More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_3161 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008255  CHU_3161  50S ribosomal protein L4  100 
 
 
208 aa  415  9.999999999999999e-116  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.614669 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4344  50S ribosomal protein L4  67.31 
 
 
209 aa  297  8e-80  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000409516  normal  0.126717 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5786  ribosomal protein L4/L1e  62.5 
 
 
209 aa  284  7e-76  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.116422 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0396  50S ribosomal protein L4  62.75 
 
 
209 aa  273  1.0000000000000001e-72  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05720  50S ribosomal protein L4  57.49 
 
 
208 aa  262  3e-69  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.316206  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1148  50S ribosomal protein L4  57.97 
 
 
209 aa  259  2e-68  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0000671055  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0603  ribosomal protein L4/L1e  57.84 
 
 
209 aa  249  1e-65  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0196  50S ribosomal protein L4  59.62 
 
 
210 aa  249  3e-65  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.371225 
 
 
-
 
NC_002950  PG1937  50S ribosomal protein L4  55.56 
 
 
209 aa  242  3e-63  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1616  ribosomal protein L4/L1e  51.22 
 
 
212 aa  213  1.9999999999999998e-54  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2422  50S ribosomal protein L4  49.28 
 
 
208 aa  204  1e-51  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00578828  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1850  50S ribosomal protein L4  49.28 
 
 
208 aa  202  2e-51  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.264817  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2228  50S ribosomal protein L4  48.56 
 
 
208 aa  199  1.9999999999999998e-50  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169782  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0181  50S ribosomal protein L4  47.34 
 
 
208 aa  197  7e-50  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000196789  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0112  50S ribosomal protein L4  47.32 
 
 
207 aa  191  9e-48  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000123482  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2063  50S ribosomal protein L4  46.38 
 
 
208 aa  189  2e-47  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000340203  normal  0.385687 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2295  50S ribosomal protein L4  47.83 
 
 
208 aa  189  2.9999999999999997e-47  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0333756  hitchhiker  0.00351228 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0290  50S ribosomal protein L4  47.34 
 
 
212 aa  189  4e-47  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0843  ribosomal protein L4/L1e  43 
 
 
214 aa  186  2e-46  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0108  50S ribosomal protein L4  45.85 
 
 
207 aa  185  3e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0105  50S ribosomal protein L4  44.39 
 
 
207 aa  183  1.0000000000000001e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000104823  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0111  50S ribosomal protein L4  44.39 
 
 
207 aa  182  3e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000572324  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0132  50S ribosomal protein L4  44.39 
 
 
207 aa  182  3e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000136863  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0111  50S ribosomal protein L4  44.39 
 
 
207 aa  182  3e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000900585  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0107  50S ribosomal protein L4  44.39 
 
 
207 aa  182  3e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  2.56557e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0105  50S ribosomal protein L4  44.39 
 
 
207 aa  182  3e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000256275  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0142  50S ribosomal protein L4  44.39 
 
 
207 aa  182  3e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000690155  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0111  50S ribosomal protein L4  44.39 
 
 
207 aa  182  3e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000163463  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5194  50S ribosomal protein L4  44.39 
 
 
207 aa  182  3e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000834057  unclonable  1.98377e-25 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0123  50S ribosomal protein L4  44.39 
 
 
207 aa  182  3e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.21989e-61 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0106  50S ribosomal protein L4  43.9 
 
 
207 aa  181  7e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000544936  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0216  50S ribosomal protein L4  46.34 
 
 
206 aa  179  2e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000320704  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0287  50S ribosomal protein L4  46.12 
 
 
206 aa  178  5.999999999999999e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0371511  hitchhiker  0.00627174 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0197  50S ribosomal protein L4  45.31 
 
 
207 aa  169  2e-41  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00203095  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3666  50S ribosomal protein L4  42.16 
 
 
206 aa  165  4e-40  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000305367  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0868  50S ribosomal protein L4  40.69 
 
 
206 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000685593  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0423  50S ribosomal protein L4  40.49 
 
 
207 aa  163  2.0000000000000002e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000203712  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2276  50S ribosomal protein L4  40.89 
 
 
207 aa  161  6e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000009811  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2317  50S ribosomal protein L4  40.89 
 
 
207 aa  161  6e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000134967  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2332  ribosomal protein L4/L1e  40.78 
 
 
207 aa  160  9e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000847375  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2459  50S ribosomal protein L4P  40.98 
 
 
207 aa  160  1e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0863955 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1830  50S ribosomal protein L4  39.9 
 
 
207 aa  159  2e-38  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0478396  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1482  50S ribosomal protein L4  42.41 
 
 
207 aa  158  6e-38  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000984788  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0695  50S ribosomal protein L4  41.06 
 
 
208 aa  157  8e-38  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4916  ribosomal protein L4/L1e  41.06 
 
 
209 aa  157  9e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.1186  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0059  50S ribosomal protein L4  40.58 
 
 
207 aa  156  2e-37  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0599605  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16230  ribosomal protein L4  41.67 
 
 
207 aa  156  2e-37  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.308573  decreased coverage  0.0000000146284 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0290  ribosomal protein L4/L1e  40.58 
 
 
208 aa  155  4e-37  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00437959  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1523  ribosomal protein L4/L1e  40 
 
 
207 aa  155  5.0000000000000005e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.790483  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1183  ribosomal protein L4/L1e  43.07 
 
 
208 aa  155  5.0000000000000005e-37  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000000599505  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01180  ribosomal protein L4/L1e  43.92 
 
 
209 aa  154  9e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000715314  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0292  50S ribosomal protein L4  40.49 
 
 
205 aa  154  1e-36  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000472593  unclonable  1.9716100000000001e-28 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl124  50S ribosomal protein L4  40.58 
 
 
208 aa  153  2e-36  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000604234  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1906  50S ribosomal protein L4  41.06 
 
 
207 aa  153  2e-36  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000000335339  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0954  50S ribosomal protein L4  39.45 
 
 
221 aa  152  2.9999999999999998e-36  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.000000111144  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0266  50S ribosomal protein L4  43.3 
 
 
200 aa  152  4e-36  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000651042  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0702  50S ribosomal protein L4  42.33 
 
 
206 aa  151  7e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000569503  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1744  50S ribosomal protein L4  39.51 
 
 
208 aa  151  7e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000318286  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2904  50S ribosomal protein L4  39.02 
 
 
208 aa  150  8.999999999999999e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000879055  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2710  ribosomal protein L4/L1e  38.05 
 
 
206 aa  150  1e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000254915  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1556  ribosomal protein L4/L1e  42.93 
 
 
207 aa  150  1e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0427554  normal  0.977876 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0193  ribosomal protein L4/L1e  38.76 
 
 
214 aa  149  4e-35  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0226  ribosomal protein L4/L1e  39.71 
 
 
207 aa  149  4e-35  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0195  LSU ribosomal protein L4P  39.51 
 
 
207 aa  148  5e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00135777  normal  0.0747506 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2713  50S ribosomal protein L4  37.75 
 
 
204 aa  147  8e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10010  LSU ribosomal protein L4P  43 
 
 
207 aa  147  1.0000000000000001e-34  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.0000045126  hitchhiker  0.00000000148432 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0080  50S ribosomal protein L4  40.61 
 
 
206 aa  147  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.186923 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2401  50S ribosomal protein L4  37.07 
 
 
208 aa  147  1.0000000000000001e-34  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000036372  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3447  50S ribosomal protein L4  40.98 
 
 
206 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.628566 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0982  ribosomal protein L4/L1e  37.75 
 
 
209 aa  146  3e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.532922  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2398  50S ribosomal protein L4  37.25 
 
 
204 aa  145  3e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000730975  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2560  50S ribosomal protein L4/L1e  39.23 
 
 
210 aa  145  4.0000000000000006e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0559575  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0596  50S ribosomal protein L4P  41.67 
 
 
207 aa  145  5e-34  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000475036  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1837  ribosomal protein L4/L1e  40.57 
 
 
215 aa  144  7.0000000000000006e-34  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00300997  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2856  50S ribosomal protein L4  40.21 
 
 
207 aa  144  1e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.400345  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5069  50S ribosomal protein L4  40.98 
 
 
206 aa  144  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.312873  normal  0.444752 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0789  50S ribosomal protein L4  37.9 
 
 
221 aa  143  2e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1347  50S ribosomal protein L4  37.86 
 
 
206 aa  143  2e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1573  ribosomal protein L4/L1e  39.02 
 
 
207 aa  142  3e-33  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000791532  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1137  50S ribosomal protein L4  36.82 
 
 
223 aa  140  9e-33  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000824266  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0759  50S ribosomal protein L4  38.05 
 
 
207 aa  140  9.999999999999999e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000566858  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1068  50S ribosomal protein L4  40.29 
 
 
207 aa  140  9.999999999999999e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000351414  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3666  50S ribosomal protein L4  40.1 
 
 
206 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3704  50S ribosomal protein L4  39 
 
 
210 aa  139  3e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1680  50S ribosomal protein L4  36.23 
 
 
206 aa  139  3.9999999999999997e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.097299  hitchhiker  0.0000499421 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2296  50S ribosomal protein L4  39.02 
 
 
206 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0627  50S ribosomal protein L4  39.68 
 
 
220 aa  138  4.999999999999999e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000530014  hitchhiker  0.00000000000031805 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2256  50S ribosomal protein L4  37.06 
 
 
206 aa  138  4.999999999999999e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000129639  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2064  50S ribosomal protein L4  40.62 
 
 
206 aa  137  7.999999999999999e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.00000000000384651  normal  0.231159 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0987  50S ribosomal protein L4  39.71 
 
 
206 aa  137  7.999999999999999e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.114211  normal  0.0168487 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3183  50S ribosomal protein L4  39.02 
 
 
206 aa  137  8.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.611189 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3142  ribosomal protein L4/L1e  38.05 
 
 
221 aa  137  1e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.083105  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0963  ribosomal protein L4/L1e  40.1 
 
 
207 aa  136  2e-31  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000403747  hitchhiker  0.0000000000267396 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0692  50S ribosomal protein L4  37.57 
 
 
210 aa  137  2e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000477042  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1431  50S ribosomal protein L4  39.02 
 
 
206 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.112454  normal  0.0117604 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3523  50S ribosomal protein L4  39.9 
 
 
201 aa  136  2e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.0000000876425  hitchhiker  0.00000726358 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1764  50S ribosomal protein L4  38.66 
 
 
206 aa  137  2e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00135584  normal  0.669415 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1333  50S ribosomal protein L4  39.51 
 
 
206 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.177589 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0716  ribosomal protein L4/L1e  33.82 
 
 
223 aa  134  7.000000000000001e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4004  ribosomal protein L4/L1e  36.36 
 
 
215 aa  134  7.000000000000001e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.070535  normal  0.716068 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>