More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CA2559_06570 on replicon NC_014230
Organism: Croceibacter atlanticus HTCC2559



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014230  CA2559_06570  GTP-binding protein  100 
 
 
202 aa  420  1e-117  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0414  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  68.37 
 
 
200 aa  289  2e-77  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1800  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  65.83 
 
 
210 aa  285  4e-76  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0346  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  61.19 
 
 
201 aa  266  2e-70  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0636282 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7093  small GTP-binding protein  56.5 
 
 
202 aa  243  9.999999999999999e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000783147  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3952  GTP-binding protein HSR1-related  57.07 
 
 
202 aa  241  5e-63  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4065  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  54.27 
 
 
201 aa  237  9e-62  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0976  GTP-binding protein HSR1-related  55.38 
 
 
201 aa  229  2e-59  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.173134 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2716  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  51.01 
 
 
199 aa  203  1e-51  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.042273  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0617  hypothetical protein  48.45 
 
 
210 aa  186  2e-46  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_29397  predicted protein  43.69 
 
 
253 aa  181  7e-45  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.000110123  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1381  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  42.78 
 
 
197 aa  160  1e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.479238  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1643  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  42.93 
 
 
197 aa  159  2e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00260781  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0212  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  41.97 
 
 
207 aa  158  5e-38  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2584  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  47.47 
 
 
193 aa  157  9e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0239384  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1652  GTP-binding protein  42.25 
 
 
219 aa  157  1e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3352  small GTP-binding protein  40.51 
 
 
201 aa  157  1e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0529081  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2032  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  43.23 
 
 
192 aa  156  2e-37  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.0524569 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3815  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  42.27 
 
 
214 aa  154  8e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.990986  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3183  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  48.73 
 
 
198 aa  154  9e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3899  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  40.59 
 
 
214 aa  154  1e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00203743 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0321  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  40.93 
 
 
193 aa  153  2e-36  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14900  GTP-binding protein HSR1-related  49.33 
 
 
199 aa  152  2.9999999999999998e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.527689  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2263  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  42.11 
 
 
192 aa  152  2.9999999999999998e-36  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.08167 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_6940  predicted protein  39.29 
 
 
201 aa  152  4e-36  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.563303 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4314  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  47.47 
 
 
198 aa  152  4e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1165  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  42.19 
 
 
194 aa  152  4e-36  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000846962  decreased coverage  3.27635e-26 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2302  GTP-binding protein HSR1-related protein  44.27 
 
 
204 aa  152  5e-36  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000228777  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3013  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  40.21 
 
 
206 aa  150  1e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4367  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  39.49 
 
 
201 aa  150  1e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0647  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  47.47 
 
 
198 aa  150  1e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4587  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  47.47 
 
 
198 aa  150  1e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.872374  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4560  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  43.24 
 
 
198 aa  149  2e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4366  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  43.24 
 
 
198 aa  149  2e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4202  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  43.24 
 
 
198 aa  149  2e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.387044  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4213  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  43.24 
 
 
198 aa  149  2e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1117  GTP-binding protein HSR1-related  42.93 
 
 
197 aa  149  2e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1817  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  40.41 
 
 
194 aa  150  2e-35  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4701  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  43.24 
 
 
198 aa  149  2e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4556  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  43.24 
 
 
198 aa  149  2e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4605  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  43.24 
 
 
198 aa  149  2e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0124466  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0626  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  39.27 
 
 
199 aa  149  3e-35  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0532525  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0654  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  39.06 
 
 
196 aa  148  4e-35  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000108804  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2558  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  42.49 
 
 
205 aa  149  4e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0465  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  40.21 
 
 
204 aa  148  5e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0326  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  43.11 
 
 
217 aa  147  1.0000000000000001e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2497  small GTP-binding protein  37.44 
 
 
198 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2391  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  39.06 
 
 
192 aa  146  2.0000000000000003e-34  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2197  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  42.49 
 
 
192 aa  145  3e-34  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1311  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  40.32 
 
 
198 aa  145  3e-34  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.0010673  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1273  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  41.12 
 
 
195 aa  145  3e-34  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.256422  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0047  GTP-binding protein, HSR1-related  42.11 
 
 
212 aa  145  5e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000165704  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1327  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  42.47 
 
 
195 aa  144  8.000000000000001e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00220989  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3276  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  41.18 
 
 
200 aa  144  9e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4189  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  39.11 
 
 
204 aa  144  1e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0267614  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0868  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  44.94 
 
 
195 aa  144  1e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1520  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  39.06 
 
 
194 aa  144  1e-33  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0245  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  41.97 
 
 
196 aa  143  2e-33  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  hitchhiker  0.000051605  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1359  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  41.85 
 
 
195 aa  143  2e-33  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.162562  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1361  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  41.75 
 
 
196 aa  142  4e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3966  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  39.78 
 
 
220 aa  141  5e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000926222  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2857  cell division checkpoint GTPase YihA  37.77 
 
 
206 aa  141  5e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.956898  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3570  GTP-binding protein, HSR1-related  40.62 
 
 
214 aa  141  6e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.777436  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3117  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  38.02 
 
 
207 aa  141  6e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.307135  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2298  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  40.41 
 
 
192 aa  141  7e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4163  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  39.46 
 
 
214 aa  141  8e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00525738  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5309  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  39.78 
 
 
210 aa  141  8e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000293364  normal  0.958689 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4122  GTP-binding protein HSR1-related protein  39.78 
 
 
210 aa  140  9e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0471295  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4339  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  39.78 
 
 
210 aa  140  9e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000143323  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4248  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  39.78 
 
 
210 aa  140  9e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00502662  normal  0.0749349 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4089  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  39.78 
 
 
210 aa  140  9e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000309056  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4383  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  39.78 
 
 
210 aa  140  9e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000974176  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4151  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  39.78 
 
 
210 aa  140  9e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00165882  normal  0.0158227 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2391  GTP-binding protein, HSR1-related  36.36 
 
 
206 aa  140  9.999999999999999e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0377  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  47.97 
 
 
195 aa  140  9.999999999999999e-33  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.247642  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2867  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  40.11 
 
 
217 aa  140  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0634  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  41.48 
 
 
218 aa  140  9.999999999999999e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2350  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  37.77 
 
 
256 aa  139  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.268775 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1066  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  39.55 
 
 
217 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2742  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  37.63 
 
 
207 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.313609  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2727  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  39.55 
 
 
217 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0646031 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2629  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  38.04 
 
 
219 aa  139  3e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0771597  normal  0.0518679 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0553  GTP-binding protein  37.97 
 
 
200 aa  139  3e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.332717  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0879  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  37.57 
 
 
216 aa  139  3e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0314743  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0022  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  40.64 
 
 
216 aa  137  7.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00273485  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0024  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  39.78 
 
 
216 aa  137  7.999999999999999e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000064968  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4194  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  40.64 
 
 
216 aa  137  7.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.171637  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0749  GTP-binding protein HSR1-related  44.22 
 
 
214 aa  137  8.999999999999999e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0585009  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03750  GTP-binding protein  39.13 
 
 
198 aa  137  1e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00336512  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl357  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  49.29 
 
 
198 aa  137  1e-31  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000515524  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1891  GTP-binding protein, HSR1-related  39.69 
 
 
232 aa  137  1e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03699  hypothetical protein  39.13 
 
 
198 aa  137  1e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0052577  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0305  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  43.75 
 
 
216 aa  137  1e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0319802  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4052  GTP-binding protein, HSR1-related  43.14 
 
 
198 aa  137  1e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0776  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  35.64 
 
 
219 aa  136  2e-31  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.255203  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0139  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  39 
 
 
200 aa  136  2e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0124  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  39 
 
 
200 aa  136  2e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0320  small GTP-binding protein  40.57 
 
 
197 aa  136  2e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0233  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  41.21 
 
 
205 aa  136  2e-31  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.666002  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001916  GTP-binding protein EngB  39.78 
 
 
219 aa  136  2e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00788196  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>