230 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_3688 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013131  Caci_3688  transcriptional regulator, SARP family  100 
 
 
348 aa  687    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.240093  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2437  transcriptional activator domain-containing protein  52.53 
 
 
597 aa  256  5e-67  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0868593  normal  0.755858 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2592  SARP family transcriptional regulator  53.06 
 
 
602 aa  253  4.0000000000000004e-66  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0592694 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4209  transcriptional regulator, SARP family  52.87 
 
 
271 aa  231  2e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.645188  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2122  SARP family transcriptional regulator  40.89 
 
 
1071 aa  172  9e-42  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.510059  normal  0.895505 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1211  transcriptional regulator, SARP family  41.89 
 
 
378 aa  168  1e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.705954  normal  0.54501 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0205  transcriptional regulator, SARP family  40.75 
 
 
1088 aa  162  8.000000000000001e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3332  transcriptional regulator, SARP family  40.89 
 
 
1025 aa  159  5e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00786892  normal  0.331119 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33780  DNA-binding transcriptional activator of the SARP family  37.8 
 
 
631 aa  149  6e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00460  DNA-binding transcriptional activator of the SARP family  35.12 
 
 
921 aa  142  9.999999999999999e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.622636 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1461  transcriptional regulator, SARP family  40.46 
 
 
950 aa  142  9.999999999999999e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.250739  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6027  ATPase-like protein  38.06 
 
 
960 aa  140  3.9999999999999997e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.833811  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11293  transcriptional regulatory protein embR  36.61 
 
 
388 aa  139  4.999999999999999e-32  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00670672  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0207  putative transcriptional regulator  36.99 
 
 
453 aa  138  2e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.957987  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3791  transcriptional regulator, SARP family  35.48 
 
 
1022 aa  137  2e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.17753  normal  0.608105 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3099  SARP family transcriptional regulator  38.37 
 
 
654 aa  137  2e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0399621 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6515  transcriptional regulator, SARP family  38.74 
 
 
1004 aa  137  2e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.409149  normal  0.360927 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4249  transcriptional regulator, SARP family  36.36 
 
 
1108 aa  136  4e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.319347 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3484  transcriptional regulator, SARP family  37.76 
 
 
981 aa  136  6.0000000000000005e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3989  transcriptional regulator, SARP family  36.51 
 
 
1003 aa  135  9e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0138619  normal  0.888144 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0576  transcriptional regulator, SARP family  35.38 
 
 
946 aa  135  9e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29840  DNA-binding transcriptional activator of the SARP family  35.87 
 
 
496 aa  135  9.999999999999999e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0857  transcriptional regulator, SARP family  38.93 
 
 
1000 aa  133  3.9999999999999996e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.198633  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2413  SARP family transcriptional regulator  39.36 
 
 
760 aa  132  6e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0215803  normal  0.881826 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4666  transcriptional regulator, winged helix family  36.33 
 
 
1100 aa  132  7.999999999999999e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0465391  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2066  transcriptional regulator, winged helix family  37.8 
 
 
1058 aa  132  7.999999999999999e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0829  ATPase-like protein  36.59 
 
 
1092 aa  131  1.0000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4244  transcriptional activator domain-containing protein  37.8 
 
 
992 aa  130  3e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0384973 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4842  SARP family transcriptional regulator  37.19 
 
 
979 aa  130  4.0000000000000003e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0556456 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3159  SARP family transcriptional regulator  34.69 
 
 
968 aa  129  6e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000459834 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3528  transcriptional regulator, winged helix family  39.17 
 
 
1005 aa  129  9.000000000000001e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.105108  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2636  transcriptional regulator, SARP family  35.32 
 
 
928 aa  128  1.0000000000000001e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.1023  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1385  transcriptional regulator, winged helix family  37.8 
 
 
1186 aa  128  1.0000000000000001e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3190  transcriptional regulator, putative ATPase, winged helix family  36.48 
 
 
919 aa  128  2.0000000000000002e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.134383  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0065  transcriptional regulator, SARP family  34.29 
 
 
934 aa  127  3e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2412  transcriptional regulator, SARP family  37.08 
 
 
370 aa  127  3e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0744334 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4296  transcriptional regulator, SARP family  35.22 
 
 
996 aa  127  3e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.300157  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5783  transcriptional regulator, SARP family  36.33 
 
 
1021 aa  126  4.0000000000000003e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0303431  normal  0.017876 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2956  transcriptional regulator, putative ATPase, winged helix family  37.25 
 
 
1339 aa  125  8.000000000000001e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00898983  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0669  SARP family transcriptional regulator  37.44 
 
 
622 aa  124  3e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5275  transcriptional regulator, SARP family  35.74 
 
 
989 aa  124  3e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5827  transcriptional regulator, SARP family  34.93 
 
 
264 aa  123  4e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.43106  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4174  transcriptional regulator, SARP family  33.2 
 
 
621 aa  123  5e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1634  transcriptional regulator, winged helix family  39.62 
 
 
1058 aa  123  5e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.453274  normal  0.125292 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3100  transcriptional regulator, SARP family  35.8 
 
 
262 aa  123  6e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.534297  normal  0.565651 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13144  transcriptional regulator  31.72 
 
 
297 aa  122  7e-27  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.149221 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6374  transcriptional regulator, winged helix family  36.21 
 
 
1042 aa  122  8e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5141  ATPase-like protein  38.6 
 
 
1072 aa  122  9e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.101031  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6283  transcriptional regulator, SARP family  35.85 
 
 
1022 aa  122  9.999999999999999e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2572  transcriptional regulator, SARP family  36 
 
 
1011 aa  122  9.999999999999999e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2284  transcriptional regulator  34.89 
 
 
952 aa  121  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.195552 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6600  transcriptional activator domain-containing protein  35.56 
 
 
1733 aa  121  1.9999999999999998e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0476  transcriptional regulator, SARP family  37.2 
 
 
639 aa  120  3e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4191  SARP family transcriptional regulator  32.39 
 
 
621 aa  120  3.9999999999999996e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000808201 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0385  transcriptional regulator, SARP family  37.12 
 
 
940 aa  120  3.9999999999999996e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3384  transcriptional regulator, SARP family  34.01 
 
 
1020 aa  119  6e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.799293 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6221  transcriptional regulator, SARP family  39.38 
 
 
931 aa  119  7e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4552  transcriptional regulator  37.14 
 
 
1043 aa  119  9e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.01867 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3884  transcriptional regulator, SARP family  34.59 
 
 
990 aa  118  9.999999999999999e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.039717  normal  0.641225 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3752  transcriptional regulator, SARP family  35.71 
 
 
992 aa  119  9.999999999999999e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0796  transcriptional regulator, SARP family  37.45 
 
 
1033 aa  118  1.9999999999999998e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.64254  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1245  transcriptional regulator, winged helix family  35.12 
 
 
1158 aa  118  1.9999999999999998e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.275106  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2801  transcriptional regulator, SARP family  33.33 
 
 
267 aa  117  3e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000654776  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3563  transcriptional regulator, SARP family  31.62 
 
 
261 aa  117  3e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0709  transcriptional regulator, SARP family  34.69 
 
 
379 aa  117  3.9999999999999997e-25  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.122417  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2572  transcriptional regulator, winged helix family  36.68 
 
 
957 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.526288  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2193  transcriptional regulator, SARP family  37.45 
 
 
385 aa  116  5e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00163999  hitchhiker  0.00133858 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3863  transcriptional regulator, SARP family  33.88 
 
 
981 aa  116  6e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.291313  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2987  SARP family transcriptional regulator  35.02 
 
 
282 aa  115  8.999999999999998e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.232638 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0994  transcriptional regulator, SARP family  32.72 
 
 
995 aa  115  1.0000000000000001e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3059  transcriptional regulator, SARP family  35.2 
 
 
1014 aa  115  2.0000000000000002e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.163733  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2958  transcriptional regulator, SARP family  33.75 
 
 
964 aa  115  2.0000000000000002e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.500488  hitchhiker  0.00113225 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4643  ATPase-like protein  38.53 
 
 
1048 aa  114  2.0000000000000002e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.391035  normal  0.731274 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5260  transcriptional regulator, winged helix family  33.86 
 
 
1093 aa  113  4.0000000000000004e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4694  transcriptional regulator, SARP family  33.2 
 
 
833 aa  114  4.0000000000000004e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0749  transcriptional activator domain protein  32.21 
 
 
1090 aa  113  5e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5071  SARP family transcriptional regulator  30.96 
 
 
296 aa  113  5e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000312862 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6166  transcriptional regulator, SARP family  32.9 
 
 
1036 aa  113  5e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000170258  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0466  transcriptional regulator, winged helix family  34.59 
 
 
1028 aa  113  6e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0132601  decreased coverage  0.000794556 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3571  transcriptional regulator, SARP family  35.16 
 
 
954 aa  113  6e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6503  transcriptional regulator, SARP family  30.77 
 
 
252 aa  111  1.0000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.287037  normal  0.225314 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2604  response regulator receiver protein  35.42 
 
 
489 aa  111  2.0000000000000002e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0367154  normal  0.116577 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5691  transcriptional regulator, SARP family  35.52 
 
 
956 aa  110  2.0000000000000002e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5323  transcriptional regulator, SARP family  35.8 
 
 
1025 aa  111  2.0000000000000002e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0386  SARP family transcriptional regulator  33.46 
 
 
268 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.472284  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3782  transcriptional regulator, SARP family  32.82 
 
 
982 aa  109  5e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.519842  hitchhiker  0.00738187 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3684  transcriptional regulator, SARP family  34.68 
 
 
930 aa  109  7.000000000000001e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.270983 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5616  transcriptional regulator, winged helix family  34.17 
 
 
1097 aa  108  1e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00878101  normal  0.0410106 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4285  ATPase-like protein  35.34 
 
 
1114 aa  108  1e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.660299  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2737  transcriptional activator domain-containing protein  35.54 
 
 
1102 aa  108  2e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.247337  normal  0.588178 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7631  ATPase-like protein  32.65 
 
 
1123 aa  108  2e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.289533  normal  0.197233 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0899  transcriptional regulator, SARP family  36.48 
 
 
919 aa  108  2e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0538686 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1875  transcriptional regulator, SARP family  31.3 
 
 
921 aa  107  2e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0222305  decreased coverage  0.00126827 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4451  transcriptional regulator, SARP family  33.61 
 
 
266 aa  108  2e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7082  transcriptional regulator, SARP family  35.74 
 
 
990 aa  107  3e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.379783 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0853  transcriptional regulator, SARP family  31.8 
 
 
1010 aa  107  3e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4482  transcriptional regulator, SARP family  33.87 
 
 
941 aa  106  6e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.434883  normal  0.14218 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5257  transcriptional regulator, SARP family  35.34 
 
 
655 aa  106  6e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0459808  normal  0.112263 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2178  transcriptional activator domain-containing protein  32.81 
 
 
278 aa  105  9e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2430  transcriptional regulator, SARP family  34.85 
 
 
612 aa  105  1e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00930066 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>