More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_6261 on replicon NC_010625
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010625  Bphy_6261  histone family protein DNA-binding protein  100 
 
 		 124 aa  246  5e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.307105 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7326  histone family protein DNA-binding protein  76.84 
 
 		 92 aa  142  1e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.076405 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4682  histone family protein DNA-binding protein  74.47 
 
 		 92 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0505442  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0956  DNA-binding protein HU-alpha  74.47 
 
 		 92 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.667832  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0004  DNA-binding protein HU-alpha  66.67 
 
 		 126 aa  122  1e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2913  DNA-binding protein HU, form B  66.67 
 
 		 92 aa  122  2e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.5361  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2972  DNA-binding protein HU-alpha  66.67 
 
 		 92 aa  122  2e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3397  DNA-binding protein HU, form B  66.67 
 
 		 92 aa  122  2e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.218557  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1629  DNA-binding protein HU, form B  66.67 
 
 		 92 aa  122  2e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0004  DNA-binding protein HU-alpha  66.67 
 
 		 92 aa  122  2e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0004  DNA-binding protein HU-alpha  66.67 
 
 		 92 aa  122  2e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3247  histone-like DNA-binding protein  66.67 
 
 		 92 aa  121  4e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.704477 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0065  histone family protein DNA-binding protein  66.67 
 
 		 92 aa  121  4e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0066  histone family protein DNA-binding protein  66.67 
 
 		 92 aa  121  4e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0005  histone-like DNA-binding protein  66.67 
 
 		 92 aa  121  4e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.129264  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0084  histone family protein DNA-binding protein  66.67 
 
 		 92 aa  121  4e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0055  histone family protein DNA-binding protein  66.67 
 
 		 92 aa  121  4e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0065  histone family protein DNA-binding protein  66.67 
 
 		 92 aa  121  4e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3067  histone family protein DNA-binding protein  65.59 
 
 		 92 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0353619 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3933  histone family protein DNA-binding protein  64.52 
 
 		 92 aa  118  3e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4504  DNA-binding protein HU-alpha  64.52 
 
 		 92 aa  118  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.806931 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4266  histone family protein DNA-binding protein  55.91 
 
 		 93 aa  98.6  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.598481  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0532  DNA-binding protein HU-beta  50.54 
 
 		 90 aa  94  5e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00043104  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2303  histone family protein DNA-binding protein  53.76 
 
 		 90 aa  92  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0561689  hitchhiker  0.000233767 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2337  histone-like DNA-binding protein  53.76 
 
 		 90 aa  92.4  2e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.0000000498066  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3466  histone family protein DNA-binding protein  53.76 
 
 		 90 aa  92  2e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.360259  hitchhiker  0.000212777 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1745  histone family protein DNA-binding protein  53.76 
 
 		 90 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.693876  hitchhiker  0.00044049 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3723  DNA-binding protein HU-beta  53.76 
 
 		 90 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.612497  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1905  histone family protein DNA-binding protein  53.76 
 
 		 90 aa  92  3e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.173408  hitchhiker  0.000216257 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1750  histone-like DNA-binding protein  53.76 
 
 		 90 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.519537  normal  0.0235988 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3694  nucleoid protein HU beta subunit  53.76 
 
 		 90 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.566059  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2053  nucleoid protein HU beta subunit  52.69 
 
 		 90 aa  91.3  4e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000457213  normal  0.0670315 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3493  DNA-binding protein HU  52.69 
 
 		 90 aa  90.5  7e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.175993  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41210  DNA-binding protein HU  52.69 
 
 		 90 aa  90.5  7e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0758892  normal  0.416187 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02474  DNA-binding protein HU  50.54 
 
 		 90 aa  90.5  7e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1468  DNA-binding protein HU beta subunit  52.13 
 
 		 91 aa  89.7  1e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.961834  normal  0.643607 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23600  histone-like DNA-binding protein  51.61 
 
 		 90 aa  88.6  2e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1674  histone-like DNA-binding protein  50.54 
 
 		 90 aa  89  2e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.171237 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3133  histone-like DNA-binding protein  49.46 
 
 		 90 aa  89  2e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000045924  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2043  histone-like DNA-binding protein  49.46 
 
 		 90 aa  88.2  3e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2026  histone family protein DNA-binding protein  49.46 
 
 		 106 aa  88.2  3e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000760647  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0508  DNA-binding protein HU  49.46 
 
 		 94 aa  87.4  5e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000000377509  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1726  histone family protein DNA-binding protein  51.61 
 
 		 90 aa  87.8  5e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.00000000326644  hitchhiker  0.00672024 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1641  DNA-binding protein HU  49.46 
 
 		 94 aa  87.4  5e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  7.02248e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1412  histone-like DNA-binding protein  52.17 
 
 		 91 aa  87.8  5e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000000277772  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6397  DNA-binding protein Hu-beta  50 
 
 		 144 aa  87.8  5e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1743  histone family protein DNA-binding protein  49.46 
 
 		 106 aa  87.4  7e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00392  HU, DNA-binding transcriptional regulator, beta subunit  50.54 
 
 		 90 aa  86.7  9e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3169  histone family protein DNA-binding protein  50.54 
 
 		 90 aa  86.7  9e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000005828  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0526  transcriptional regulator HU subunit beta  50.54 
 
 		 90 aa  86.7  9e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00026983  normal  0.698185 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0476  transcriptional regulator HU subunit beta  50.54 
 
 		 90 aa  86.7  9e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000220916  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00396  hypothetical protein  50.54 
 
 		 90 aa  86.7  9e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3192  transcriptional regulator HU subunit beta  50.54 
 
 		 90 aa  86.7  9e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0216859  hitchhiker  0.00242013 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0363  transcriptional regulator HU subunit beta  50.54 
 
 		 90 aa  86.7  9e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00017145  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0483  transcriptional regulator HU subunit beta  50.54 
 
 		 90 aa  86.7  9e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000219434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0517  transcriptional regulator HU subunit beta  50.54 
 
 		 90 aa  86.7  9e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000441181  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2014  histone family protein DNA-binding protein  50.54 
 
 		 90 aa  85.9  2e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000105311  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0133  histone family protein DNA-binding protein  48.39 
 
 		 91 aa  85.5  2e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000116647  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3538  HU family DNA-binding protein  53.19 
 
 		 92 aa  85.9  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00490432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2285  histone family protein DNA-binding protein  49.46 
 
 		 90 aa  85.5  2e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0556838  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3359  histone-like DNA-binding protein HU-beta (NS1)  50.53 
 
 		 92 aa  85.1  3e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3555  histone family protein DNA-binding protein  49.47 
 
 		 92 aa  84.3  4e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0493  transcriptional regulator HU subunit beta  49.46 
 
 		 90 aa  84.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.107938  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3231  histone family protein DNA-binding protein  49.47 
 
 		 92 aa  84.3  4e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0491  transcriptional regulator HU subunit beta  49.46 
 
 		 90 aa  84.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0126716  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0500  transcriptional regulator HU subunit beta  49.46 
 
 		 90 aa  84.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.332585  normal  0.0268714 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4704  histone-like DNA-binding protein  46.24 
 
 		 93 aa  84.7  4e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0510  transcriptional regulator HU subunit beta  49.46 
 
 		 90 aa  84.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0507646  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0554  transcriptional regulator HU subunit beta  49.46 
 
 		 90 aa  84.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00736621  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0007  histone-like DNA-binding protein  53.41 
 
 		 98 aa  84.3  5e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0907  transcriptional regulator HU subunit beta  49.46 
 
 		 90 aa  84  6e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0908162  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1797  HU family DNA-binding protein  49.46 
 
 		 90 aa  84  6e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1607  histone family protein DNA-binding protein  49.46 
 
 		 90 aa  84  6e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000022491  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1493  histone family protein DNA-binding protein  49.46 
 
 		 90 aa  84  6e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000000388309  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2747  histone family protein DNA-binding protein  49.46 
 
 		 90 aa  84  6e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000276504  normal  0.581764 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2492  histone family protein DNA-binding protein  49.46 
 
 		 90 aa  84  6e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000348442  normal  0.0842071 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2560  histone family protein DNA-binding protein  49.46 
 
 		 90 aa  84  6e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000135506  normal  0.0536414 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1596  histone family protein DNA-binding protein  49.46 
 
 		 90 aa  84  6e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000169185  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1630  histone family protein DNA-binding protein  49.46 
 
 		 90 aa  84  6e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000159632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3392  HU family DNA-binding protein  51.06 
 
 		 92 aa  84  7e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000680811  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00213  DNA-binding protein  50.54 
 
 		 101 aa  83.6  8e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1666  histone family protein DNA-binding protein  46.24 
 
 		 90 aa  83.6  9e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1611  nucleoid protein HU beta subunit  49.46 
 
 		 90 aa  83.6  9e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000132089  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3261  transcriptional regulator HU subunit beta  48.39 
 
 		 90 aa  82.8  0.000000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0390  histone family protein DNA-binding protein  48.39 
 
 		 90 aa  82.8  0.000000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.0000165854  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1474  putative DNA-binding protein HU-beta  45.16 
 
 		 90 aa  83.2  0.000000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000997119  hitchhiker  0.0000985943 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1051  transcriptional regulator HU subunit beta  48.39 
 
 		 90 aa  82.8  0.000000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.593082  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1837  histone family protein DNA-binding protein  50 
 
 		 90 aa  82.8  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00431989  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3110  histone family protein DNA-binding protein  49.46 
 
 		 90 aa  82.8  0.000000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000105676  hitchhiker  0.00000299463 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2879  histone family protein DNA-binding protein  47.31 
 
 		 90 aa  82.8  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1909  histone family protein DNA-binding protein  47.31 
 
 		 90 aa  82.8  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.715849  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1653  histone-like DNA-binding protein  45.16 
 
 		 90 aa  83.2  0.000000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000047794  unclonable  0.0000440637 
 
 
 
NC_008577  Shewana3_2658  histone family protein DNA-binding protein  49.46 
 
 		 90 aa  83.2  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000180426  normal  0.730265 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1098  histone family protein DNA-binding protein  48.39 
 
 		 101 aa  83.2  0.000000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00970005  hitchhiker  0.00000236625 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2793  histone family protein DNA-binding protein  51.65 
 
 		 94 aa  82.4  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2386  histone family protein DNA-binding protein  51.65 
 
 		 94 aa  82.4  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.405821  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2521  DNA-binding protein HU-beta  51.65 
 
 		 94 aa  82.4  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0944475  normal  0.0105947 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7592  DNA-binding protein HU-alpha  79.25 
 
 		 58 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.699759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1608  histone-like DNA-binding protein  47.83 
 
 		 96 aa  82  0.000000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  5.49082e-20  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0799  histone-like DNA-binding protein  46.24 
 
 		 90 aa  82  0.000000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0173855 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>