More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_0053 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010681  Bphyt_0053  inner-membrane translocator  100 
 
 
278 aa  528  1e-149  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5901  inner-membrane translocator  62.04 
 
 
277 aa  343  2e-93  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.134465 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1309  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  59.85 
 
 
277 aa  340  1e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.29415  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2992  hypothetical protein  60.29 
 
 
278 aa  326  3e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4423  inner-membrane translocator  58.03 
 
 
277 aa  302  5.000000000000001e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5696  inner-membrane translocator  59.78 
 
 
277 aa  301  1e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0633933  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6649  inner-membrane translocator  59.85 
 
 
277 aa  299  3e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0493253  normal  0.0600103 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3820  inner-membrane translocator  36.23 
 
 
295 aa  159  5e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0431  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  34.8 
 
 
291 aa  157  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00135798  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4265  inner-membrane translocator  33.21 
 
 
291 aa  152  5e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000271034  decreased coverage  0.00000610723 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0146  inner-membrane translocator  35.53 
 
 
291 aa  151  8.999999999999999e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000678204  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4606  urea ABC transporter, permease protein UrtB  35.77 
 
 
558 aa  150  2e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2619  urea ABC transporter, permease protein UrtB  34.67 
 
 
545 aa  149  3e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.098179 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4451  branched chain amino acid ABC transporter permease  36.5 
 
 
288 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0795745 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1020  inner-membrane translocator  33.68 
 
 
548 aa  140  1.9999999999999998e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.205797 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4291  inner-membrane translocator  33.71 
 
 
288 aa  139  6e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00956454 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3499  urea ABC transporter, permease protein UrtB  36.92 
 
 
296 aa  138  1e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.182333 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4185  inner-membrane translocator  33.96 
 
 
537 aa  137  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.940988  normal  0.195326 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4745  inner-membrane translocator  34.32 
 
 
287 aa  135  5e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.397028  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3492  ABC transporter membrane spanning protein (urea/amide)  32.12 
 
 
542 aa  135  5e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.290236  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0994  inner-membrane translocator  35.8 
 
 
642 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0350  inner-membrane translocator  32.6 
 
 
290 aa  134  1.9999999999999998e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4190  urea ABC transporter, permease protein UrtB  33.46 
 
 
537 aa  133  3e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5858  inner-membrane translocator  37.59 
 
 
299 aa  133  3e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0449527 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7017  branched chain amino acid ABC transporter permease  33.08 
 
 
520 aa  132  6e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.470774 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3701  inner-membrane translocator  33.21 
 
 
537 aa  132  6e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.233438  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1906  inner-membrane translocator  34.31 
 
 
287 aa  132  7.999999999999999e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.768984 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2696  inner-membrane translocator  32.71 
 
 
554 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.665567  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3509  inner-membrane translocator  32.71 
 
 
542 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.29113  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3000  inner-membrane translocator  32.75 
 
 
534 aa  130  2.0000000000000002e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.825647  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4661  inner-membrane translocator  35.34 
 
 
290 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1444  urea ABC transporter, permease protein UrtB  32.12 
 
 
523 aa  130  3e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.619152  hitchhiker  0.00108111 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1288  inner-membrane translocator  35.27 
 
 
294 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4370  inner-membrane translocator  35.48 
 
 
290 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178005  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1505  inner-membrane translocator  34.91 
 
 
294 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2987  ABC transporter inner-membrane translocator  31.88 
 
 
547 aa  129  4.0000000000000003e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.334441 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1795  inner-membrane translocator  32.71 
 
 
542 aa  129  6e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.526146  normal  0.212557 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  35.4 
 
 
652 aa  129  7.000000000000001e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4150  inner-membrane translocator  33.08 
 
 
545 aa  128  1.0000000000000001e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3062  urea ABC transporter, permease protein UrtB  31.34 
 
 
550 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0949  inner-membrane translocator  31.56 
 
 
540 aa  127  2.0000000000000002e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3317  urea ABC transporter, permease protein UrtB  30.97 
 
 
545 aa  126  5e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.321889  normal  0.490137 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0998  inner-membrane translocator  32.97 
 
 
524 aa  125  7e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00882  Branched-chain amino acid ABC-type transport system, permease component  34.81 
 
 
538 aa  124  1e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1394  inner-membrane translocator  32.61 
 
 
524 aa  124  1e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.22997  normal  0.640869 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4821  inner-membrane translocator  35.19 
 
 
313 aa  125  1e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.92898  normal  0.437854 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1944  inner-membrane translocator  35.65 
 
 
642 aa  124  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.28187  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0300  ABC branched chain amino acid transporter, inner membrane subunit  35.65 
 
 
642 aa  124  2e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.247535  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2312  inner-membrane translocator  31.64 
 
 
551 aa  124  2e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.280528  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4018  inner-membrane translocator  36.4 
 
 
639 aa  124  2e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.730254 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1621  inner-membrane translocator  33.95 
 
 
287 aa  123  3e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.77317 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2986  inner-membrane translocator  34.32 
 
 
287 aa  122  4e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0359468  normal  0.478138 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1227  inner-membrane translocator  35.79 
 
 
288 aa  122  4e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0358415  normal  0.0652986 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1954  branched chain amino acid ABC transporter permease  31.87 
 
 
297 aa  122  5e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3499  inner-membrane translocator  32.96 
 
 
526 aa  122  6e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.627078 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0228  inner-membrane translocator  35.94 
 
 
297 aa  122  6e-27  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0160417  normal  0.113525 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3113  urea ABC transporter, permease protein UrtB  30.11 
 
 
307 aa  122  7e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1256  branched-chain amino acid ABC transporter, permease component  32.12 
 
 
543 aa  122  9.999999999999999e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.897203  normal  0.359191 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4077  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.5 
 
 
293 aa  120  3e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1822  inner-membrane translocator  32.41 
 
 
302 aa  120  3e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.564217  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3210  inner-membrane translocator  32.61 
 
 
527 aa  119  4.9999999999999996e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.380368  normal  0.533743 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3380  inner-membrane translocator  32.25 
 
 
526 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3134  inner-membrane translocator  37.86 
 
 
288 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3203  branched chain amino acid ABC transporter permease  33.46 
 
 
290 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.92248 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2006  inner-membrane translocator  31.12 
 
 
301 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0734  inner-membrane translocator  33.45 
 
 
286 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1596  urea ABC transporter, permease protein UrtB  30.85 
 
 
308 aa  117  3e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0227  Fis family transcriptional regulator  33.33 
 
 
537 aa  116  3e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.903114 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0993  inner-membrane translocator  30.99 
 
 
592 aa  116  3e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2160  urea ABC transporter, permease protein UrtB  30.94 
 
 
539 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.361023  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2777  urea ABC transporter, permease protein UrtB  31.96 
 
 
297 aa  116  3.9999999999999997e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6329  inner-membrane translocator  33.33 
 
 
289 aa  116  5e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.33 
 
 
290 aa  115  5e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1256  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  32 
 
 
285 aa  115  6e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0765921 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1330  inner-membrane translocator  34.81 
 
 
288 aa  115  8.999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3239  urea ABC transporter, permease protein UrtB  31.52 
 
 
292 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00145341  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1018  inner-membrane translocator  32.73 
 
 
286 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4228  urea ABC transporter, permease protein UrtB  32.55 
 
 
551 aa  114  1.0000000000000001e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0420008  normal  0.435357 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0499  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  29.93 
 
 
286 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0809896  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3019  inner-membrane translocator  33.08 
 
 
290 aa  113  3e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.49585 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3799  inner-membrane translocator  30.86 
 
 
294 aa  113  3e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.266224  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1085  urea ABC transporter, permease protein UrtB  32.73 
 
 
528 aa  113  4.0000000000000004e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2303  inner-membrane translocator  30.83 
 
 
286 aa  113  4.0000000000000004e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0086  inner-membrane translocator  36.43 
 
 
290 aa  112  7.000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4886  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.7 
 
 
529 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3321  inner-membrane translocator  37.36 
 
 
290 aa  112  7.000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0589  inner-membrane translocator  32.26 
 
 
500 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.892329  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1242  inner-membrane translocator  34.17 
 
 
628 aa  112  9e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4842  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  31.44 
 
 
346 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.25148  normal  0.358489 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0700  inner-membrane translocator  32.45 
 
 
522 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.214465  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3802  inner-membrane translocator  33.74 
 
 
315 aa  111  1.0000000000000001e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4427  inner-membrane translocator  31.32 
 
 
529 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0483913  normal  0.930967 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1989  inner-membrane translocator  30.3 
 
 
524 aa  110  2.0000000000000002e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.517253  normal  0.183409 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3999  inner-membrane translocator  36.24 
 
 
308 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4182  inner-membrane translocator  35.09 
 
 
289 aa  111  2.0000000000000002e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3652  inner-membrane translocator  33.92 
 
 
293 aa  111  2.0000000000000002e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5511  urea ABC transporter, permease protein UrtB  33.21 
 
 
308 aa  110  3e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.707108  normal  0.955868 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2204  inner-membrane translocator  31.43 
 
 
300 aa  110  3e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.749515  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2499  urea ABC transporter, permease protein UrtB  30.57 
 
 
539 aa  110  3e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0302622  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3866  inner-membrane translocator  30.36 
 
 
308 aa  110  3e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>