More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_1631 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008836  BMA10229_A0176  transcription elongation factor NusA  92.26 
 
 
491 aa  883    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0109764  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1700  NusA antitermination factor  71.63 
 
 
492 aa  717    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00892855 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2750  NusA antitermination factor  68.57 
 
 
494 aa  677    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.504995  normal  0.0950252 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1288  transcription elongation factor NusA  81.63 
 
 
491 aa  805    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0215031  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1730  transcription elongation factor NusA  96.13 
 
 
491 aa  917    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1062  transcription elongation factor NusA  92.26 
 
 
491 aa  883    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2989  NusA antitermination factor  68.37 
 
 
495 aa  660    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.416264  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2453  transcription elongation factor NusA  67.62 
 
 
490 aa  681    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000540151  normal  0.905596 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2029  transcription elongation factor NusA  80.04 
 
 
491 aa  790    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1691  transcription elongation factor NusA  67.21 
 
 
491 aa  667    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.349056  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0698  NusA antitermination factor  67.55 
 
 
492 aa  666    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.10534  normal  0.240105 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1914  transcription elongation factor NusA  92.26 
 
 
491 aa  883    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.845456  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1116  transcription elongation factor NusA  81.02 
 
 
491 aa  802    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.749384 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4640  transcription elongation factor NusA  91.45 
 
 
491 aa  877    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0433765  normal  0.822705 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1865  transcription elongation factor NusA  68.57 
 
 
495 aa  662    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.253606  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2565  transcription elongation factor NusA  92.46 
 
 
491 aa  885    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00130089  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1922  NusA antitermination factor  70 
 
 
492 aa  690    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0208405 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1094  transcription elongation factor NusA  73.93 
 
 
493 aa  743    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1761  transcription elongation factor NusA  92.26 
 
 
491 aa  883    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1209  transcription elongation factor NusA  81.02 
 
 
491 aa  804    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.128579  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2133  NusA antitermination factor  69.39 
 
 
498 aa  688    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.502906  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1421  transcription elongation factor NusA  91.85 
 
 
491 aa  878    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0329519 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2425  NusA antitermination factor  68.57 
 
 
506 aa  687    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000562867  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2821  transcription elongation factor NusA  99.39 
 
 
491 aa  968    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00148151  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1475  transcription elongation factor NusA  92.06 
 
 
491 aa  881    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.229301  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1756  transcription elongation factor NusA  92.46 
 
 
491 aa  884    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.661093  normal  0.0375978 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2032  transcription elongation factor NusA  81.26 
 
 
491 aa  800    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.395424  normal  0.0287229 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1246  NusA antitermination factor  68.98 
 
 
494 aa  682    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0519661  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2747  NusA antitermination factor  70.41 
 
 
494 aa  699    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1019  transcription elongation factor NusA  92.06 
 
 
491 aa  882    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.974468  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2562  NusA antitermination factor  68.78 
 
 
494 aa  680    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0312455  hitchhiker  0.00289599 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1228  transcription elongation factor NusA  75.15 
 
 
493 aa  755    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  decreased coverage  0.00625796  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1381  transcription elongation factor NusA  91.85 
 
 
491 aa  878    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.113338  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0990  transcription elongation factor NusA  92.26 
 
 
491 aa  883    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0472282  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1739  transcription elongation factor NusA  92.26 
 
 
491 aa  883    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0423315  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1508  transcription elongation factor NusA  92.26 
 
 
491 aa  883    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1499  transcription elongation factor NusA  92.06 
 
 
491 aa  882    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0985088  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1631  transcription elongation factor NusA  100 
 
 
491 aa  974    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00268035 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2012  NusA antitermination factor  67.76 
 
 
506 aa  677    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.000880424  normal  0.51664 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3384  NusA antitermination factor  69.18 
 
 
494 aa  684    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0163394  normal  0.419703 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0066  transcription elongation factor NusA  65.1 
 
 
488 aa  605  9.999999999999999e-173  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000185989  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5463  transcription elongation factor NusA  56.07 
 
 
493 aa  542  1e-153  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62770  transcription elongation factor NusA  56.07 
 
 
493 aa  542  1e-153  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1949  transcription elongation factor NusA  55.4 
 
 
498 aa  540  9.999999999999999e-153  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.394294  normal  0.0311483 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1750  transcription elongation factor NusA  55.6 
 
 
501 aa  540  9.999999999999999e-153  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.844805  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2121  transcription elongation factor NusA  54.56 
 
 
506 aa  536  1e-151  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.274581  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42830  transcription elongation factor NusA  56.07 
 
 
493 aa  525  1e-148  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1316  transcription elongation factor NusA  53.92 
 
 
499 aa  523  1e-147  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0720  transcription elongation factor NusA  56.16 
 
 
493 aa  522  1e-147  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0992944 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2709  transcription elongation factor NusA  55.4 
 
 
493 aa  523  1e-147  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4713  transcription elongation factor NusA  55.76 
 
 
493 aa  519  1e-146  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00944851 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4713  transcription elongation factor NusA  55.76 
 
 
493 aa  519  1e-146  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0390  transcription termination factor NusA  54.88 
 
 
493 aa  520  1e-146  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4578  transcription elongation factor NusA  55.76 
 
 
493 aa  519  1e-146  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00867288  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0554  NusA antitermination factor  54.88 
 
 
493 aa  520  1e-146  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.557873  normal  0.218927 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1468  NusA antitermination factor  54.79 
 
 
491 aa  519  1e-146  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0601103  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0724  NusA antitermination factor  53.14 
 
 
495 aa  521  1e-146  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.188433  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3349  transcription elongation factor NusA  55.15 
 
 
497 aa  521  1e-146  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.451805  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0178  transcription elongation factor NusA  53.55 
 
 
503 aa  512  1e-144  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.125443  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0202  transcription elongation factor NusA  53.55 
 
 
503 aa  513  1e-144  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.504361  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4491  N utilization substance protein A  55.35 
 
 
493 aa  511  1e-143  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.119546  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4181  transcription elongation factor NusA  55.35 
 
 
493 aa  511  1e-143  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1122  NusA antitermination factor  52.93 
 
 
495 aa  511  1e-143  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1002  transcription elongation factor NusA  53.75 
 
 
501 aa  504  1e-141  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0778  transcription elongation factor NusA  54.75 
 
 
493 aa  504  1e-141  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000311397  normal  0.0634223 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0562  transcription elongation factor NusA  52.93 
 
 
503 aa  503  1e-141  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3609  transcription elongation factor NusA  54.23 
 
 
493 aa  501  1e-140  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1601  transcription elongation factor NusA  52.53 
 
 
503 aa  498  1e-139  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.468238  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2816  transcription elongation factor NusA  54.64 
 
 
503 aa  493  9.999999999999999e-139  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01302  transcription elongation factor NusA  54.29 
 
 
495 aa  486  1e-136  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.30262  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2821  transcription elongation factor NusA  51.32 
 
 
492 aa  482  1e-135  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2690  transcription elongation factor NusA  51.32 
 
 
492 aa  484  1e-135  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01759  transcription elongation factor NusA  50.4 
 
 
498 aa  483  1e-135  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.320518  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1694  NusA antitermination factor  50.1 
 
 
497 aa  479  1e-134  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03036  transcription elongation factor NusA  50 
 
 
495 aa  477  1e-133  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0536  NusA antitermination factor  50 
 
 
495 aa  477  1e-133  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2828  transcription elongation factor NusA  51.11 
 
 
499 aa  475  1e-133  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00193559  hitchhiker  0.00416619 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3466  transcription elongation factor NusA  50.2 
 
 
496 aa  478  1e-133  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02987  hypothetical protein  50 
 
 
495 aa  477  1e-133  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3361  transcription elongation factor NusA  50 
 
 
495 aa  477  1e-133  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0352386  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1026  NusA antitermination factor  50.71 
 
 
496 aa  477  1e-133  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.152945  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4490  transcription elongation factor NusA  49.8 
 
 
495 aa  475  1e-133  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3602  transcription elongation factor NusA  50.2 
 
 
495 aa  478  1e-133  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.761318  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3653  transcription elongation factor NusA  50 
 
 
495 aa  477  1e-133  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.588616  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0529  transcription elongation factor NusA  50 
 
 
495 aa  477  1e-133  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000129927 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0989  transcription elongation factor NusA  50.1 
 
 
499 aa  475  1e-133  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0722775  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3465  transcription elongation factor NusA  50 
 
 
495 aa  477  1e-133  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.246943  normal  0.841765 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0960  transcription elongation factor NusA  51.31 
 
 
499 aa  478  1e-133  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.285563  normal  0.179607 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3075  NusA antitermination factor  53.33 
 
 
497 aa  472  1e-132  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1025  transcription elongation factor NusA  50.71 
 
 
499 aa  473  1e-132  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00167997  hitchhiker  0.00000356504 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1090  transcription elongation factor NusA  50.71 
 
 
499 aa  473  1e-132  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0136267  normal  0.0716025 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0816  NusA antitermination factor  48.69 
 
 
499 aa  474  1e-132  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.706967  hitchhiker  0.00205757 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1203  transcription elongation factor NusA  50.51 
 
 
499 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3240  transcription elongation factor NusA  50.91 
 
 
499 aa  468  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.001866  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03397  transcription elongation factor NusA  49.39 
 
 
495 aa  471  1.0000000000000001e-131  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1029  transcription elongation factor NusA  50.3 
 
 
499 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0307152  hitchhiker  0.0000658902 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1006  transcription elongation factor NusA  49.49 
 
 
499 aa  467  9.999999999999999e-131  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.614883  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3418  transcription elongation factor NusA  50.91 
 
 
499 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000438946  hitchhiker  0.000891299 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3390  transcription elongation factor NusA  49.09 
 
 
499 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000181989  hitchhiker  0.00101946 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3562  transcription elongation factor NusA  49.29 
 
 
499 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.490076  decreased coverage  0.000000857333 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>