More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_R0071 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_r00001  16S ribosomal RNA  83.61 
 
 
1542 bp  846    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.01898  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00006  16S ribosomal RNA  83.61 
 
 
1542 bp  846    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0446208  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00011  16S ribosomal RNA  83.61 
 
 
1542 bp  846    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0360816  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00020  16S ribosomal RNA  83.61 
 
 
1542 bp  846    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0158539  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0003  16S ribosomal RNA  83.64 
 
 
1530 bp  846    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000874227  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0027  16S ribosomal RNA  83.64 
 
 
1530 bp  846    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000160494  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0090  16S ribosomal RNA  83.56 
 
 
1530 bp  839    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000103004  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0098  16S ribosomal RNA  83.56 
 
 
1530 bp  839    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000143523  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0103  16S ribosomal RNA  83.56 
 
 
1530 bp  839    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00308735  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0113  16S ribosomal RNA  83.56 
 
 
1530 bp  839    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000562425  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SA  16S ribosomal RNA  85.25 
 
 
1518 bp  1037    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00652559  hitchhiker  0.0000964592 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SB  16S ribosomal RNA  85.25 
 
 
1518 bp  1037    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109729  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SC  16S ribosomal RNA  85.18 
 
 
1518 bp  1029    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0265668  normal  0.0523023 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SD  16S ribosomal RNA  85.25 
 
 
1518 bp  1037    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0245595  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SE  16S ribosomal RNA  85.18 
 
 
1518 bp  1029    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0197165  normal  0.135243 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SF  16S ribosomal RNA  85.25 
 
 
1518 bp  1037    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.229046  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SG  16S ribosomal RNA  85.25 
 
 
1518 bp  1037    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0126603 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc16SA  16S ribosomal RNA  85.79 
 
 
1473 bp  1243    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00145569  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc16SB  16S ribosomal RNA  85.79 
 
 
1473 bp  1243    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.000158044  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS00481  16S ribosomal RNA  92.35 
 
 
1513 bp  1346    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000211663  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RS05580  16S ribosomal RNA  92.42 
 
 
1534 bp  1364    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  unclonable  0.00000356691  normal  0.21036 
 
 
-
 
NC_003295  RS05737  16S ribosomal RNA  92.35 
 
 
1513 bp  1346    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  unclonable  0.00000227304  normal  0.62291 
 
 
-
 
NC_003296  RS05422  ribosomal RNA-16S  92.42 
 
 
1534 bp  1364    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000685174  normal  0.144485 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r01  16S ribosomal RNA  85.67 
 
 
1518 bp  876    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.380261  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r04  16S ribosomal RNA  85.67 
 
 
1518 bp  876    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00569348  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r07  16S ribosomal RNA  85.67 
 
 
1518 bp  876    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.247431  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r12  16S ribosomal RNA  85.67 
 
 
1518 bp  876    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.103898  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r15  16S ribosomal RNA  85.67 
 
 
1518 bp  876    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.011004  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_16s_rrsA  16S ribosomal RNA  96.17 
 
 
1488 bp  2498    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.0000103024  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_16s_rrsB  16S ribosomal RNA  96.1 
 
 
1488 bp  2490    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  unclonable  0.0000000527918  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_Bm16SC  16S ribosomal RNA  96.17 
 
 
1488 bp  2498    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.0000559741  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_Bm16SD  16S ribosomal RNA  96.17 
 
 
1488 bp  2498    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00000941939  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0018  16S ribosomal RNA  85.44 
 
 
1585 bp  1059    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0050  16S ribosomal RNA  85.44 
 
 
1610 bp  1059    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.26753  hitchhiker  0.000883361 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0058  16S ribosomal RNA  85.44 
 
 
1610 bp  1059    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0063  16S ribosomal RNA  85.44 
 
 
1610 bp  1059    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.637645  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0002  16S ribosomal RNA  89.42 
 
 
1530 bp  1739    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000222771  normal  0.994531 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0018  16S ribosomal RNA  89.42 
 
 
1530 bp  1739    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  1.27678e-17  normal  0.639812 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0027  16S ribosomal RNA  89.42 
 
 
1530 bp  1739    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  6.8382e-16  unclonable  0.000000115774 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0039  16S ribosomal RNA  89.42 
 
 
1530 bp  1739    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  9.88908e-17  normal  0.953363 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0020  16S ribosomal RNA  92.28 
 
 
1528 bp  2064    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0174922  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0053  16S ribosomal RNA  92.21 
 
 
1528 bp  2056    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0101501  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0063  16S ribosomal RNA  92.28 
 
 
1528 bp  2064    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00000907216  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0070  16S ribosomal RNA  92.28 
 
 
1528 bp  2064    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0043837  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0078  16S ribosomal RNA  92.67 
 
 
1528 bp  2111    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0108744  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0083  16S ribosomal RNA  92.28 
 
 
1528 bp  2064    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0009  16S ribosomal RNA  89.62 
 
 
1503 bp  1731    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  unclonable  0.00000000257641  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0041  16S ribosomal RNA  89.66 
 
 
1510 bp  1741    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00000268779  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0005  16S ribosomal RNA  96.24 
 
 
1488 bp  2506    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.00000000129468  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1473  16S ribosomal RNA  96.17 
 
 
1488 bp  2498    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.00000000153483  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3562  16S ribosomal RNA  96.17 
 
 
1488 bp  2498    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000000331816  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1908  16S ribosomal RNA  96.17 
 
 
1488 bp  2498    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000000344763  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0010  16S ribosomal RNA  85.4 
 
 
1491 bp  973    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000216125  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0028  16S ribosomal RNA  85.4 
 
 
1491 bp  973    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0022269  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_CR0084  16S ribosomal RNA  96.22 
 
 
1480 bp  2468    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000351388  normal  0.142421 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0011  16S ribosomal RNA  96.01 
 
 
1480 bp  2458    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000494672  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0015  16S ribosomal RNA  96.22 
 
 
1480 bp  2468    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000000646037  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0025  16S ribosomal RNA  96.08 
 
 
1480 bp  2452    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000404244  normal  0.998912 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0075  16S ribosomal RNA  96.42 
 
 
1480 bp  2492    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000694489  normal  0.331028 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_BR0001  16S ribosomal RNA  96.22 
 
 
1480 bp  2468    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000508168  normal  0.804592 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0012  16S ribosomal RNA  90.39 
 
 
1529 bp  1865    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0000403377  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2047  16S ribosomal RNA  96.44 
 
 
1489 bp  2524    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000488111  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1096  16S ribosomal RNA  96.51 
 
 
1488 bp  2537    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00000000366435  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2898  16S ribosomal RNA  96.51 
 
 
1488 bp  2537    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000172238  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3095  16S ribosomal RNA  96.51 
 
 
1488 bp  2537    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00000000377181  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0053  16S ribosomal RNA  90.26 
 
 
1531 bp  1834    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.155219  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0058  16S ribosomal RNA  90.26 
 
 
1531 bp  1834    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0002  16S ribosomal RNA  88.91 
 
 
1466 bp  1576    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000162067  normal  0.428716 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0057  16S ribosomal RNA  88.91 
 
 
1466 bp  1576    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000060523  normal  0.534107 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0044  16S ribosomal RNA  89.81 
 
 
1528 bp  1748    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.256781  normal  0.169307 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0025  16S ribosomal RNA  98.72 
 
 
1490 bp  2791    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000584226  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0074  16S ribosomal RNA  98.72 
 
 
1490 bp  2791    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000757328  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0084  16S ribosomal RNA  98.72 
 
 
1490 bp  2791    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000010829  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0001  16S ribosomal RNA  98.72 
 
 
1490 bp  2791    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000273638  normal  0.12932 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0007  16S ribosomal RNA  98.72 
 
 
1490 bp  2791    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000187832  normal  0.20635 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0012  16S ribosomal RNA  98.72 
 
 
1490 bp  2791    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000135641  normal  0.0289138 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0001  16S ribosomal RNA  85 
 
 
1535 bp  809    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000556781  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0007  16S ribosomal RNA  85 
 
 
1535 bp  809    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000706702  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0015  16S ribosomal RNA  85 
 
 
1535 bp  809    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000120948  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0044  16S ribosomal RNA  85 
 
 
1533 bp  809    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000361532  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0107  16S ribosomal RNA  85 
 
 
1535 bp  809    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000137166  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0119  16S ribosomal RNA  85 
 
 
1533 bp  809    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000133633  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0122  16S ribosomal RNA  85.01 
 
 
1535 bp  795    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0472105  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0127  16S ribosomal RNA  85 
 
 
1535 bp  809    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.015081  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0019  16S ribosomal RNA  85.45 
 
 
1586 bp  1045    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.469042  normal  0.333729 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0052  16S ribosomal RNA  85.45 
 
 
1586 bp  1045    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.84843  hitchhiker  0.00924984 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0060  16S ribosomal RNA  85.45 
 
 
1586 bp  1045    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0065  16S ribosomal RNA  85.45 
 
 
1586 bp  1045    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.473694  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0054  16S ribosomal RNA  92.06 
 
 
1527 bp  2054    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00023003  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0064  16S ribosomal RNA  92.06 
 
 
1527 bp  2054    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000114469  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0070  16S ribosomal RNA  92.06 
 
 
1527 bp  2054    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000020982  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0075  16S ribosomal RNA  92.06 
 
 
1527 bp  2054    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000293987  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0002  16S ribosomal RNA  96.33 
 
 
1526 bp  2561    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000139239  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0040  16S ribosomal RNA  96.4 
 
 
1527 bp  2563    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000422035  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0055  16S ribosomal RNA  96.4 
 
 
1526 bp  2569    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0000000262376  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0066  16S ribosomal RNA  96.4 
 
 
1527 bp  2563    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000961074  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_R0071  16S ribosomal RNA  96.33 
 
 
1526 bp  2561    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000000358619  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0083  16S ribosomal RNA  96.34 
 
 
1526 bp  2567    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000003607  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0003  16S ribosomal RNA  96.27 
 
 
1526 bp  2559    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00000145483  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0007  16S ribosomal RNA  96.2 
 
 
1526 bp  2551    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  unclonable  0.000000074395  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>