More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_1962 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008261  CPF_1962  50S ribosomal protein L19  100 
 
 
115 aa  223  5.0000000000000005e-58  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1680  50S ribosomal protein L19  100 
 
 
117 aa  207  3e-53  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.167471  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1708  50S ribosomal protein L19  70.54 
 
 
114 aa  163  6.9999999999999995e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00482278  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2403  50S ribosomal protein L19  64.35 
 
 
115 aa  162  1.0000000000000001e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000572528  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0714  50S ribosomal protein L19  70.91 
 
 
116 aa  162  2.0000000000000002e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000264859  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07000  LSU ribosomal protein L19P  69.09 
 
 
114 aa  160  7e-39  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.00000223468  normal  0.416824 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1093  ribosomal protein L19  64.35 
 
 
116 aa  154  4e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000484447  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1404  ribosomal protein L19  63.64 
 
 
115 aa  153  6e-37  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000000243932  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3419  ribosomal protein L19  65.18 
 
 
116 aa  153  8e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.30141  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1986  ribosomal protein L19  64.04 
 
 
118 aa  152  1e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0765  50S ribosomal protein L19  63.3 
 
 
114 aa  151  4e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000000038778  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2050  50S ribosomal protein L19  64.04 
 
 
115 aa  150  7e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000005578  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2492  50S ribosomal protein L19  62.83 
 
 
114 aa  149  1e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000053876  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0983  50S ribosomal protein L19  59.82 
 
 
120 aa  148  3e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.337107 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0666  50S ribosomal protein L19  59.82 
 
 
114 aa  147  4e-35  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3590  50S ribosomal protein L19  63.21 
 
 
118 aa  147  5e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09790  LSU ribosomal protein L19P  64.29 
 
 
119 aa  147  5e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.54883  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3755  50S ribosomal protein L19  63.64 
 
 
113 aa  147  5e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000580352  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0807  50S ribosomal protein L19  62.5 
 
 
116 aa  147  7e-35  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  unclonable  0.000000000000011018  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1201  50S ribosomal protein L19  60.87 
 
 
115 aa  146  8e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000297862  normal  0.163388 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0971  50S ribosomal protein L19  63.39 
 
 
113 aa  146  1.0000000000000001e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000149666  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10370  LSU ribosomal protein L19P  63.64 
 
 
114 aa  145  1.0000000000000001e-34  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.00000106379  unclonable  0.000000000798252 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1325  50S ribosomal protein L19  62.5 
 
 
116 aa  145  1.0000000000000001e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000150512  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1300  50S ribosomal protein L19  62.5 
 
 
116 aa  145  1.0000000000000001e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000000348159  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0972  50S ribosomal protein L19  58.41 
 
 
128 aa  145  2.0000000000000003e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000207565  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1366  ribosomal protein L19  59.13 
 
 
114 aa  144  3e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1305  50S ribosomal protein L19  60.18 
 
 
114 aa  144  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000000891936  unclonable  6.6564e-26 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3887  50S ribosomal protein L19  60.18 
 
 
114 aa  144  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000863076  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3882  50S ribosomal protein L19  60.18 
 
 
114 aa  144  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000143455  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3938  50S ribosomal protein L19  60.18 
 
 
114 aa  144  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000138289  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3691  50S ribosomal protein L19  60.18 
 
 
114 aa  144  4.0000000000000006e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000105797  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3581  50S ribosomal protein L19  60.18 
 
 
114 aa  144  4.0000000000000006e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  2.43871e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3599  50S ribosomal protein L19  60.18 
 
 
114 aa  144  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000284782  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3853  50S ribosomal protein L19  60.18 
 
 
114 aa  144  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  9.655990000000001e-63 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3978  50S ribosomal protein L19  60.18 
 
 
114 aa  144  4.0000000000000006e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.000000000000147607  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0228  ribosomal protein L19  59.82 
 
 
119 aa  144  4.0000000000000006e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.309115  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4003  ribosomal protein L19  61.9 
 
 
118 aa  144  4.0000000000000006e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2185  50S ribosomal protein L19  61.32 
 
 
114 aa  143  1e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0675384  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3663  50S ribosomal protein L19  59.29 
 
 
114 aa  142  1e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000597471  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1152  50S ribosomal protein L19  62.26 
 
 
118 aa  142  1e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0252856 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1557  50S ribosomal protein L19  61.32 
 
 
121 aa  142  1e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.940156  normal  0.0562207 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3002  50S ribosomal protein L19  56.36 
 
 
115 aa  141  2e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00296936  normal  0.559161 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3044  50S ribosomal protein L19  56.36 
 
 
115 aa  141  2e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00272781  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1299  ribosomal protein L19  63.39 
 
 
115 aa  141  3e-33  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0178063  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5922  ribosomal protein L19  59.82 
 
 
119 aa  140  4e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0433266  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1149  50S ribosomal protein L19  56.76 
 
 
128 aa  140  5e-33  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000797714  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1373  LSU ribosomal protein L19P  60.55 
 
 
113 aa  140  6e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000974692  normal  0.351017 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3132  ribosomal protein L19  60.95 
 
 
116 aa  140  6e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000124659  normal  0.100655 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1198  50S ribosomal protein L19  59.82 
 
 
118 aa  140  6e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.633617  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1630  ribosomal protein L19  61.9 
 
 
113 aa  140  6e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1309  50S ribosomal protein L19  58.93 
 
 
118 aa  140  8e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0190  50S ribosomal protein L19  55.75 
 
 
133 aa  140  9e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2090  ribosomal protein L19  60.95 
 
 
113 aa  139  9e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.218135  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4170  50S ribosomal protein L19  60.95 
 
 
113 aa  139  9.999999999999999e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1831  50S ribosomal protein L19  56.25 
 
 
117 aa  139  9.999999999999999e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0901138 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1491  50S ribosomal protein L19  60.71 
 
 
116 aa  139  9.999999999999999e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.00000000425706  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1402  ribosomal protein L19  58.93 
 
 
117 aa  138  1.9999999999999998e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00379521 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0661  50S ribosomal protein L19  58.04 
 
 
115 aa  138  1.9999999999999998e-32  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00126623  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0098  50S ribosomal protein L19  58.04 
 
 
117 aa  139  1.9999999999999998e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000154416  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07350  ribosomal protein L19  60.71 
 
 
124 aa  139  1.9999999999999998e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000105105  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12918  50S ribosomal protein L19  61.9 
 
 
113 aa  138  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.766698 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0789  50S ribosomal protein L19  54.46 
 
 
127 aa  138  1.9999999999999998e-32  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  9.23665e-16  unclonable  1.39809e-28 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1497  ribosomal protein L19  60.95 
 
 
113 aa  138  1.9999999999999998e-32  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0292174  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1950  50S ribosomal protein L19  60.95 
 
 
113 aa  138  3e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.648342 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1970  50S ribosomal protein L19  60.95 
 
 
113 aa  138  3e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.101301  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2016  50S ribosomal protein L19  60.95 
 
 
113 aa  138  3e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.854674 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0544  50S ribosomal protein L19  54.78 
 
 
115 aa  137  3.9999999999999997e-32  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.0000438423  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2257  50S ribosomal protein L19  58.56 
 
 
115 aa  137  4.999999999999999e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00054587  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1144  50S ribosomal protein L19  54.87 
 
 
115 aa  137  6e-32  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.0000000366814  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2192  50S ribosomal protein L19  59.05 
 
 
113 aa  137  6e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0700622  normal  0.135045 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03477  50S ribosomal protein L19  57.14 
 
 
117 aa  137  7e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002539  LSU ribosomal protein L19p  57.14 
 
 
117 aa  137  7e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000131397  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2479  50S ribosomal protein L19  58.18 
 
 
119 aa  136  7.999999999999999e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0120015  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0198  ribosomal protein L19  60.91 
 
 
115 aa  136  1e-31  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  unclonable  0.00000000492639  normal  0.504324 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1767  50S ribosomal protein L19  58.56 
 
 
120 aa  136  1e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00973634  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1743  50S ribosomal protein L19  58.56 
 
 
120 aa  136  1e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0698  ribosomal protein L19  58.18 
 
 
113 aa  135  1e-31  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.00000000127437  hitchhiker  0.00000355367 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0302  ribosomal protein L19  56.36 
 
 
116 aa  136  1e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000000399217  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2219  50S ribosomal protein L19  57.27 
 
 
119 aa  135  2e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000293705 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3013  50S ribosomal protein L19  55.86 
 
 
119 aa  135  2e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.028124  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0885  50S ribosomal protein L19  58.41 
 
 
119 aa  135  3.0000000000000003e-31  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.0069103  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2536  ribosomal protein L19  56.36 
 
 
118 aa  134  3.0000000000000003e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.123548  normal  0.284207 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0507  50S ribosomal protein L19  57.52 
 
 
116 aa  134  3.0000000000000003e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1454  ribosomal protein L19  62.61 
 
 
124 aa  134  4e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.1354  normal  0.387508 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3758  50S ribosomal protein L19  56.25 
 
 
118 aa  134  4e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000121347  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2549  50S ribosomal protein L19  59.46 
 
 
130 aa  134  5e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.00000000188294  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0913  ribosomal protein L19  56.76 
 
 
119 aa  134  5e-31  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09190  LSU ribosomal protein L19P  55.45 
 
 
117 aa  134  5e-31  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0652  50S ribosomal protein L19  56.25 
 
 
117 aa  134  6.0000000000000005e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.520317  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2304  ribosomal protein L19  55.36 
 
 
117 aa  133  7.000000000000001e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000000980437  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0648  50S ribosomal protein L19  54.46 
 
 
118 aa  132  9.999999999999999e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1213  50S ribosomal protein L19  54.46 
 
 
117 aa  132  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000888328  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1360  50S ribosomal protein L19  54.46 
 
 
117 aa  132  9.999999999999999e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1257  50S ribosomal protein L19  54.46 
 
 
117 aa  132  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000504967  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2866  50S ribosomal protein L19  54.63 
 
 
118 aa  132  9.999999999999999e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000321036  hitchhiker  0.000000487764 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0650  50S ribosomal protein L19  54.46 
 
 
115 aa  132  9.999999999999999e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0345381  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1171  50S ribosomal protein L19  54.46 
 
 
117 aa  132  9.999999999999999e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000000251517  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1043  50S ribosomal protein L19  60.36 
 
 
120 aa  132  9.999999999999999e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.00000555964  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1031  ribosomal protein L19  56.76 
 
 
124 aa  132  9.999999999999999e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.980143  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3014  50S ribosomal protein L19  54.46 
 
 
117 aa  132  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000550721  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>