113 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_1892 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010681  Bphyt_1892  hypothetical protein  100 
 
 
126 aa  256  6e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00275007  normal  0.354275 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2707  hypothetical protein  83.33 
 
 
123 aa  181  4.0000000000000006e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.861787  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7054  hypothetical protein  70.49 
 
 
113 aa  153  6e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.385812 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6004  hypothetical protein  69.84 
 
 
120 aa  150  5.9999999999999996e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.586862  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4375  hypothetical protein  59.8 
 
 
125 aa  119  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4415  hypothetical protein  61.9 
 
 
118 aa  113  1.0000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.706002  normal  0.855895 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0205  hypothetical protein  53.92 
 
 
108 aa  105  3e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.260069  normal  0.512826 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4935  hypothetical protein  60 
 
 
104 aa  98.6  2e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.254281  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1838  putative sarcosine oxidase alpha subunit  50 
 
 
99 aa  95.1  3e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.227251  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4424  putative sarcosine oxidase alpha subunit  52.53 
 
 
103 aa  93.6  7e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.178387  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1932  putative sarcosine oxidase alpha subunit  61.54 
 
 
99 aa  92.8  2e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4399  putative sarcosine oxidase alpha subunit  54.88 
 
 
99 aa  91.3  4e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.265808 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8314  uncharacterized NAD(FAD)-dependent dehydrogenase  45.45 
 
 
98 aa  90.9  5e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1832  SoxA protein  50 
 
 
98 aa  88.6  3e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.537733 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2710  hypothetical protein  50.55 
 
 
97 aa  87.4  6e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.678347  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000038  hypothetical protein  44.68 
 
 
99 aa  86.3  1e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6549  hypothetical protein  51.52 
 
 
99 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.851972  normal  0.34224 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4342  putative sarcosine oxidase alpha subunit  42.57 
 
 
98 aa  82.4  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.320277  normal  0.580736 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5701  hypothetical protein  53.93 
 
 
99 aa  80.1  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6065  hypothetical protein  53.93 
 
 
99 aa  80.1  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1687  hypothetical protein  44.32 
 
 
102 aa  78.6  0.00000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.410801  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5995  hypothetical protein  52.81 
 
 
99 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.532298  normal  0.410232 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5918  hypothetical protein  47.3 
 
 
95 aa  73.9  0.0000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.0000277826  normal  0.0333521 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2741  putative sarcosine oxidase alpha subunit  63.93 
 
 
96 aa  73.2  0.000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00423187  normal  0.294412 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6534  hypothetical protein  36.04 
 
 
130 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.855278 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0089  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase  34.88 
 
 
478 aa  67.8  0.00000000005  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  decreased coverage  0.000828017  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6381  hypothetical protein  45 
 
 
107 aa  67  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6614  hypothetical protein  45 
 
 
107 aa  67  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0572685 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4725  FAD dependent oxidoreductase  40.48 
 
 
85 aa  65.9  0.0000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0721  FAD dependent oxidoreductase  41.56 
 
 
983 aa  65.1  0.0000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0918  FAD dependent oxidoreductase  46.05 
 
 
960 aa  63.9  0.0000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6007  hypothetical protein  39.47 
 
 
113 aa  63.2  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00459941  normal  0.16745 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5605  FAD dependent oxidoreductase  37 
 
 
984 aa  63.2  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6212  hypothetical protein  43.75 
 
 
95 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.56865  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31610  hypothetical protein  48.53 
 
 
87 aa  61.6  0.000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4562  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  44.05 
 
 
591 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0998615  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4108  ferredoxin  44.44 
 
 
85 aa  58.9  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0719298  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4124  hypothetical protein  46.15 
 
 
78 aa  58.9  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00126127  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2478  ferredoxin / FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  37.66 
 
 
429 aa  58.2  0.00000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3103  hydrogen cyanide synthase HcnA  36.17 
 
 
104 aa  57.8  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0827146  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0972  sarcosine oxidase, alpha subunit  32.93 
 
 
103 aa  57.4  0.00000007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000186283  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0083  hypothetical protein  37.5 
 
 
112 aa  57.4  0.00000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5218  hypothetical protein  43.59 
 
 
82 aa  57.4  0.00000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0877789  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3638  hypothetical protein  37.33 
 
 
115 aa  57  0.00000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0468705  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36330  hydrogen cyanide synthase HcnA  38.55 
 
 
104 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.533947 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01437  sarcosine oxidase alpha subunit  51.02 
 
 
77 aa  56.6  0.0000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.354445  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1380  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  35.8 
 
 
429 aa  56.2  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1476  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  35.8 
 
 
429 aa  56.2  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0690  hypothetical protein  42.86 
 
 
107 aa  55.8  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0780442  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1842  ferredoxin  41.77 
 
 
84 aa  55.8  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2065  NAD-dependent formate dehydrogenase, alpha subunit  46.58 
 
 
132 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5373  hypothetical protein  40 
 
 
114 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.220109 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2647  sarcosine oxidase subunit alpha, N-terminal  30 
 
 
110 aa  54.7  0.0000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0375869  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2598  sarcosine oxidase, alpha subunit  30 
 
 
110 aa  54.7  0.0000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4731  hypothetical protein  41.33 
 
 
116 aa  54.7  0.0000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.428558  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3632  hypothetical protein  41.33 
 
 
115 aa  54.7  0.0000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.315693 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2844  putative sarcosine oxidase, alpha subunit  30 
 
 
110 aa  54.7  0.0000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000266999 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2850  sarcosine oxidase alpha subunit  29.63 
 
 
110 aa  53.9  0.0000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00413596  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3538  hypothetical protein  41.33 
 
 
114 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.227842  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2563  sarcosine oxidase, alpha subunit  28.75 
 
 
110 aa  53.1  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0876  putative ferredoxin-containing oxidase  37.36 
 
 
98 aa  53.1  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.332826 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2641  sarcosine oxidase, alpha subunit  28 
 
 
110 aa  53.1  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00222021  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2889  putative sarcosine oxidase, alpha subunit  28.75 
 
 
110 aa  51.6  0.000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.36789  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3944  hypothetical protein  37.66 
 
 
112 aa  51.2  0.000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.260668  normal  0.814713 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5061  hypothetical protein  38.16 
 
 
115 aa  51.2  0.000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.29675 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2443  sarcosine oxidase alpha subunit  28.4 
 
 
110 aa  51.2  0.000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0360142  normal  0.998563 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6499  hypothetical protein  39.44 
 
 
97 aa  50.8  0.000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.563111  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0938  hypothetical protein  34.18 
 
 
469 aa  50.4  0.000007  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.903873  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1389  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  35.53 
 
 
452 aa  50.8  0.000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.232335  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4669  ferredoxin  32.53 
 
 
90 aa  50.1  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.646461  normal  0.942381 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4428  hypothetical protein  36.29 
 
 
128 aa  50.1  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.121041  normal  0.609909 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2310  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  35 
 
 
452 aa  48.9  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1889  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  46.58 
 
 
77 aa  48.5  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1417  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  46.58 
 
 
77 aa  48.1  0.00004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0975187  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0755  hypothetical protein  37.35 
 
 
107 aa  48.1  0.00004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2197  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  46.58 
 
 
77 aa  48.1  0.00004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.725852  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0572  hypothetical protein  46.58 
 
 
77 aa  48.1  0.00004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.313492  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0475  hypothetical protein  46.58 
 
 
77 aa  48.1  0.00004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.284362  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0883  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  46.58 
 
 
77 aa  48.1  0.00004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3516  ferredoxin  32.94 
 
 
108 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0641626  normal  0.579773 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6627  hypothetical protein  42.11 
 
 
112 aa  46.6  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.511531  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0305  hypothetical protein  36 
 
 
101 aa  45.4  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1708  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.02 
 
 
959 aa  44.3  0.0005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4144  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.21 
 
 
983 aa  43.9  0.0007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.110494  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0552  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.21 
 
 
983 aa  43.9  0.0007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.918724  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0895  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.21 
 
 
983 aa  43.9  0.0007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.99873  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1031  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.21 
 
 
983 aa  43.9  0.0007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.52357  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0990  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.21 
 
 
983 aa  43.9  0.0007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.656443 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2902  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.55 
 
 
984 aa  43.9  0.0008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.679741  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2501  sarcosine oxidase alpha subunit  30.26 
 
 
80 aa  43.9  0.0008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.295491  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0907  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.21 
 
 
983 aa  43.9  0.0008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.979482  decreased coverage  0.00925571 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0926  hypothetical protein  37.88 
 
 
71 aa  43.9  0.0008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.99107 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2366  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.05 
 
 
983 aa  43.5  0.0009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.739285 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0735  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.29 
 
 
952 aa  43.1  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0450  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.35 
 
 
984 aa  42.7  0.002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.858013  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2941  hypothetical protein  33.33 
 
 
102 aa  42.7  0.002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0555  formate dehydrogenase subunit alpha  40 
 
 
957 aa  42.4  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.185124  normal  0.358497 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2595  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.35 
 
 
984 aa  42.7  0.002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.619743  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0967  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.35 
 
 
984 aa  42.7  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2964  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.35 
 
 
984 aa  42.4  0.002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>