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2401  XRE family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 97 aa  51.6  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000242769  hitchhiker  0.0000223583 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  46.43 
 
 		 72 aa  51.6  0.00002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0794  transcriptional regulator, XRE family  41.1 
 
 		 101 aa  51.2  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.382222 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4210  XRE family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 106 aa  51.6  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0378977 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3445  XRE family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 76 aa  51.2  0.00003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0664347  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1892  XRE family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 390 aa  50.8  0.00003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0261519  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1349  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 97 aa  50.4  0.00004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0677  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 85 aa  50.1  0.00005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00589237 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1265  XRE family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 203 aa  50.1  0.00006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.509144  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5912  XRE family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 213 aa  49.7  0.00007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0340  transcriptional regulator, XRE family  35.87 
 
 		 93 aa  49.3  0.00008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  33.85 
 
 		 77 aa  48.9  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3995  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 120 aa  48.5  0.0002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 230 aa  48.1  0.0002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3132  putative transcription regulator protein  38.27 
 
 		 209 aa  47  0.0004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.25062  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00425  transcriptional regulator, XRE family protein  36.36 
 
 		 67 aa  47  0.0005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0381282  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3812  XRE family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 78 aa  47  0.0005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.497923 
 
 
-
 
NC_002936  DET0873  DNA-binding protein, putative  32.08 
 
 		 222 aa  46.6  0.0006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1135  XRE family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 99 aa  46.6  0.0006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3471  XRE family transcriptional regulator  44.16 
 
 		 197 aa  46.2  0.0007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0455  transcriptional regulator, XRE family  46.43 
 
 		 78 aa  46.2  0.0008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.181853  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05657  putative DNA-binding transcriptional regulatory transcription regulator protein  36 
 
 		 205 aa  46.2  0.0008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2992  transcriptional regulator, XRE family  38.67 
 
 		 188 aa  46.2  0.0008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.537679  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04780  putative transcription regulator protein  36 
 
 		 205 aa  46.2  0.0008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2103  XRE family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 191 aa  46.2  0.0008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0844  transcriptional regulator, XRE family  30.88 
 
 		 142 aa  45.4  0.001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.0958964 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4162  XRE family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 98 aa  45.8  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02070  predicted transcriptional regulator  40 
 
 		 488 aa  45.1  0.001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1786  transcriptional regulator, XRE family  41.79 
 
 		 82 aa  45.4  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.365144  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2624  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 73 aa  45.4  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.930034 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1080  XRE family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 83 aa  45.8  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.492824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 71 aa  45.8  0.001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000391644  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 71 aa  45.8  0.001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3515  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 73 aa  45.1  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4003  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 73 aa  45.1  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.168012 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6405  XRE family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 189 aa  44.7  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146143  normal  0.496408 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0099  transcriptional regulator, XRE family  43.55 
 
 		 194 aa  45.1  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.798061 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0675  XRE family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 213 aa  43.9  0.003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00384462  hitchhiker  0.000593607 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1820  DNA-binding protein  36.67 
 
 		 94 aa  44.3  0.003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0931  DNA-binding protein  36.67 
 
 		 94 aa  44.3  0.003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0364  transcriptional regulator  36.67 
 
 		 94 aa  44.3  0.003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.854921  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0197  DNA-binding protein  36.67 
 
 		 94 aa  44.3  0.003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.846925  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1410  DNA-binding protein  36.67 
 
 		 94 aa  44.3  0.003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 212 aa  44.3  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4180  XRE family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 199 aa  44.3  0.003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0450  DNA-binding protein  36.67 
 
 		 94 aa  44.3  0.003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.40319  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15940  predicted transcriptional regulator  28.32 
 
 		 119 aa  44.3  0.003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0473945  hitchhiker  0.000000239728 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1806  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 86 aa  44.3  0.003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.579392  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1000  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 504 aa  44.3  0.003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0461  XRE family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 97 aa  44.3  0.003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.171408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3508  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 187 aa  43.5  0.004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0510026 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0115  transcriptional regulatory protein  44.62 
 
 		 194 aa  43.5  0.004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0122  XRE family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 91 aa  43.9  0.004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3635  XRE family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 85 aa  43.5  0.005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.314503 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2039  transcriptional regulator, XRE family  42.42 
 
 		 187 aa  43.5  0.005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.558818 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1481  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 		 97 aa  43.5  0.005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.817787 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3530  transcriptional regulator, XRE family  35 
 
 		 97 aa  43.1  0.006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.606022  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5265  XRE family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 219 aa  43.1  0.006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.223709 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1655  helix-turn-helix domain protein  32.47 
 
 		 194 aa  43.1  0.006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000652652  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0002  type II restriction-modification system activator, putative  35 
 
 		 75 aa  43.1  0.006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243501  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4897  XRE family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 219 aa  43.1  0.006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4986  XRE family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 219 aa  43.1  0.006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0533  transcriptional regulator, XRE family  33.73 
 
 		 90 aa  43.1  0.006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0092  XRE family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 210 aa  43.1  0.007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0127  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 193 aa  42.7  0.007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.116873  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1430  transcriptional regulator, XRE family  36 
 
 		 490 aa  42.7  0.008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.236575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1907  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 		 94 aa  42.7  0.008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.512195  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2304  XRE family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 131 aa  42.7  0.008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0985964 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2232  Cro/CI family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 177 aa  42.7  0.008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5196  hypothetical protein  37.14 
 
 		 109 aa  42.7  0.008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3441  XRE family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 187 aa  42.7  0.009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.404086 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3551  transcriptional regulator, XRE family  38.03 
 
 		 196 aa  42.7  0.009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0080  XRE family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 195 aa  42.7  0.009  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0107251  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0364  XRE family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 100 aa  42.4  0.01  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000740846  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0072  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 488 aa  42.4  0.01  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0809805 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5130  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  37.88 
 
 		 188 aa  42.4  0.01  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.87177  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>