More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CA2559_08476 on replicon NC_014230
Organism: Croceibacter atlanticus HTCC2559



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009441  Fjoh_2384  putative inner membrane protein translocase component YidC  57.26 
 
 
636 aa  724    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.850745  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08476  putative inner membrane protein translocase component YidC  100 
 
 
622 aa  1278    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0158  putative inner membrane protein translocase component YidC  55.48 
 
 
621 aa  687    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.413762  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0526  putative inner membrane protein translocase component YidC  35.78 
 
 
627 aa  377  1e-103  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.710508 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6611  60 kDa inner membrane insertion protein  37.26 
 
 
617 aa  369  1e-100  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.290121  normal  0.0199221 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2014  membrane protein insertase, YidC/Oxa1 family  32.61 
 
 
621 aa  318  2e-85  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.121616  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0237  putative inner membrane protein translocase component YidC  34.07 
 
 
596 aa  304  3.0000000000000004e-81  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2587  60 kDa inner membrane insertion protein  33.01 
 
 
600 aa  301  2e-80  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0340574 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1150  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.66 
 
 
602 aa  296  7e-79  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.333218  decreased coverage  0.00602156 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2557  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.18 
 
 
620 aa  278  1e-73  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0157093  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2761  60 kDa inner membrane insertion protein  28.94 
 
 
607 aa  242  1e-62  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00156277  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2129  Oxa1/60 kDa IMP family protein  29.4 
 
 
585 aa  243  1e-62  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00488382  normal  0.707448 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2561  60 kDa inner membrane insertion protein  29.91 
 
 
587 aa  242  2e-62  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2335  60 kDa inner membrane insertion protein  29.93 
 
 
584 aa  234  4.0000000000000004e-60  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.30148 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2030  Oxa1/60 kDa IMP family protein  28.83 
 
 
584 aa  229  1e-58  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.728079  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2521  60 kDa inner membrane insertion protein  28.05 
 
 
583 aa  229  2e-58  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.39836  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2921  60 kDa inner membrane insertion protein  27.72 
 
 
583 aa  222  9.999999999999999e-57  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.00000870087  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2740  protein translocase subunit yidC  28.43 
 
 
579 aa  222  9.999999999999999e-57  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1623  putative inner membrane protein translocase component YidC  35.56 
 
 
517 aa  162  1e-38  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2396  putative inner membrane protein translocase component YidC  26.8 
 
 
582 aa  162  2e-38  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0133  putative inner membrane protein translocase component YidC  26.33 
 
 
541 aa  161  3e-38  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0580569  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0553  putative inner membrane protein translocase component YidC  33.66 
 
 
531 aa  161  3e-38  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1831  putative inner membrane protein translocase component YidC  34.78 
 
 
518 aa  160  7e-38  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1254  60 kDa inner membrane insertion protein  30.57 
 
 
628 aa  159  1e-37  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.0000727923  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5050  inner membrane protein, 60 kDa  25.95 
 
 
543 aa  157  5.0000000000000005e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2597  60 kDa inner membrane insertion protein  26.12 
 
 
553 aa  156  1e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.953083  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0102  60 kDa inner membrane insertion protein  28.6 
 
 
559 aa  149  2.0000000000000003e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3895  putative inner membrane protein translocase component YidC  24.91 
 
 
567 aa  149  2.0000000000000003e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.676329  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1393  membrane protein insertase, YidC/Oxa1 family  34.1 
 
 
532 aa  147  7.0000000000000006e-34  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0888  60 kDa inner membrane insertion protein  30.72 
 
 
539 aa  146  9e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00675947 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4312  60 kDa inner membrane insertion protein  35.27 
 
 
543 aa  146  9e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.301696  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3503  60 kDa inner membrane insertion protein  24.01 
 
 
617 aa  146  1e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0094107 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2514  putative inner membrane protein translocase component YidC  26.57 
 
 
541 aa  145  2e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000130871  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1038  putative inner membrane protein translocase component YidC  31.86 
 
 
530 aa  145  2e-33  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.493548  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0823  putative inner membrane protein translocase component YidC  35.06 
 
 
530 aa  145  2e-33  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4616  putative inner membrane protein translocase component YidC  26.84 
 
 
543 aa  145  2e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.159313  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0028  putative inner membrane protein translocase component YidC  26.77 
 
 
545 aa  145  3e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.15409  normal  0.0935166 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2411  membrane protein insertase, YidC/Oxa1 family domain containing  24.32 
 
 
570 aa  144  3e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.705473  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4293  putative inner membrane protein translocase component YidC  27.02 
 
 
544 aa  145  3e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.016276  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3775  60 kDa inner membrane insertion protein  25 
 
 
541 aa  144  4e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000106175  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0652  putative inner membrane protein translocase component YidC  30.46 
 
 
532 aa  144  4e-33  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3143  inner-membrane protein  24.8 
 
 
542 aa  143  7e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000171877  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00436  putative inner membrane protein translocase component YidC  24.86 
 
 
540 aa  143  9e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0981  putative inner membrane protein translocase component YidC  31.9 
 
 
528 aa  143  9.999999999999999e-33  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.37895  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3316  putative inner membrane protein translocase component YidC  25.34 
 
 
575 aa  143  9.999999999999999e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.783784  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1472  60 kDa inner membrane insertion protein  24.09 
 
 
604 aa  142  9.999999999999999e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.577642  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3328  60 kDa inner membrane insertion protein  29.51 
 
 
604 aa  142  1.9999999999999998e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.348306  normal  0.0506937 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0683  putative inner membrane protein translocase component YidC  24.28 
 
 
629 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.902315  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4264  putative inner membrane protein translocase component YidC  25.87 
 
 
543 aa  141  3.9999999999999997e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00254597  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3611  60 kDa inner membrane insertion protein  27.98 
 
 
566 aa  141  3.9999999999999997e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0522  putative inner membrane protein translocase component YidC  29.97 
 
 
787 aa  141  4.999999999999999e-32  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3866  60 kDa inner membrane insertion protein  26.16 
 
 
542 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000155519  unclonable  0.00000398144 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0069  putative inner membrane protein translocase component YidC  24.41 
 
 
621 aa  140  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.090165  decreased coverage  0.00200731 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0881  60 kDa inner membrane insertion protein  32.1 
 
 
514 aa  140  6e-32  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002016  OxaI/YidC membrane insertion protein  25.14 
 
 
540 aa  140  7.999999999999999e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000829805  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3074  putative inner membrane protein translocase component YidC  27.74 
 
 
614 aa  139  1e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.374984  normal  0.974517 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4032  protein translocase subunit yidC  29.82 
 
 
541 aa  139  1e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000158142  hitchhiker  0.000218645 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0004  inner membrane protein, 60 kDa  29.82 
 
 
541 aa  138  2e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0578  putative inner membrane protein translocase component YidC  27.32 
 
 
600 aa  139  2e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.1977  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5377  YidC translocase/secretase  26.74 
 
 
605 aa  138  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.137275  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0006  protein translocase subunit yidC  29.55 
 
 
541 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000101193  unclonable  0.0000000000873101 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1710  60 kDa inner membrane insertion protein  23.22 
 
 
699 aa  138  4e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.895554  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3940  protein translocase subunit yidC  29.55 
 
 
541 aa  137  4e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000301662  unclonable  0.0000000000640431 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0009  inner membrane protein, 60 kDa  28.42 
 
 
541 aa  137  5e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000942032  hitchhiker  0.000799802 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3703  putative inner membrane protein translocase component YidC  23.9 
 
 
609 aa  137  5e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4257  60 kDa inner membrane insertion protein  29 
 
 
545 aa  137  5e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000606394  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4246  putative inner membrane protein translocase component YidC  25.68 
 
 
546 aa  137  6.0000000000000005e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000142375  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4182  putative inner membrane protein translocase component YidC  25.68 
 
 
546 aa  137  6.0000000000000005e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000773413  normal  0.0773458 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4157  putative inner membrane protein translocase component YidC  25.68 
 
 
546 aa  137  6.0000000000000005e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000113128  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0550  putative inner membrane protein translocase component YidC  34.19 
 
 
526 aa  137  7.000000000000001e-31  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1201  60 kDa inner membrane insertion protein  31.56 
 
 
600 aa  137  8e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00276614 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4929  60 kDa inner membrane insertion protein  28.76 
 
 
544 aa  137  8e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000771873  unclonable  0.00000001353 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0002  60 kDa inner membrane insertion protein  28.23 
 
 
544 aa  137  8e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000135714  unclonable  0.000000000155498 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0640  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.43 
 
 
630 aa  136  9.999999999999999e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.138762  normal  0.404491 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0307  putative inner membrane protein translocase component YidC  25.94 
 
 
608 aa  135  9.999999999999999e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.339153  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4035  putative inner membrane protein translocase component YidC  25.75 
 
 
543 aa  136  9.999999999999999e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.247258  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4261  YidC translocase/secretase  26.49 
 
 
548 aa  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2725  putative inner membrane protein translocase component YidC  26.94 
 
 
623 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0447899 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4233  putative inner membrane protein translocase component YidC  26.44 
 
 
548 aa  135  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.11489  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1064  putative inner membrane protein translocase component YidC  26.94 
 
 
623 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0636  putative inner membrane protein translocase component YidC  27.04 
 
 
622 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.168  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3339  putative inner membrane protein translocase component YidC  30.93 
 
 
595 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.978164  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4054  putative inner membrane protein translocase component YidC  26.44 
 
 
548 aa  135  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0899835  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1361  putative inner membrane protein translocase component YidC  31.03 
 
 
607 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.914877  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4126  putative inner membrane protein translocase component YidC  26.44 
 
 
548 aa  135  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.222064  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4176  putative inner membrane protein translocase component YidC  26.44 
 
 
548 aa  135  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4215  putative inner membrane protein translocase component YidC  26.1 
 
 
548 aa  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000897196  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5081  60 kDa inner membrane insertion protein  24.65 
 
 
624 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.373544  normal  0.62826 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03589  inner membrane protein translocase component YidC  26.49 
 
 
548 aa  135  3e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.75257  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4289  putative inner membrane protein translocase component YidC  26.49 
 
 
548 aa  135  3e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0759973  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3919  putative inner membrane protein translocase component YidC  26.49 
 
 
548 aa  135  3e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00313921  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4220  putative inner membrane protein translocase component YidC  26.49 
 
 
548 aa  135  3e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.118855  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4072  putative inner membrane protein translocase component YidC  26.49 
 
 
548 aa  135  3e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.131417  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2141  60 kDa inner membrane insertion protein  30.1 
 
 
601 aa  135  3e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03533  hypothetical protein  26.49 
 
 
548 aa  135  3e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.534027  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5135  putative inner membrane protein translocase component YidC  26.49 
 
 
548 aa  135  3e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00207092  normal  0.0616185 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4063  60 kDa inner membrane insertion protein  28.92 
 
 
542 aa  135  3e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000239208  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4069  putative inner membrane protein translocase component YidC  26.48 
 
 
548 aa  134  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00340238  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0817  putative inner membrane protein translocase component YidC  25.75 
 
 
632 aa  134  6.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.75563 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1023  putative inner membrane protein translocase component YidC  28.79 
 
 
610 aa  133  7.999999999999999e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>