More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_3012 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008255  CHU_3012  DNA repair protein  100 
 
 		 551 aa  1118    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.398213 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1303  DNA repair protein RecN  47.01 
 
 		 557 aa  528  1e-148  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.523963  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5209  DNA repair protein RecN  49.36 
 
 		 551 aa  514  1e-144  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1139  DNA repair protein RecN  44.63 
 
 		 555 aa  463  1e-129  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6893  DNA repair protein RecN  42.18 
 
 		 549 aa  424  1e-117  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.23585  normal  0.532581 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09463  DNA repair protein RecN  42.26 
 
 		 550 aa  407  1.0000000000000001e-112  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.070219  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3465  DNA repair protein RecN  40.18 
 
 		 550 aa  402  9.999999999999999e-111  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.393637  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1849  DNA repair protein RecN  39.55 
 
 		 551 aa  389  1e-107  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1845  Sigma 54 interacting domain protein  39.93 
 
 		 552 aa  391  1e-107  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.34764  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1026  recombination and repair protein  33.03 
 
 		 554 aa  308  2.0000000000000002e-82  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1281  recombination and repair protein  33.21 
 
 		 553 aa  305  2.0000000000000002e-81  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000117137 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1080  DNA repair protein RecN  33.16 
 
 		 558 aa  303  4.0000000000000003e-81  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1611  DNA repair protein RecN  32.74 
 
 		 559 aa  298  2e-79  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000188364  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1578  DNA repair protein RecN  32.74 
 
 		 559 aa  298  2e-79  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2735  alkylhydroperoxidase AhpD core  32.97 
 
 		 557 aa  289  1e-76  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0271976  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0594  DNA repair protein RecN  33.51 
 
 		 569 aa  287  2.9999999999999996e-76  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0859323 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4197  DNA repair protein RecN  32.73 
 
 		 557 aa  288  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.312426  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5483  DNA repair protein RecN  33.87 
 
 		 558 aa  286  9e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.582199  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01130  recombination and repair protein  32.19 
 
 		 554 aa  285  1.0000000000000001e-75  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4507  DNA repair protein RecN  32.37 
 
 		 557 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0370  DNA repair protein RecN  32.69 
 
 		 578 aa  283  5.000000000000001e-75  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.431573  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63010  DNA repair protein RecN  33.99 
 
 		 558 aa  283  8.000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3359  recombination and repair protein  33.75 
 
 		 553 aa  282  9e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0341558 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0651  DNA repair protein  32.25 
 
 		 559 aa  282  9e-75  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0866  DNA repair protein RecN  31.7 
 
 		 555 aa  282  1e-74  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2771  recombination and repair protein  31.46 
 
 		 552 aa  282  1e-74  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.170925  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1043  recombination and repair protein  31.4 
 
 		 552 aa  282  1e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3364  DNA repair protein RecN  31.96 
 
 		 559 aa  282  1e-74  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.276138  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1749  DNA repair protein RecN  34.15 
 
 		 574 aa  281  2e-74  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1904  DNA repair protein RecN  32.01 
 
 		 564 aa  281  2e-74  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004296  DNA repair protein RecN  32.19 
 
 		 554 aa  281  2e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.782069  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1480  DNA repair protein RecN  31.97 
 
 		 556 aa  281  3e-74  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.269893  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0378  recombination and repair protein  31.83 
 
 		 554 aa  281  3e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.116911  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1170  recombination and repair protein  31.28 
 
 		 552 aa  281  3e-74  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0260908 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1104  recombination and repair protein  31.28 
 
 		 552 aa  280  4e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.239344  normal  0.154382 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3825  DNA repair protein RecN  32.63 
 
 		 561 aa  280  5e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.321139  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1196  recombination and repair protein  31.91 
 
 		 553 aa  280  5e-74  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1104  recombination and repair protein  31.28 
 
 		 552 aa  280  5e-74  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.562592 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3462  recombination and repair protein  31.1 
 
 		 552 aa  280  6e-74  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3096  DNA repair protein RecN  31.53 
 
 		 557 aa  280  6e-74  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3298  recombination and repair protein  32.25 
 
 		 553 aa  279  1e-73  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.121559  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1714  DNA repair protein RecN  31.72 
 
 		 557 aa  278  1e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1179  DNA repair and genetic recombination protein  33.33 
 
 		 556 aa  278  2e-73  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0701  DNA repair protein RecN  34.09 
 
 		 567 aa  277  3e-73  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1169  recombination and repair protein  31.59 
 
 		 553 aa  277  4e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3218  recombination and repair protein  31.84 
 
 		 553 aa  276  6e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4729  DNA repair protein RecN  34.29 
 
 		 557 aa  276  7e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00366375 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3296  recombination and repair protein  31.1 
 
 		 552 aa  276  9e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182341  decreased coverage  0.000158665 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3153  recombination and repair protein  31.1 
 
 		 552 aa  276  9e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000145597  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0814  DNA repair protein RecN  33.33 
 
 		 570 aa  276  9e-73  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3151  recombination and repair protein  31.1 
 
 		 552 aa  276  9e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0961248  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1218  recombination and repair protein  31.1 
 
 		 552 aa  276  9e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.187963  normal  0.0934404 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4595  DNA repair protein RecN  34.11 
 
 		 557 aa  275  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.202375 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1763  DNA repair protein RecN  32.73 
 
 		 560 aa  274  2.0000000000000002e-72  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.137867  normal  0.0495571 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0576  DNA repair protein RecN  30.92 
 
 		 568 aa  273  5.000000000000001e-72  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3626  DNA repair protein RecN  33.69 
 
 		 558 aa  273  9e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1151  recombination and repair protein  32.26 
 
 		 554 aa  272  1e-71  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.901201  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1774  DNA repair protein RecN  30.47 
 
 		 556 aa  272  1e-71  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2475  recombination and repair protein  31.83 
 
 		 565 aa  271  2e-71  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2889  recombination and repair protein  31.52 
 
 		 553 aa  271  2e-71  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000988342  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1376  recombination and repair protein  31.52 
 
 		 553 aa  271  2e-71  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000100313  normal  0.0248594 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0596  DNA repair protein RecN  31.68 
 
 		 572 aa  271  2e-71  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2976  recombination and repair protein  31.52 
 
 		 553 aa  271  2e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0819489  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1769  DNA repair protein RecN  30.38 
 
 		 557 aa  271  2e-71  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2347  DNA repair protein RecN  30.8 
 
 		 557 aa  270  2.9999999999999997e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.724371 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4730  DNA repair protein RecN  33.57 
 
 		 557 aa  271  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.46357  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5421  DNA repair protein RecN  29.78 
 
 		 591 aa  271  2.9999999999999997e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0963  recombination and repair protein  31.84 
 
 		 553 aa  270  4e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0199907  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0775  DNA repair protein RecN  30.59 
 
 		 552 aa  270  4e-71  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000179189 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2482  DNA repair protein RecN  30 
 
 		 568 aa  270  5.9999999999999995e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1191  DNA repair protein RecN  28.88 
 
 		 559 aa  269  8e-71  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0728  recombination and repair protein  32.02 
 
 		 553 aa  269  8e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.118324  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0903  DNA repair protein RecN  29.04 
 
 		 554 aa  269  1e-70  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2888  DNA repair protein RecN  30 
 
 		 568 aa  268  1e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0832  DNA repair protein RecN  29.04 
 
 		 554 aa  268  2e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.013795  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02270  DNA repair ATPase RecN  31.18 
 
 		 561 aa  268  2e-70  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0703  DNA repair protein RecN  33.16 
 
 		 557 aa  267  4e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.926549  hitchhiker  0.000359109 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2867  DNA repair protein RecN  32.04 
 
 		 579 aa  266  7e-70  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0930  ATPase for DNA repair  31.79 
 
 		 555 aa  266  8e-70  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3602  DNA repair protein RecN  28.7 
 
 		 557 aa  266  8.999999999999999e-70  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00779581 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0968  DNA repair protein RecN  29.48 
 
 		 567 aa  266  1e-69  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.858596  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2064  DNA repair protein RecN  30.98 
 
 		 558 aa  265  2e-69  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.488529  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0761  DNA repair protein RecN  32.01 
 
 		 557 aa  265  2e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.345087  normal  0.395212 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0877  DNA repair protein RecN  31.17 
 
 		 552 aa  264  3e-69  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2739  DNA repair protein recN  30.58 
 
 		 555 aa  264  4e-69  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2641  DNA repair protein RecN  31.05 
 
 		 549 aa  263  4.999999999999999e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.227143  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3096  DNA repair protein RecN  30 
 
 		 574 aa  263  6e-69  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.155422 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1301  DNA repair protein RecN  32.14 
 
 		 561 aa  263  6.999999999999999e-69  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0537  DNA repair protein RecN  31.62 
 
 		 568 aa  262  1e-68  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.674533  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2651  DNA repair protein  30.07 
 
 		 569 aa  261  2e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.829393  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1896  DNA repair protein RecN  31.57 
 
 		 567 aa  261  3e-68  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000247727  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42990  DNA repair protein RecN  31.53 
 
 		 557 aa  260  4e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3966  DNA repair protein RecN  32.73 
 
 		 556 aa  260  4e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.284551 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2680  DNA repair protein RecN  30.31 
 
 		 554 aa  260  5.0000000000000005e-68  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2877  DNA repair protein recN  30.22 
 
 		 555 aa  260  6e-68  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1059  DNA repair protein RecN  31.08 
 
 		 553 aa  258  1e-67  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0987529  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2774  recombination and repair protein  31.08 
 
 		 553 aa  258  1e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000103072  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3856  recombination and repair protein  31.62 
 
 		 553 aa  258  1e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00344363  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4026  DNA repair protein RecN  31.63 
 
 		 579 aa  259  1e-67  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0028037  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02468  hypothetical protein  31.08 
 
 		 553 aa  258  1e-67  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.116899  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>