More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_C1282 on replicon NC_007953
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007953  Bxe_C1282  putative ribokinase  100 
 
 
345 aa  682    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.331017 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4160  ribokinase  36.62 
 
 
310 aa  161  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.233177 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6290  ribokinase  35.76 
 
 
320 aa  155  8e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.631078 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0576  putative ribokinase  37.3 
 
 
312 aa  155  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.588326 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1539  ribokinase  35.44 
 
 
320 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.385923  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0344  ribokinase  33.55 
 
 
308 aa  153  4e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3869  ribokinase  32.67 
 
 
299 aa  150  2e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.559054 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1368  ribokinase  34.6 
 
 
305 aa  151  2e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.176905  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0518  ribokinase  32.37 
 
 
307 aa  150  5e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0162  ribokinase  31.49 
 
 
309 aa  149  6e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0354  ribokinase  34.1 
 
 
308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3280  ribokinase  37.79 
 
 
305 aa  145  8.000000000000001e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3225  ribokinase  28.71 
 
 
311 aa  144  3e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.195342  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0007  ribokinase  33.87 
 
 
306 aa  143  3e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.328015  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6906  ribokinase  35.76 
 
 
328 aa  143  4e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.135806  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3765  ribokinase  38.41 
 
 
304 aa  142  9e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0637373 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6950  ribokinase  36.31 
 
 
308 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2649  ribokinase  33.12 
 
 
319 aa  141  1.9999999999999998e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000212257  normal  0.357458 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0749  ribokinase  29.49 
 
 
306 aa  140  4.999999999999999e-32  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00000000720941  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4640  ribokinase  34.12 
 
 
305 aa  139  7e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.162899  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1013  putative ribokinase protein  35.1 
 
 
315 aa  139  1e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.340196  normal  0.195927 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06142  ribokinase  32.15 
 
 
305 aa  137  2e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2297  ribokinase  33.12 
 
 
309 aa  135  9e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0434925  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000338  ribokinase  32.17 
 
 
305 aa  135  9.999999999999999e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1603  ribokinase  27.96 
 
 
310 aa  133  3.9999999999999996e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000677641  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1507  ribokinase  36.36 
 
 
308 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1789  ribokinase  32.35 
 
 
297 aa  132  7.999999999999999e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000225274  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1526  ribokinase  36.36 
 
 
308 aa  132  9e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.395922  normal  0.909431 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0865  ribokinase  29.74 
 
 
305 aa  130  3e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.657252 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2526  ribokinase  31.09 
 
 
301 aa  129  6e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1960  ribokinase  34.1 
 
 
302 aa  129  9.000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0122509  normal  0.0586965 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1011  ribokinase-like domain-containing protein  30.26 
 
 
398 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3196  ribokinase  32.79 
 
 
316 aa  127  2.0000000000000002e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.20247  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1124  ribokinase  30.9 
 
 
403 aa  127  3e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1884  ribokinase  27.63 
 
 
310 aa  127  4.0000000000000003e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0118065  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2689  ribokinase  28.91 
 
 
345 aa  126  5e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4215  ribokinase  33.88 
 
 
309 aa  125  1e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3179  ribokinase  31.48 
 
 
303 aa  124  2e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3232  ribokinase  33.22 
 
 
302 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.493529  normal  0.585828 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1612  ribokinase family sugar kinase  27.57 
 
 
340 aa  124  3e-27  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0874983  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03638  ribokinase  34.09 
 
 
309 aa  123  4e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00223583  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0259  ribokinase  36.72 
 
 
295 aa  123  4e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.00211116  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03583  hypothetical protein  34.09 
 
 
309 aa  123  4e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00147711  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4120  ribokinase  34.09 
 
 
314 aa  123  4e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.444588  normal  0.199768 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7448  cyclic nucleotide-binding protein  31.15 
 
 
314 aa  123  5e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0252  ribokinase  31.7 
 
 
307 aa  123  6e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.377165  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1554  ribokinase  34.74 
 
 
310 aa  123  6e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1048  ribokinase  33.98 
 
 
301 aa  123  6e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5188  ribokinase  33.77 
 
 
314 aa  122  8e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.034479  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2155  carbohydrate kinase, PfkB  32.14 
 
 
306 aa  122  8e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00604172  normal  0.881399 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1888  PfkB  34 
 
 
323 aa  122  8e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.389987  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39280  ribokinase  31.72 
 
 
308 aa  122  8e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.145597  normal  0.325767 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4209  ribokinase  32.91 
 
 
308 aa  122  9e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.847437  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3488  ribokinase  33 
 
 
302 aa  122  9e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232463  normal  0.188896 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4242  ribokinase  33.77 
 
 
309 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459204  hitchhiker  0.00710658 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2838  ribokinase  30.79 
 
 
314 aa  122  9.999999999999999e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.760591  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3968  ribokinase  33.77 
 
 
309 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.112559  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0008  ribokinase  32.91 
 
 
308 aa  121  9.999999999999999e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000914124  normal  0.985734 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0696  ribokinase  31.48 
 
 
304 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3407  ribokinase  31.23 
 
 
424 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4268  ribokinase  33.77 
 
 
309 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00050994  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0008  ribokinase  32.91 
 
 
308 aa  121  9.999999999999999e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0252287  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3342  ribokinase  31.29 
 
 
308 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.133779  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2458  ribokinase  32.56 
 
 
302 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl642  ribokinase  26.81 
 
 
308 aa  121  1.9999999999999998e-26  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4112  ribokinase  35.24 
 
 
314 aa  121  1.9999999999999998e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.137764  normal  0.0163752 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0276  PfkB domain protein  25.33 
 
 
304 aa  120  3e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4167  ribokinase  33.44 
 
 
309 aa  120  3e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.895072  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0225  ribokinase  29.78 
 
 
317 aa  120  3e-26  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0005  ribokinase, putative  34.56 
 
 
313 aa  120  3.9999999999999996e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0831175  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4749  ribokinase  34.74 
 
 
309 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04580  Ribokinase  26.67 
 
 
306 aa  119  6e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1980  ribokinase  31.54 
 
 
302 aa  119  6e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7623  ribokinase  35.79 
 
 
308 aa  119  7e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.921063  normal  0.354799 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1818  ribokinase-like domain-containing protein  25.97 
 
 
308 aa  119  7e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.72818  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3974  ribokinase  33.87 
 
 
308 aa  119  7.999999999999999e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00187599  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3580  ribokinase  33.11 
 
 
303 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1383  ribokinase  33.55 
 
 
309 aa  119  9e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3648  ribokinase  33.11 
 
 
303 aa  119  9e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.16351  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3771  ribokinase  33.77 
 
 
303 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6187  ribokinase  38.69 
 
 
299 aa  119  9.999999999999999e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.313469  normal  0.643607 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0659  ribokinase  33.77 
 
 
303 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4524  ribokinase  33.02 
 
 
308 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00216955  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0556  ribokinase family sugar kinase  26.64 
 
 
308 aa  118  1.9999999999999998e-25  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.987541  hitchhiker  0.0000000000000234776 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1587  ribokinase  36.39 
 
 
311 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.338475  normal  0.646425 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2451  ribokinase  33.12 
 
 
344 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.909418  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1130  ribokinase  35.41 
 
 
311 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1610  ribokinase  35.41 
 
 
311 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.231434  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2276  PfkB domain protein  33.33 
 
 
307 aa  117  3e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.303585  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1343  ribokinase  33.11 
 
 
309 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2121  PfkB  32.8 
 
 
307 aa  116  6e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.987568  normal  0.281407 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4112  ribokinase  32.9 
 
 
309 aa  116  6.9999999999999995e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0943  ribokinase  34.17 
 
 
321 aa  115  7.999999999999999e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.826251  normal  0.172047 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4097  ribokinase  33.77 
 
 
309 aa  115  8.999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4277  ribokinase  33.77 
 
 
309 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.136431  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1183  ribokinase  33.55 
 
 
310 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.451251  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4218  ribokinase  33.77 
 
 
309 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.980767 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3332  ribokinase  32.7 
 
 
297 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1119  ribokinase  31.27 
 
 
302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.970785  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1257  ribokinase  33.55 
 
 
310 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>