More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_0556 on replicon NC_010622
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010622  Bphy_0556  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
299 aa  579  1e-164  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.530376  normal  0.0228054 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3177  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  86.55 
 
 
288 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.836901  decreased coverage  0.000740556 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0788  ABC oligopeptide/dipeptide transporter, innermembrane subunit  88.32 
 
 
292 aa  449  1e-125  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.636145  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2076  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.17 
 
 
283 aa  347  2e-94  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.129382  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1084  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
265 aa  228  9e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1658  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.79 
 
 
303 aa  205  8e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.11217  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  41.2 
 
 
299 aa  204  1e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  41.2 
 
 
299 aa  204  2e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  41.2 
 
 
299 aa  204  2e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  41.2 
 
 
299 aa  204  2e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  41.2 
 
 
299 aa  204  2e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0951  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.11 
 
 
275 aa  203  3e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.24114  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4051  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.29 
 
 
306 aa  202  4e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.722195  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0718  putative dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter, permease protein  37.41 
 
 
298 aa  199  5e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.724633  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1504  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.64 
 
 
289 aa  198  7e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.109416  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1750  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.8 
 
 
274 aa  187  2e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.120165  normal  0.923474 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2115  peptide ABC transporter membrane protein  40.42 
 
 
286 aa  186  5e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.18 
 
 
312 aa  184  2.0000000000000003e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.68 
 
 
287 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3861  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.85 
 
 
359 aa  183  3e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.61209  hitchhiker  0.00385009 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.04 
 
 
296 aa  182  6e-45  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.15 
 
 
299 aa  182  7e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.62 
 
 
313 aa  181  9.000000000000001e-45  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0132  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.13 
 
 
300 aa  181  2e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.765267  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.45 
 
 
299 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.111328  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4658  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.11 
 
 
294 aa  179  2.9999999999999997e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.249945  normal  0.298261 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4111  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.45 
 
 
299 aa  179  4e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.553979  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0755  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.54 
 
 
291 aa  179  4.999999999999999e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0593743  normal  0.296521 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1671  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.83 
 
 
293 aa  176  3e-43  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  36.73 
 
 
300 aa  176  5e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6640  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.35 
 
 
272 aa  176  5e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.50093  normal  0.322179 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0269  ABC transporter related protein  37.83 
 
 
867 aa  175  7e-43  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0367  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  35.41 
 
 
323 aa  175  7e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.963173  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36 
 
 
298 aa  175  9.999999999999999e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0407535  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3715  peptide ABC transporter membrane protein  38.52 
 
 
290 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.17 
 
 
285 aa  173  1.9999999999999998e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  34.87 
 
 
301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.87 
 
 
280 aa  173  2.9999999999999996e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.9 
 
 
304 aa  173  2.9999999999999996e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2422  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.81 
 
 
311 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.92 
 
 
296 aa  173  2.9999999999999996e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3133  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.08 
 
 
283 aa  173  2.9999999999999996e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3650  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.92 
 
 
359 aa  172  3.9999999999999995e-42  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2660  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.97 
 
 
294 aa  173  3.9999999999999995e-42  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00097283 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0613  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.8 
 
 
280 aa  172  5e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.71 
 
 
280 aa  172  6.999999999999999e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.99 
 
 
307 aa  172  6.999999999999999e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0060  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.16 
 
 
291 aa  172  7.999999999999999e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.58 
 
 
293 aa  172  7.999999999999999e-42  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.956754  normal  0.436885 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3822  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.21 
 
 
305 aa  171  1e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.429723  normal  0.768739 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0162  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.64 
 
 
286 aa  171  1e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2420  dipeptide ABC transport system inner membrane binding component DppC  38.04 
 
 
288 aa  171  1e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000767733 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16510  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  37.08 
 
 
321 aa  171  2e-41  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.341434  normal  0.69344 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.71 
 
 
310 aa  170  2e-41  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1570  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  34.67 
 
 
298 aa  170  2e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.66 
 
 
307 aa  171  2e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2756  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.07 
 
 
303 aa  170  3e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2439  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.98 
 
 
272 aa  169  4e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.874851  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01443  D-ala-D-ala transporter subunit  34.67 
 
 
298 aa  169  5e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.45304  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2172  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  34.67 
 
 
298 aa  169  5e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1674  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  34.67 
 
 
298 aa  169  5e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01455  hypothetical protein  34.67 
 
 
298 aa  169  5e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.47297  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6328  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.52 
 
 
297 aa  169  6e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1688  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  34.67 
 
 
298 aa  169  6e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.175944  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.88 
 
 
309 aa  168  9e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
302 aa  168  1e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.288153  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.33 
 
 
285 aa  168  1e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2097  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  34.33 
 
 
298 aa  167  1e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1760  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.33 
 
 
291 aa  168  1e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  38.26 
 
 
300 aa  167  2e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.96 
 
 
299 aa  167  2e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.26 
 
 
300 aa  167  2e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2162  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.33 
 
 
298 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00686598  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16210  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  41.46 
 
 
278 aa  166  2.9999999999999998e-40  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.509076  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3973  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.37 
 
 
300 aa  166  4e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3573  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.11 
 
 
297 aa  166  5e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.172272  normal  0.144154 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2589  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.83 
 
 
280 aa  166  5.9999999999999996e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.11 
 
 
297 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.181968  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2624  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.81 
 
 
290 aa  165  6.9999999999999995e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.118139  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2574  peptide ABC transporter, permease protein  36.58 
 
 
302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.339829  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.92 
 
 
284 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5165  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.75 
 
 
273 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.609485 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2704  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.02 
 
 
301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.26 
 
 
300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.17 
 
 
308 aa  163  3e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0890  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  35.71 
 
 
303 aa  163  3e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.221253  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5636  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.42 
 
 
301 aa  163  3e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4149  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.19 
 
 
301 aa  163  3e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.656131 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3890  ABC di/oligopeptide transporter, inner membrane subunit  39.19 
 
 
301 aa  163  3e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  38.33 
 
 
282 aa  163  4.0000000000000004e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7518  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  34.47 
 
 
295 aa  162  4.0000000000000004e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0791708  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3005  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.05 
 
 
306 aa  162  4.0000000000000004e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3775  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.64 
 
 
294 aa  163  4.0000000000000004e-39  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.431042  normal  0.667573 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4577  binding-protein-dependent transport systems inner membrane protein  35.45 
 
 
308 aa  162  5.0000000000000005e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046213 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0482  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.65 
 
 
313 aa  162  5.0000000000000005e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2914  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.91 
 
 
289 aa  162  5.0000000000000005e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1252  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  39.48 
 
 
650 aa  162  6e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0892214 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.26 
 
 
302 aa  162  6e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3535  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.99 
 
 
300 aa  162  6e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.641847 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.34 
 
 
287 aa  162  7e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>