248 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_1872 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_1872  mur ligase family protein  100 
 
 
584 aa  1202    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.960352  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0085  cyanophycin synthetase  38.14 
 
 
885 aa  224  3e-57  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3565  Mur ligase middle domain-containing protein  28.87 
 
 
538 aa  211  3e-53  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.032833  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4082  cyanophycin synthetase  34.09 
 
 
855 aa  209  8e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.88935 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3969  cyanophycin synthetase  34.09 
 
 
855 aa  209  8e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0703  cyanophycin synthetase  33.85 
 
 
856 aa  209  2e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.331658  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2586  cyanophycin synthetase  33.33 
 
 
856 aa  206  1e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.96396  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1871  cyanophycin synthetase  32.57 
 
 
939 aa  204  3e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1314  cyanophycin synthetase  32.54 
 
 
858 aa  202  9e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.098804  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2398  cyanophycin synthetase  34.17 
 
 
876 aa  201  3e-50  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2250  cyanophycin synthetase  33.59 
 
 
856 aa  198  2.0000000000000003e-49  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.755842  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1350  cyanophycin synthetase  32.17 
 
 
887 aa  197  4.0000000000000005e-49  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3265  cyanophycin synthetase  33.07 
 
 
857 aa  196  1e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.146214  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2477  cyanophycin synthetase  31.27 
 
 
874 aa  196  1e-48  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1114  cyanophycin synthetase  35.2 
 
 
879 aa  195  2e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.654809  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2187  cyanophycin synthetase  31.44 
 
 
874 aa  195  2e-48  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0515  cyanophycin synthetase  35.42 
 
 
906 aa  190  5.999999999999999e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.371154  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2671  cyanophycin synthetase  31.43 
 
 
896 aa  189  1e-46  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.36198  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0670  cyanophycin synthetase  32.17 
 
 
856 aa  187  6e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4040  cyanophycin synthetase  33.75 
 
 
865 aa  184  5.0000000000000004e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000142292 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4854  cyanophycin synthetase  33.17 
 
 
914 aa  184  5.0000000000000004e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2204  cyanophycin synthetase  34.25 
 
 
882 aa  182  1e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0097589  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1058  cyanophycin synthetase  31.83 
 
 
855 aa  182  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0055  cyanophycin synthetase  30.51 
 
 
894 aa  182  2e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0987  cyanophycin synthetase  34.77 
 
 
877 aa  180  5.999999999999999e-44  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0216297 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0960  cyanophycin synthetase  34.77 
 
 
877 aa  180  7e-44  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1814  cyanophycin synthetase  34.96 
 
 
901 aa  180  8e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2672  cyanophycin synthetase  35.48 
 
 
871 aa  179  1e-43  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1023  cyanophycin synthetase  31.23 
 
 
855 aa  178  2e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.434242  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1965  cyanophycin synthetase  32.88 
 
 
902 aa  176  9.999999999999999e-43  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.644693  normal  0.187039 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4152  cyanophycin synthetase  31.14 
 
 
895 aa  175  1.9999999999999998e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.38257  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4989  cyanophycin synthetase  31.54 
 
 
890 aa  172  2e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.267943  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0173  cyanophycin synthetase  31.79 
 
 
881 aa  170  6e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.859046  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1178  cyanophycin synthetase  33.82 
 
 
900 aa  169  9e-41  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5710  cyanophycin synthetase  32.84 
 
 
875 aa  169  1e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.011022 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0635  cyanophycin synthetase  31.44 
 
 
861 aa  168  2e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.298111  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3981  cyanophycin synthetase  33.83 
 
 
861 aa  168  2e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0656  cyanophycin synthetase  31.44 
 
 
861 aa  168  2.9999999999999998e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.271968  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2756  Mur ligase family protein  27.98 
 
 
560 aa  167  5e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13530  cyanophycin synthetase  31.86 
 
 
908 aa  165  2.0000000000000002e-39  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0500694  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0132  cyanophycin synthetase  32.23 
 
 
893 aa  164  3e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.914556  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0617  cyanophycin synthetase  33.88 
 
 
894 aa  164  4.0000000000000004e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.634255  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0873  cyanophycin synthetase  33.82 
 
 
879 aa  163  7e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4852  cyanophycin synthetase  35.6 
 
 
918 aa  159  2e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.744581  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4828  Mur ligase middle domain protein  35.84 
 
 
576 aa  157  6e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1005  cyanophycin synthetase  33.33 
 
 
862 aa  154  4e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.623044 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5803  cyanophycin synthetase  30 
 
 
910 aa  149  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0493543  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1415  cyanophycin synthetase  31.6 
 
 
872 aa  141  3e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.557329 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2585  cyanophycin synthetase  27.62 
 
 
878 aa  132  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.588307  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13520  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  33.52 
 
 
725 aa  132  2.0000000000000002e-29  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0923131  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1989  Mur ligase middle domain-containing protein  26.45 
 
 
427 aa  121  3e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3968  cyanophycin synthetase  28.3 
 
 
886 aa  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4081  cyanophycin synthetase  28.3 
 
 
886 aa  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.664063 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0704  cyanophycin synthetase  27.16 
 
 
883 aa  119  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.183942  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1703  hypothetical protein  23.02 
 
 
395 aa  78.6  0.0000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2251  cyanophycin synthetase  26.07 
 
 
746 aa  77.4  0.0000000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3264  cyanophycin synthetase  24.62 
 
 
751 aa  70.9  0.00000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.480302  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3631  UDP-N-acetylmuramoylalanine--D-glutamate ligase  28.86 
 
 
453 aa  65.5  0.000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.916376 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1315  cyanophycin synthetase  24.51 
 
 
722 aa  63.5  0.00000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.943879  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0050  UDP-N-acetylmuramyl-tripeptide synthetase  23.64 
 
 
516 aa  62.4  0.00000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.046851  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2475  UDP-N-acetylmuramoylalanine--D-glutamate ligase  24.64 
 
 
454 aa  62.4  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0867  UDP-N-acetylmuramyl-tripeptide synthetase  22.15 
 
 
512 aa  61.2  0.00000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.27663  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1022  cyanophycin synthetase  24.27 
 
 
755 aa  60.8  0.00000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2273  UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide--D-alanyl-D- alanine ligase  26.01 
 
 
453 aa  60.1  0.0000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.183699 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0951  UDP-N-acetylmuramyl-tripeptide synthetase  25.95 
 
 
508 aa  59.3  0.0000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0653  UDP-N-acetylmuramyl-tripeptide synthetase  23.97 
 
 
501 aa  58.5  0.0000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2979  UDP-N-acetylmuramyl-tripeptide synthetase  23.51 
 
 
491 aa  58.9  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.313455  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04631  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate--2, 6-diaminopimelate ligase  22.03 
 
 
511 aa  57.8  0.0000006  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2649  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate--2,6-dia minopimelate ligase  23.21 
 
 
493 aa  57  0.000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2414  Mur ligase family protein  24.36 
 
 
401 aa  56.2  0.000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00339863  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0773  UDP-N-acetylmuramyl-tripeptide synthetase  23.61 
 
 
486 aa  56.2  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.03528  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4039  cyanophycin synthetase  23.39 
 
 
727 aa  56.2  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000502251 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0779  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  24.91 
 
 
465 aa  55.5  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.230521  normal  0.687569 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0495  UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide--D-alanyl-D- alanine ligase  26.19 
 
 
468 aa  55.5  0.000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.228882  normal  0.128677 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2371  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate--2, 6-diaminopimelate ligase  24.84 
 
 
493 aa  55.1  0.000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00139261  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2103  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  24.53 
 
 
465 aa  54.7  0.000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.188407  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2609  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate--2, 6-diaminopimelate ligase  23.99 
 
 
493 aa  54.7  0.000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000060186 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1076  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  24.73 
 
 
467 aa  54.7  0.000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.345566  normal  0.594453 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0408  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate--2, 6-diaminopimelate ligase  21.31 
 
 
511 aa  54.7  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.966635  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_04321  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate--2, 6-diaminopimelate ligase  21.55 
 
 
511 aa  54.7  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2983  FolC bifunctional protein  25.96 
 
 
421 aa  54.3  0.000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00108921  normal  0.642049 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3181  hypothetical protein  19.13 
 
 
394 aa  54.3  0.000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2609  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2, 6-diaminopimelate ligase  24.76 
 
 
492 aa  53.9  0.000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00917658  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3741  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate--2, 6-diaminopimelate ligase  23.08 
 
 
491 aa  53.9  0.000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0565201  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1006  cyanophycin synthetase  20.95 
 
 
744 aa  53.9  0.000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.264367 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0264  UDP-N-acetylmuramyl pentapeptide synthase  23.96 
 
 
455 aa  53.5  0.00001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3416  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  23.5 
 
 
478 aa  53.1  0.00001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.971134 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0690  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  24.33 
 
 
465 aa  52.4  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.451277 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2564  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate--2, 6-diaminopimelate ligase  22.83 
 
 
491 aa  52.4  0.00002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0043883  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2792  UDP-N-acetylmuramyl-tripeptide synthetase  24.19 
 
 
529 aa  53.1  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_04741  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate--2, 6-diaminopimelate ligase  21.8 
 
 
511 aa  52.4  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.712955  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0293  UDP-N-acetylmuramyl-tripeptide synthetase  23.08 
 
 
489 aa  52.4  0.00002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.826887  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4015  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate--2, 6-diaminopimelate ligase  23.4 
 
 
491 aa  52.4  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.51232  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2451  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  24.92 
 
 
481 aa  52.8  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3980  cyanophycin synthetase  25.12 
 
 
723 aa  52.8  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3656  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate--2, 6-diaminopimelate ligase  23.08 
 
 
491 aa  52  0.00003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3929  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate--2, 6-diaminopimelate ligase  23.08 
 
 
491 aa  52  0.00003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00101431 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0657  cyanophycin synthetase  25.12 
 
 
727 aa  52  0.00003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3960  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate--2, 6-diaminopimelate ligase  23.72 
 
 
491 aa  51.6  0.00004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03263  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate--2,6- diaminopimelate ligase  23.82 
 
 
515 aa  51.6  0.00004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.585417  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>