More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_1690 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010681  Bphyt_1690  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
340 aa  696    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.184993  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5688  LysR family transcriptional regulator  68.69 
 
 
315 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.618949  normal  0.146319 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2140  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 
298 aa  153  5e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3206  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 
326 aa  152  1e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  unclonable  0.000350263  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4973  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 
306 aa  151  1e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5689  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 
307 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.104917 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4615  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 
307 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0591659 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3753  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 
307 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0864  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 
326 aa  150  4e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000134216  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2049  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 
326 aa  150  4e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.0000000535454  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1914  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 
326 aa  150  4e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00000121317  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3220  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 
326 aa  150  4e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000114793  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3167  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 
326 aa  150  4e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.000000000529291  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2557  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 
327 aa  149  9e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.221386  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1403  LysR family transcriptional regulator  30.7 
 
 
326 aa  145  1e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.000000041163  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4606  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 
306 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3757  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 
306 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.196954  normal  0.103625 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1227  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 
312 aa  144  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.207252 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3766  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 
306 aa  143  5e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.368429  normal  0.290887 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2428  LysR family transcriptional regulator  30.46 
 
 
329 aa  142  9e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.886071  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3128  LysR family transcriptional regulator  28.61 
 
 
349 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.677462  normal  0.0859375 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0706  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
328 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2342  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 
306 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 
292 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1971  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 
355 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0397721 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3069  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 
349 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3186  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 
349 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.651713  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3131  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 
349 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.154836  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0723  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 
328 aa  138  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.562943 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2289  transcriptional regulator, LysR family  29.3 
 
 
353 aa  139  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3147  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 
349 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.315246 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2518  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 
349 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 
313 aa  138  2e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0138  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 
351 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0153  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 
351 aa  137  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0342  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 
351 aa  137  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2811  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 
351 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6482  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 
349 aa  137  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.833038 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0124  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 
351 aa  137  2e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0145  transcriptional regulator  29.43 
 
 
351 aa  137  2e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0305  transcriptional regulator, LysR family  30.41 
 
 
367 aa  137  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4420  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 
367 aa  137  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0287989 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2347  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 
351 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.890874  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2270  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 
351 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.520231  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5488  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 
306 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.964929 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3634  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 
306 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2586  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 
295 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  31.68 
 
 
305 aa  136  5e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 
291 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6475  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
299 aa  136  6.0000000000000005e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.820215 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 
292 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 
292 aa  135  9e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2967  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 
320 aa  135  9e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2353  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 
320 aa  135  9e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.884603  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2987  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 
320 aa  135  9e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6316  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 
320 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2760  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 
319 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2712  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 
295 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 
293 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 
293 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2877  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 
320 aa  134  3e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.645663 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
301 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 
292 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0031  LysR family transcriptional regulator  28.76 
 
 
362 aa  133  5e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 
305 aa  133  5e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3014  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 
320 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 
293 aa  132  9e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  30.96 
 
 
309 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3684  transcriptional regulator, LysR family  29.25 
 
 
312 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 
292 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2690  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 
295 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 
292 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  33.45 
 
 
289 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 
320 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3361  transcriptional regulator, LysR family  29.25 
 
 
312 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.955701  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 
289 aa  130  3e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0796  LysR family transcriptional regulator  30.57 
 
 
325 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0156  transcriptional regulator, LysR family  30.79 
 
 
307 aa  130  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000497114  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0148  LysR family transcriptional regulator  30.79 
 
 
307 aa  130  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0826  LysR family transcriptional regulator  30.79 
 
 
327 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.325124  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3570  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 
310 aa  130  3e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0343  LysR family transcriptional regulator  30.79 
 
 
327 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0065  transcription regulator protein  29.25 
 
 
312 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2661  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 
295 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.583907  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2050  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 
295 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  32.51 
 
 
288 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1328  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 
307 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.277671 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3919  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 
327 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4487  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 
307 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 
289 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  31.1 
 
 
290 aa  128  1.0000000000000001e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 
305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  32.04 
 
 
289 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  28.01 
 
 
303 aa  128  2.0000000000000002e-28  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4614  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 
314 aa  127  2.0000000000000002e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0515888  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  28.29 
 
 
303 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2962  LysR family transcriptional regulator  29.28 
 
 
320 aa  127  3e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1394  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 
430 aa  127  3e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.52025  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4209  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
302 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 
338 aa  127  3e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>