30 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_0087 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002977  MCA1585  fatty acid cis/trans isomerase, putative  43.08 
 
 
783 aa  660    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000315  fatty acid cis/trans isomerase  43.39 
 
 
784 aa  681    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.365709  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3808  fatty acid cistrans isomerase  42.28 
 
 
797 aa  653    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3990  fatty acid cistrans isomerase  42.6 
 
 
797 aa  654    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06117  hypothetical protein  43.97 
 
 
781 aa  690    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3865  fatty acid cistrans isomerase  42.6 
 
 
797 aa  654    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1691  fatty acid cistrans isomerase  44.03 
 
 
784 aa  680    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.370066  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0485  fatty acid cis/trans isomerase  43.72 
 
 
766 aa  674    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0799567  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0451  fatty acid cistrans isomerase  42.66 
 
 
797 aa  656    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0501  fatty acid cistrans isomerase  42.51 
 
 
797 aa  666    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3530  fatty acid cistrans isomerase  42.66 
 
 
797 aa  667    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0500  fatty acid cistrans isomerase  42.53 
 
 
797 aa  662    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3300  fatty acid cistrans isomerase  43.09 
 
 
798 aa  669    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0087  fatty acid cis/trans isomerase  100 
 
 
774 aa  1610    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1806  fatty acid cis/trans isomerase, putative  41.85 
 
 
798 aa  629  1e-179  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.356281  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1983  fatty acid cistrans isomerase  37.86 
 
 
766 aa  508  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.346862 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2376  fatty acid cistrans isomerase  37.73 
 
 
766 aa  503  1e-141  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28770  Fatty acid cistrans isomerase  36.8 
 
 
756 aa  502  1e-141  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3319  fatty acid cistrans isomerase  37.86 
 
 
795 aa  501  1e-140  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.115406 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1889  fatty acid cistrans isomerase  36.79 
 
 
766 aa  496  1e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.521979  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2160  fatty acid cistrans isomerase  36.15 
 
 
758 aa  491  1e-137  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.279202  normal  0.0207501 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2733  esterified fatty acid cis/trans isomerase  36.56 
 
 
770 aa  488  1e-136  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.135603  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40640  cis/trans isomerase  35.78 
 
 
762 aa  482  1e-134  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3106  Fatty acid cistrans isomerase  35.58 
 
 
764 aa  482  1e-134  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3446  cis/trans isomerase  35.39 
 
 
762 aa  477  1e-133  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.662328  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0376  cis/trans isomerase  34.3 
 
 
827 aa  458  1e-127  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.799569 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0362  fatty acid cistrans isomerase  35.65 
 
 
788 aa  448  1.0000000000000001e-124  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2064  fatty acid cis/trans isomerase, putative  34.3 
 
 
784 aa  431  1e-119  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2184  Planctomycete cytochrome C  42 
 
 
646 aa  46.2  0.002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0961  hypothetical protein  27.87 
 
 
729 aa  45.1  0.005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.0000000466384  normal  0.0803995 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>