More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_7271 on replicon NC_010679
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010679  Bphyt_7271  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
540 aa  1111    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.839285 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2886  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  63.15 
 
 
640 aa  620  1e-176  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.929142 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5089  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.81 
 
 
632 aa  207  3e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.997163  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3180  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.81 
 
 
632 aa  207  3e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0860119  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5187  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.81 
 
 
632 aa  207  3e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0102074 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5692  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.55 
 
 
733 aa  204  4e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.358627 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4619  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.77 
 
 
729 aa  195  2e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2683  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.93 
 
 
666 aa  188  2e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2251  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  39.27 
 
 
657 aa  186  7e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2458  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  41.32 
 
 
484 aa  186  7e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3840  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.77 
 
 
759 aa  183  8.000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.385478  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5522  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.18 
 
 
875 aa  181  4e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.982375  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0843  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.45 
 
 
713 aa  177  3e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6854  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.67 
 
 
886 aa  168  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1517  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.64 
 
 
632 aa  166  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6856  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.56 
 
 
1000 aa  165  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1544  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.74 
 
 
779 aa  164  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0480666  normal  0.142992 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4442  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.25 
 
 
1267 aa  148  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5524  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.3 
 
 
796 aa  147  4.0000000000000006e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.536522  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5550  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.92 
 
 
803 aa  142  1.9999999999999998e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0835247 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1862  multi-sensor signal transduction histidine kinase  50 
 
 
869 aa  139  1e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.557725  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4549  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.91 
 
 
1060 aa  135  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1608  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.27 
 
 
1015 aa  122  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00363686 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1084  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.01 
 
 
495 aa  120  4.9999999999999996e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0213  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.1 
 
 
635 aa  120  7.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2316  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.5 
 
 
471 aa  120  7.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1246  methyltransferase CheR, putative  46.4 
 
 
1378 aa  114  6e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.271052  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3043  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.25 
 
 
1122 aa  107  8e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.000641159  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0812  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.53 
 
 
975 aa  106  1e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.817585  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5190  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.12 
 
 
1211 aa  106  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.8862  normal  0.202649 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2525  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.03 
 
 
785 aa  105  3e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.985854  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0151  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.44 
 
 
1354 aa  102  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1456  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.11 
 
 
1212 aa  102  2e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.4231 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2355  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.56 
 
 
902 aa  102  2e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.415333  normal  0.408426 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3715  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.08 
 
 
739 aa  102  2e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.500892  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3712  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.3 
 
 
851 aa  101  4e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.327076  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2398  ATP-binding region ATPase domain protein  46.94 
 
 
1712 aa  100  7e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.623096  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5459  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.93 
 
 
1211 aa  100  9e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.125854  normal  0.0422439 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5744  multi-sensor signal transduction multi-kinase  39.67 
 
 
1845 aa  97.4  5e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0202  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.86 
 
 
1054 aa  97.4  5e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3771  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.22 
 
 
714 aa  96.7  9e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.756709  normal  0.201817 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3869  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.31 
 
 
616 aa  96.7  1e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0022  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.17 
 
 
1499 aa  95.9  2e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1826  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.08 
 
 
630 aa  95.5  2e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0888009 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1343  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.29 
 
 
576 aa  94.7  4e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.413012  normal  0.0352192 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2234  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.93 
 
 
935 aa  94.7  4e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00708  nodulation protein  48.39 
 
 
358 aa  94.4  5e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.011676  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2659  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.78 
 
 
1070 aa  94.4  5e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.337944  normal  0.276356 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0183  protein kinase  44.9 
 
 
1697 aa  94  6e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3457  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.78 
 
 
1070 aa  94  6e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5151  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.22 
 
 
636 aa  94  6e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.300471  normal  0.605559 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0366  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  37.91 
 
 
1081 aa  93.6  8e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1544  ATP-binding region ATPase domain protein  36.43 
 
 
1710 aa  92.8  1e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0034  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.4 
 
 
728 aa  93.2  1e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4343  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.9 
 
 
759 aa  92.4  2e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.77937  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0214  GAF sensor signal transduction histidine kinase  44.44 
 
 
427 aa  92.4  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.328681  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1557  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.38 
 
 
773 aa  92  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.468664  hitchhiker  0.00480077 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5089  sensor histidine kinase  42.34 
 
 
355 aa  91.7  3e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3813  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.15 
 
 
963 aa  91.7  3e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000539796  normal  0.0501343 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1042  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.39 
 
 
1059 aa  92  3e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.192885 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0320  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.25 
 
 
838 aa  91.7  3e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.88782 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5309  sensor histidine kinase  35.86 
 
 
1744 aa  91.7  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0910571 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0021  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.83 
 
 
1225 aa  90.9  5e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.363406  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1552  histidine kinase  38.26 
 
 
382 aa  90.9  5e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2725  diguanylate cyclase  37.82 
 
 
479 aa  90.9  6e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.443683  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0788  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.48 
 
 
634 aa  90.9  6e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4753  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.36 
 
 
630 aa  90.5  7e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2663  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.46 
 
 
1369 aa  90.5  7e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6170  multi-sensor signal transduction multi-kinase  42.34 
 
 
1748 aa  90.1  9e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3579  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.62 
 
 
1432 aa  90.1  9e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.133683  normal  0.981214 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3512  histidine kinase  44.09 
 
 
357 aa  90.1  1e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5549  sensor histidine kinase  43.56 
 
 
355 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1683  PAS sensor protein  35.25 
 
 
1833 aa  89  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.725143 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1913  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.69 
 
 
1118 aa  89.4  2e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2138  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.09 
 
 
351 aa  89  2e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7458  putative sensor histidine kinase with ATP-binding region  39.5 
 
 
406 aa  89  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5743  ATPase domain-containing protein  44.76 
 
 
1685 aa  88.2  3e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6496  ATPase domain-containing protein  44.76 
 
 
1685 aa  88.2  4e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.53789  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3107  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.8 
 
 
799 aa  87.8  4e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.765319  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0404  hypothetical protein  26.62 
 
 
1182 aa  87.8  4e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.465468  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2693  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.04 
 
 
873 aa  87.8  4e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0003  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.5 
 
 
669 aa  88.2  4e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5501  two component sensor kinase  42.86 
 
 
356 aa  87.8  4e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.927814  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1029  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.01 
 
 
1820 aa  87.8  5e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.165868 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0225  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.54 
 
 
1418 aa  87.4  6e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.180068  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6262  sensor histidine kinase  32.12 
 
 
1202 aa  87.4  6e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0163021  normal  0.538502 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0435  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.59 
 
 
703 aa  87.4  6e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0581  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.98 
 
 
748 aa  87  7e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.401859  normal  0.981088 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3071  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.93 
 
 
1222 aa  87  9e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0997499 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0674  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.18 
 
 
1021 aa  86.7  9e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0211  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.34 
 
 
671 aa  85.9  0.000000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.143322 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0198  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.02 
 
 
1344 aa  85.1  0.000000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.592297 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4925  sensory box sensor histidine kinase  25.46 
 
 
614 aa  84.7  0.000000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1379  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.09 
 
 
1611 aa  84.3  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0041  sensor histidine kinase  43 
 
 
356 aa  84.3  0.000000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.708956  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1772  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.05 
 
 
1169 aa  84.3  0.000000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.914739  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0064  Signal transduction histidine kinase  27.11 
 
 
1714 aa  84.3  0.000000000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.274411 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1349  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.47 
 
 
1578 aa  83.2  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1966  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.74 
 
 
492 aa  82.8  0.00000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.917004  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4417  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.5 
 
 
1548 aa  83.2  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.409401 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>