More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_2012 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008261  CPF_2012  transcriptional regulator NrdR  100 
 
 
149 aa  296  8e-80  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.37372  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1730  transcriptional regulator NrdR  98.66 
 
 
149 aa  293  6e-79  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0593738  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1998  transcriptional regulator NrdR  63.76 
 
 
158 aa  202  1e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000130508  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1510  transcriptional regulator NrdR  64.19 
 
 
153 aa  197  3e-50  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000423148  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09190  ATP-cone domain protein  57.72 
 
 
151 aa  197  5e-50  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000241232  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0450  transcriptional regulator NrdR  59.46 
 
 
151 aa  196  6e-50  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00111  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1070  transcriptional regulator NrdR  55.7 
 
 
150 aa  190  5e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000102337  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0793  transcriptional regulator NrdR  56.38 
 
 
153 aa  190  5e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0548  transcriptional regulator NrdR  57.05 
 
 
153 aa  189  8e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000060118  unclonable  2.0296800000000001e-26 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4711  transcriptional regulator NrdR  57.05 
 
 
153 aa  189  8e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000000383164  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4476  transcriptional regulator NrdR  57.05 
 
 
153 aa  189  8e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000265338  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4311  transcriptional regulator NrdR  57.05 
 
 
153 aa  189  8e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  1.8117699999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4322  transcriptional regulator NrdR  57.05 
 
 
153 aa  189  8e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000178124  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4695  transcriptional regulator NrdR  57.05 
 
 
153 aa  189  8e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.91866e-60 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4690  transcriptional regulator NrdR  57.05 
 
 
153 aa  189  8e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000176675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4824  transcriptional regulator NrdR  57.05 
 
 
153 aa  189  8e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000114279  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4705  transcriptional regulator NrdR  57.05 
 
 
153 aa  189  8e-48  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000119407  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2665  transcriptional regulator NrdR  56.38 
 
 
153 aa  188  2e-47  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00143728  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3266  transcriptional regulator NrdR  56.38 
 
 
153 aa  188  2.9999999999999997e-47  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000209294  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2059  transcriptional regulator NrdR  54.36 
 
 
154 aa  187  2.9999999999999997e-47  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000239578  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4411  transcriptional regulator NrdR  56.38 
 
 
153 aa  187  5.999999999999999e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000407341  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1549  ATP-cone domain protein  53.02 
 
 
163 aa  177  4.999999999999999e-44  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000415369  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1200  ATP-cone domain protein  55.1 
 
 
155 aa  175  2e-43  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2725  transcriptional regulator NrdR  52.7 
 
 
153 aa  174  5e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000561851  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2835  transcriptional regulator NrdR  51.01 
 
 
155 aa  173  8e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0802183  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2927  transcriptional regulator NrdR  51.01 
 
 
155 aa  172  9.999999999999999e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2743  transcriptional regulator NrdR  51.01 
 
 
156 aa  172  9.999999999999999e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2732  transcriptional regulator NrdR  51.68 
 
 
162 aa  172  9.999999999999999e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0692  transcriptional regulator NrdR  50.34 
 
 
158 aa  172  1.9999999999999998e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.663246  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1444  transcriptional regulator NrdR  51.35 
 
 
157 aa  171  2.9999999999999996e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4090  ATP-cone domain protein  54.36 
 
 
154 aa  170  7.999999999999999e-42  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1244  transcriptional regulator NrdR  48.99 
 
 
154 aa  168  2e-41  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000621144  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0949  hypothetical protein  54.42 
 
 
150 aa  167  5e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.00000000456921  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0157  transcriptional regulator NrdR  51.7 
 
 
150 aa  165  2e-40  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0794  transcriptional regulator NrdR  54.36 
 
 
148 aa  164  2.9999999999999998e-40  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.610189  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1623  transcriptional regulator NrdR  51.01 
 
 
150 aa  163  6.9999999999999995e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000406382  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0356  transcriptional regulator NrdR  50.34 
 
 
159 aa  163  6.9999999999999995e-40  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.0000016324  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4041  transcriptional regulator NrdR  49.32 
 
 
163 aa  163  8e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1597  transcriptional regulator NrdR  52.35 
 
 
150 aa  163  8e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000000794729  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_285  transcriptional regulator  50 
 
 
175 aa  162  1.0000000000000001e-39  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000377399  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0323  transcriptional regulator NrdR  49.32 
 
 
175 aa  163  1.0000000000000001e-39  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.00000000111081  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0344  transcriptional regulator NrdR  48.65 
 
 
175 aa  162  2.0000000000000002e-39  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0225239  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1687  transcriptional regulator NrdR  52.35 
 
 
150 aa  161  3e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1249  transcriptional regulator NrdR  47.97 
 
 
156 aa  161  3e-39  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0638697  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1003  transcriptional regulator NrdR  51.02 
 
 
156 aa  161  3e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000818068  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3025  transcriptional regulator NrdR  51.01 
 
 
150 aa  160  4.0000000000000004e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.304834  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1225  transcriptional regulator NrdR  51.01 
 
 
150 aa  160  4.0000000000000004e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.123121 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1623  transcriptional regulator NrdR  49.66 
 
 
159 aa  159  1e-38  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00056172  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0768  ATP-cone domain protein  50.34 
 
 
148 aa  159  1e-38  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.376123  normal  0.291011 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2184  transcriptional regulator NrdR  51.68 
 
 
150 aa  159  1e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000132804  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1418  transcriptional regulator NrdR  47.3 
 
 
154 aa  158  2e-38  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000085641  hitchhiker  0.00000000000128798 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1743  transcriptional regulator NrdR  46.62 
 
 
156 aa  158  3e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1777  transcriptional regulator NrdR  46.62 
 
 
156 aa  158  3e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1748  transcriptional regulator NrdR  51.68 
 
 
150 aa  157  5e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0805744  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1156  transcriptional regulator NrdR  48.98 
 
 
153 aa  157  5e-38  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1887  ATP-cone domain protein  45.33 
 
 
176 aa  155  2e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1690  transcriptional regulator NrdR  50.34 
 
 
159 aa  154  3e-37  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.137573  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04031  transcriptional regulator NrdR  50.34 
 
 
159 aa  154  3e-37  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.5904 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07390  transcriptional regulator NrdR  46.26 
 
 
147 aa  154  3e-37  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.000000247789  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1401  transcriptional regulator NrdR  48.99 
 
 
154 aa  154  5.0000000000000005e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.124878  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3491  transcriptional regulator NrdR  46.31 
 
 
180 aa  154  5.0000000000000005e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03481  transcriptional regulator NrdR  46.94 
 
 
157 aa  154  5.0000000000000005e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10820  transcriptional regulator NrdR  48.65 
 
 
149 aa  153  6e-37  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000000786411  unclonable  0.00000000140885 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1608  ATP-cone domain protein  47.62 
 
 
148 aa  153  6e-37  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000000998314  hitchhiker  0.000000000000175991 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4029  ATP-cone domain protein  44.22 
 
 
184 aa  152  2e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00292973 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1579  transcriptional regulator NrdR  47.33 
 
 
157 aa  150  4e-36  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000136219  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1376  transcriptional regulator NrdR  45.64 
 
 
151 aa  150  4e-36  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0578  transcriptional regulator NrdR  47.33 
 
 
157 aa  150  4e-36  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2875  transcriptional regulator NrdR  48.3 
 
 
156 aa  150  5e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.362854  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1866  transcriptional regulator NrdR  44.22 
 
 
158 aa  149  1e-35  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.610385  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_22151  transcriptional regulator NrdR  43.54 
 
 
158 aa  149  1e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0279  transcriptional regulator NrdR  44.3 
 
 
174 aa  149  2e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00520187  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1697  transcriptional regulator NrdR  49.29 
 
 
150 aa  148  3e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3071  transcriptional regulator NrdR  44.22 
 
 
179 aa  147  5e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3049  transcriptional regulator NrdR  44.22 
 
 
179 aa  147  5e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.0000710191  normal  0.330337 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0989  transcriptional regulator NrdR  45.27 
 
 
152 aa  147  7e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.38462  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1310  transcriptional regulator NrdR  48.3 
 
 
149 aa  146  1.0000000000000001e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0729  transcriptional regulator NrdR  47.62 
 
 
165 aa  145  2.0000000000000003e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1381  transcriptional regulator NrdR  44.97 
 
 
149 aa  145  2.0000000000000003e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00201754  hitchhiker  0.0000201211 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1161  transcriptional regulator NrdR  44.3 
 
 
149 aa  145  2.0000000000000003e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000702599  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_03461  transcriptional regulator NrdR  47.62 
 
 
159 aa  145  2.0000000000000003e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3251  transcriptional regulator NrdR  44.97 
 
 
152 aa  145  2.0000000000000003e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0472  transcriptional regulator NrdR  47.62 
 
 
163 aa  144  3e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.687081  hitchhiker  0.000432977 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0266  transcriptional regulator NrdR  49.66 
 
 
154 aa  144  3e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0296  transcriptional regulator NrdR  47.62 
 
 
163 aa  144  3e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2033  transcriptional regulator NrdR  46.94 
 
 
150 aa  145  3e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1558  ATP-cone domain protein  46.98 
 
 
172 aa  144  5e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.609001  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2080  transcriptional regulator NrdR  49.66 
 
 
151 aa  143  6e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000471331  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0689  hypothetical protein  44.3 
 
 
154 aa  142  1e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3858  transcriptional regulator NrdR  44.3 
 
 
155 aa  142  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1272  transcriptional regulator NrdR  43.62 
 
 
149 aa  142  1e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00612779  hitchhiker  0.000000016525 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11380  transcriptional regulator NrdR  43.62 
 
 
154 aa  142  1e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.165423  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1044  transcriptional regulator NrdR  43.62 
 
 
175 aa  142  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3459  transcriptional regulator NrdR  46.98 
 
 
156 aa  142  2e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.007384 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2779  transcriptional regulator NrdR  43.62 
 
 
149 aa  142  2e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.392187  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0789  transcriptional regulator NrdR  45.77 
 
 
155 aa  141  2e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0165247  normal  0.0364138 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1584  transcriptional regulator NrdR  44.3 
 
 
150 aa  141  3e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03371  transcriptional regulator NrdR  44.9 
 
 
159 aa  141  3e-33  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03381  transcriptional regulator NrdR  45.58 
 
 
159 aa  140  4e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.36226  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02986  transcriptional regulator NrdR  46.26 
 
 
149 aa  140  4e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000784776  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>