30 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_1048 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011080  SNSL254_A3201  L-fucose isomerase  59.18 
 
 
591 aa  732    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2489  L-fucose isomerase  60.94 
 
 
593 aa  738    Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02614  hypothetical protein  59.52 
 
 
586 aa  734    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2073  L-fucose isomerase  60.1 
 
 
604 aa  741    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09570  L-fucose isomerase  63.76 
 
 
603 aa  791    Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0410  L-fucose isomerase  61.27 
 
 
606 aa  753    Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.308786  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3213  L-fucose isomerase  62.21 
 
 
596 aa  749    Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0870  L-fucose isomerase  55.52 
 
 
590 aa  664    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4066  L-fucose isomerase  59.52 
 
 
591 aa  734    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.456623  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3301  L-fucose isomerase  59.18 
 
 
591 aa  732    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3121  L-fucose isomerase  59.18 
 
 
591 aa  732    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.413677  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3138  L-fucose isomerase  59.18 
 
 
591 aa  731    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.653551 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3186  L-fucose isomerase  59.01 
 
 
591 aa  729    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.290864  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02653  L-fucose isomerase  59.12 
 
 
591 aa  735    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1832  L-fucose isomerase  58.67 
 
 
592 aa  693    Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.275484  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2943  L-fucose isomerase  59.69 
 
 
591 aa  735    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.301551  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0910  L-fucose isomerase  59.52 
 
 
591 aa  734    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3155  L-fucose isomerase  87.27 
 
 
597 aa  1109    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3107  L-fucose isomerase  59.52 
 
 
591 aa  733    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000142364  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2946  L-fucose isomerase  59.52 
 
 
591 aa  734    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.355752  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1448  L-fucose isomerase  61.43 
 
 
588 aa  751    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1048  L-fucose isomerase  100 
 
 
597 aa  1241    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0886  L-fucose isomerase  59.52 
 
 
591 aa  734    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3126  L-fucose isomerase 2 domain-containing protein  23.9 
 
 
470 aa  102  2e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0738965  normal  0.0115763 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1608  L-fucose isomerase-like protein  23.7 
 
 
471 aa  96.3  1e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3069  L-fucose isomerase  67.24 
 
 
65 aa  93.6  1e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00585923  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0610  L-fucose isomerase N-terminal_2 domain-containing protein  26.7 
 
 
473 aa  92  3e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.194613  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0624  L-fucose isomerase 1 domain-containing protein  27.15 
 
 
473 aa  90.9  6e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0832  L-fucose isomerase  22.4 
 
 
477 aa  73.9  0.000000000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0071314  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3985  L-fucose isomerase _2 domain protein  22.6 
 
 
471 aa  68.2  0.0000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.372603  normal  0.849599 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>