229 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_2525 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008261  CPF_2515  tRNA-Gly  100 
 
 
75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0285567  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2525  tRNA-Gly  100 
 
 
75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000000865266  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2628  tRNA-Gly  100 
 
 
75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2219  tRNA-Gly  100 
 
 
75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000214695  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2229  tRNA-Gly  100 
 
 
75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000000227331  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2314  tRNA-Gly  100 
 
 
75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2155  tRNA-Gly  97.33 
 
 
75 bp  133  6e-30  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.903819  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1866  tRNA-Gly  97.33 
 
 
75 bp  133  6e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0037  tRNA-Gly  88 
 
 
75 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000929008  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0052  tRNA-Gly  88 
 
 
75 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000418671  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0014  tRNA-Gly  88 
 
 
75 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000685902  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0044  tRNA-Gly  88 
 
 
75 bp  77.8  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.108076  normal  0.0172925 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0027  tRNA-Gly  91.38 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.012963  normal  0.0666996 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0030  tRNA-Gly  91.38 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.554651 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0032  tRNA-Gly  91.38 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.520916  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0041  tRNA-Gly  87.67 
 
 
75 bp  73.8  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0179504  normal  0.583011 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0038  tRNA-Gly  87.67 
 
 
75 bp  73.8  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.259846  hitchhiker  0.000504235 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0046  tRNA-Gly  87.5 
 
 
72 bp  71.9  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0354159  normal  0.0175465 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0001  tRNA-Gly  93.75 
 
 
75 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0003  tRNA-Gly  86.67 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.100529 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0019  tRNA-Gly  86.67 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0005  tRNA-Gly  86.67 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.104558 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0038  tRNA-Gly  86.67 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.657012 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0001  tRNA-Gly  86.67 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.155271 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0009  tRNA-Gly  86.67 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.740273  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0036  tRNA-Gly  86.67 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0039  tRNA-Gly  86.67 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.697108 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0041  tRNA-Gly  86.67 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.689762 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0021  tRNA-Gly  86.67 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.953121  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0027  tRNA-Gly  93.48 
 
 
75 bp  67.9  0.0000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133114  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0021  tRNA-Gly  91.84 
 
 
75 bp  65.9  0.000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.101366  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0018  tRNA-Gly  89.47 
 
 
73 bp  65.9  0.000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.746026  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0040  tRNA-Gly  87.69 
 
 
75 bp  65.9  0.000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0861757  normal  0.0439849 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0018  tRNA-Gly  91.84 
 
 
75 bp  65.9  0.000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0035  tRNA-Gly  86.3 
 
 
75 bp  65.9  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.724762  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0066  tRNA-Gly  97.3 
 
 
75 bp  65.9  0.000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000558399  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0039  tRNA-Gly  89.47 
 
 
73 bp  65.9  0.000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.433295  normal  0.207379 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0034  tRNA-Gly  89.47 
 
 
73 bp  65.9  0.000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0037  tRNA-Gly  89.47 
 
 
73 bp  65.9  0.000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt52  tRNA-Gly  91.67 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.894326 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0005  tRNA-Gly  88.33 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0281079  normal  0.0361726 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0049  tRNA-Gly  88.33 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000536409  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0025  tRNA-Gly  88.33 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  85.33 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  85.33 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.308145  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0002  tRNA-Gly  85.33 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.101258 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0024  tRNA-Gly  85.33 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.664304  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0025  tRNA-Gly  85.33 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.89126  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0035  tRNA-Gly  85.33 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000144039  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0028  tRNA-Gly  85.33 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.500637 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0026  tRNA-Gly  85.33 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0017  tRNA-Gly  85.33 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0047  tRNA-Gly  85.33 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0323697  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0048  tRNA-Gly  85.33 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0037  tRNA-Gly  85.33 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000000985709  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0040  tRNA-Gly  85.33 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000154862  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0042  tRNA-Gly  85.33 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000166139  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0070  tRNA-Gly  85.33 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.361889  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0043  tRNA-Gly  85.33 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0017  tRNA-Gly  85.33 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0045  tRNA-Gly  85.33 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.356708  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0040  tRNA-Gly  85.33 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0018  tRNA-Gly  85.33 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0063  tRNA-Gly  85.33 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.131328  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0055  tRNA-Gly  94.87 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.623163  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0006  tRNA-Gly  85.33 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.588385  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0066  tRNA-Gly  85.33 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0028  tRNA-Gly  85.33 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.30863e-30 
 
 
-
 
NC_002950  PGt13  tRNA-Gly  91.3 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0027  tRNA-Gly  87.93 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16780  tRNA-Gly  87.1 
 
 
72 bp  60  0.00000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.189854  normal  0.0581004 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0030  tRNA-Gly  87.1 
 
 
72 bp  60  0.00000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00403555 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0020  tRNA-Gly  90 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.748277  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0112  tRNA-Gly  91.3 
 
 
72 bp  60  0.00000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0043  tRNA-Gly  87.1 
 
 
72 bp  60  0.00000008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.0622835 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0050  tRNA-Gly  91.3 
 
 
72 bp  60  0.00000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16750  tRNA-Gly  87.1 
 
 
72 bp  60  0.00000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.190541  normal  0.0593144 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0034  tRNA-Gly  87.93 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0046  tRNA-Gly  85.14 
 
 
75 bp  60  0.00000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0040  tRNA-Gly  91.3 
 
 
72 bp  60  0.00000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0631602  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0105  tRNA-Gly  91.3 
 
 
72 bp  60  0.00000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.904682  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0094  tRNA-Gly  91.3 
 
 
72 bp  60  0.00000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000000022711  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0035  tRNA-Gly  87.1 
 
 
72 bp  60  0.00000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.443699  normal  0.0257466 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0034  tRNA-Gly  91.3 
 
 
72 bp  60  0.00000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  89.8 
 
 
75 bp  58  0.0000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000588237  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Gly-4  tRNA-Gly  89.8 
 
 
75 bp  58  0.0000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0024  tRNA-Gly  86.15 
 
 
75 bp  58  0.0000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0028  tRNA-Gly  87.72 
 
 
73 bp  58  0.0000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0030  tRNA-Gly  87.72 
 
 
73 bp  58  0.0000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0078  tRNA-Gly  89.8 
 
 
75 bp  58  0.0000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0028  tRNA-Gly  87.72 
 
 
73 bp  58  0.0000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.179764  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0035  tRNA-Gly  87.72 
 
 
73 bp  58  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0034  tRNA-Gly  87.72 
 
 
73 bp  58  0.0000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.793072  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0043  tRNA-Gly  87.72 
 
 
73 bp  58  0.0000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00050261  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0040  tRNA-Gly  87.72 
 
 
73 bp  58  0.0000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0053459  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0031  tRNA-Gly  87.72 
 
 
73 bp  58  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000337509 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0024  tRNA-Gly  87.72 
 
 
73 bp  58  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.129235  normal  0.301569 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14880  tRNA-Gly  89.58 
 
 
76 bp  56  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.67591  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0016  tRNA-Gly  89.58 
 
 
76 bp  56  0.000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.290546  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0020  tRNA-Gly  89.58 
 
 
76 bp  56  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>