72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_3164 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_3164  batD protein  100 
 
 
581 aa  1174    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.00886751  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1657  BatD protein  37.06 
 
 
584 aa  363  4e-99  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0760039  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3033  hypothetical protein  37.5 
 
 
548 aa  327  5e-88  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0228432  normal  0.0454069 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2605  hypothetical protein  34.68 
 
 
544 aa  327  5e-88  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.634238  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1622  hypothetical protein  35.34 
 
 
544 aa  324  2e-87  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.652102  hitchhiker  0.00000525013 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02707  batD protein  35.55 
 
 
586 aa  323  6e-87  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3095  hypothetical protein  34.13 
 
 
555 aa  319  1e-85  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1591  hypothetical protein  32.6 
 
 
564 aa  318  1e-85  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0414272  unclonable  0.00000000000672446 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1454  hypothetical protein  34.01 
 
 
553 aa  316  8e-85  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  unclonable  0.000000000118146 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1466  hypothetical protein  35.16 
 
 
553 aa  314  1.9999999999999998e-84  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.661911  hitchhiker  0.00237644 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1523  hypothetical protein  40.79 
 
 
586 aa  313  3.9999999999999997e-84  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2862  hypothetical protein  31.86 
 
 
564 aa  312  1e-83  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.307874 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2787  hypothetical protein  31.18 
 
 
564 aa  311  2e-83  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.352279  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2767  hypothetical protein  35.6 
 
 
569 aa  310  2.9999999999999997e-83  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.170207  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1401  hypothetical protein  34.38 
 
 
552 aa  308  2.0000000000000002e-82  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.559389  hitchhiker  0.00000222203 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2466  hypothetical protein  36.91 
 
 
547 aa  305  2.0000000000000002e-81  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.837829  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2432  hypothetical protein  35.06 
 
 
546 aa  303  7.000000000000001e-81  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2174  hypothetical protein  32.75 
 
 
540 aa  298  1e-79  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0809716 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2683  hypothetical protein  33.09 
 
 
544 aa  295  2e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.382096  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3087  hypothetical protein  28.16 
 
 
595 aa  204  3e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.232406  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2817  hypothetical protein  30.55 
 
 
555 aa  203  6e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.683396  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2065  hypothetical protein  25.93 
 
 
543 aa  195  2e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0071  hypothetical protein  29.34 
 
 
566 aa  191  2.9999999999999997e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2934  hypothetical protein  27.82 
 
 
546 aa  187  5e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.707413  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2911  hypothetical protein  26.93 
 
 
549 aa  186  8e-46  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3213  hypothetical protein  27.12 
 
 
546 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.338113 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24380  hypothetical protein  29.17 
 
 
543 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00155106  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2765  hypothetical protein  26.75 
 
 
549 aa  186  1.0000000000000001e-45  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3764  hypothetical protein  30.5 
 
 
551 aa  185  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.137041  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1559  hypothetical protein  29.5 
 
 
544 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.545989  normal  0.355299 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1716  hypothetical protein  30.16 
 
 
552 aa  181  4e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0987625  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1587  hypothetical protein  30.81 
 
 
541 aa  179  1e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00091604 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1731  hypothetical protein  26.6 
 
 
611 aa  178  3e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.187494  normal  0.124659 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2027  hypothetical protein  29.84 
 
 
543 aa  177  4e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.379068  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3715  hypothetical protein  29.58 
 
 
543 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1742  forkhead-associated  24.83 
 
 
570 aa  174  2.9999999999999996e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.607903  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18780  hypothetical protein  28.85 
 
 
544 aa  173  5.999999999999999e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.374717  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1950  hypothetical protein  28.63 
 
 
580 aa  171  3e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.673108  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1108  hypothetical protein  26.8 
 
 
550 aa  162  2e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05142  hypothetical protein  28.57 
 
 
548 aa  161  2e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0522  hypothetical protein  25.51 
 
 
568 aa  162  2e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001267  BatD  26.79 
 
 
548 aa  150  8e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02343  hypothetical protein  26.18 
 
 
585 aa  147  5e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3230  hypothetical protein  26.16 
 
 
571 aa  120  6e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0854  hypothetical protein  23.33 
 
 
589 aa  112  1.0000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.254625  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2466  hypothetical protein  23.85 
 
 
431 aa  78.2  0.0000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.662294 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1010  hypothetical protein  22.75 
 
 
432 aa  73.6  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.456603  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2140  hypothetical protein  21.34 
 
 
458 aa  72.4  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.582958  normal  0.0551076 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1389  hypothetical protein  22.47 
 
 
399 aa  72.8  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.202962  normal  0.150023 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3803  hypothetical protein  27.14 
 
 
447 aa  71.2  0.00000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.853464  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4014  hypothetical protein  27.67 
 
 
386 aa  66.6  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.244675  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0462  hypothetical protein  21.07 
 
 
398 aa  63.9  0.000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3282  hypothetical protein  26.7 
 
 
389 aa  63.9  0.000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.366164  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02130  hypothetical protein  22.53 
 
 
589 aa  61.2  0.00000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0439  hypothetical protein  22.76 
 
 
572 aa  58.9  0.0000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00635902  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4302  hypothetical protein  21.61 
 
 
430 aa  57.8  0.0000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.916619  normal  0.0727326 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1131  hypothetical protein  22.79 
 
 
398 aa  56.6  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3384  hypothetical protein  28.28 
 
 
475 aa  55.8  0.000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.75671 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0569  hypothetical protein  30.37 
 
 
476 aa  55.8  0.000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4530  hypothetical protein  24.19 
 
 
363 aa  53.5  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.744271  normal  0.0474093 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0828  hypothetical protein  20.22 
 
 
438 aa  52.4  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.236177  normal  0.39315 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000304  BatD  23.66 
 
 
438 aa  52.8  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3554  hypothetical protein  29.63 
 
 
472 aa  52  0.00003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0053  hypothetical protein  23.29 
 
 
497 aa  51.2  0.00005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1536  aerotolerance-related protein BatD  22.9 
 
 
584 aa  51.2  0.00005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0248061  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0794  hypothetical protein  19.14 
 
 
426 aa  51.2  0.00006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0490203 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0868  hypothetical protein  19.85 
 
 
440 aa  50.4  0.00008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0571349 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1814  hypothetical protein  21.99 
 
 
446 aa  48.9  0.0003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3053  hypothetical protein  22.47 
 
 
436 aa  47.4  0.0008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0216691  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1585  batD protein  23.14 
 
 
600 aa  47  0.001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1679  hypothetical protein  25.23 
 
 
454 aa  45.1  0.004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0510634  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2394  hypothetical protein  23.44 
 
 
871 aa  44.3  0.006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.579289  normal  0.700613 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>