34 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_1016 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008261  CPF_1016  putative type II restriction endonuclease  100 
 
 		 495 aa  1008    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.000000561814  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1854  DNA mismatch repair enzyme MutH  40 
 
 		 467 aa  268  1e-70  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1358  DNA mismatch repair protein  33.97 
 
 		 502 aa  217  4e-55  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  unclonable  0.0000249397  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0083  DNA mismatch repair enzyme MutH  32.41 
 
 		 482 aa  209  1e-52  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    unclonable  0.00000000253451 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl307  type II restriction enzyme Sau3AI, GATC site  31.54 
 
 		 452 aa  129  1.0000000000000001e-28  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00000109234  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1037  DNA mismatch repair protein  27.98 
 
 		 223 aa  56.6  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000023466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1131  DNA mismatch repair protein  25.65 
 
 		 224 aa  55.8  0.000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000941126  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3400  DNA mismatch repair protein  27.51 
 
 		 230 aa  53.1  0.00001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00030218  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1226  DNA mismatch repair protein  27.03 
 
 		 231 aa  52.8  0.00001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000502045  hitchhiker  0.00825632 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0903  DNA mismatch repair protein  27.51 
 
 		 231 aa  52.8  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00317572  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1548  DNA mismatch repair protein  25 
 
 		 224 aa  51.6  0.00003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1436  DNA mismatch repair protein  23.91 
 
 		 224 aa  51.6  0.00003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00966  DNA mismatch repair protein  27.23 
 
 		 226 aa  51.6  0.00003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3199  DNA mismatch repair protein  28.06 
 
 		 228 aa  50.8  0.00006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000169255  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0862  DNA mismatch repair protein  26.6 
 
 		 224 aa  50.4  0.00008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000278549  normal  0.0577392 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1141  DNA mismatch repair protein  25.93 
 
 		 223 aa  49.3  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000591813  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004432  DNA mismatch repair endonuclease MutH  26.18 
 
 		 226 aa  48.9  0.0002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000291849  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2831  DNA mismatch repair protein  21.81 
 
 		 225 aa  48.1  0.0003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3626  DNA mismatch repair protein  22.92 
 
 		 222 aa  48.1  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.544284  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0568  DNA mismatch repair protein  26.4 
 
 		 222 aa  48.1  0.0004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.128312  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3825  DNA mismatch repair protein  25.91 
 
 		 228 aa  46.6  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000312374  normal  0.472471 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1032  DNA mismatch repair protein  25.4 
 
 		 228 aa  46.6  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000109163  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3242  DNA mismatch repair protein  25.4 
 
 		 228 aa  46.6  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.0000000000170849  normal  0.0183168 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0980  DNA mismatch repair protein  25.4 
 
 		 228 aa  46.6  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000587199  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3019  DNA mismatch repair protein  24.6 
 
 		 228 aa  45.4  0.002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000000328639  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3031  DNA mismatch repair protein  24.87 
 
 		 229 aa  45.1  0.003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000733589  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03711  DNA mismatch repair protein  20.97 
 
 		 225 aa  43.9  0.006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.60827  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02640  hypothetical protein  24.35 
 
 		 229 aa  43.5  0.008  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00000402159  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02679  DNA mismatch repair protein  24.35 
 
 		 229 aa  43.5  0.008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000579311  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2978  DNA mismatch repair protein  24.35 
 
 		 229 aa  43.5  0.008  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.65444e-17  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0859  DNA mismatch repair endonuclease mutH  24.35 
 
 		 229 aa  43.5  0.008  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000402017  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0884  DNA mismatch repair protein  24.35 
 
 		 229 aa  43.5  0.009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000023918  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4098  DNA mismatch repair protein  24.35 
 
 		 229 aa  43.5  0.009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000707245  hitchhiker  0.00136585 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3151  DNA mismatch repair protein  24.35 
 
 		 229 aa  43.5  0.009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000414624  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>