More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_3746 on replicon NC_010580
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010580  Bind_3746  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 730 aa  1504    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0218  UvrD/REP helicase  42 
 
 		 728 aa  454  1.0000000000000001e-126  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0595  UvrD/REP helicase  42.2 
 
 		 790 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.77908 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2436  UvrD/REP helicase  42.6 
 
 		 778 aa  447  1.0000000000000001e-124  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0016628  normal  0.650689 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3012  UvrD/REP helicase  42.19 
 
 		 770 aa  443  1e-123  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.853588 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1212  ATP-dependent DNA helicase UvrD  40.71 
 
 		 892 aa  435  1e-120  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.771972  normal  0.554 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1536  ATP-dependent DNA helicase Rep  40.31 
 
 		 768 aa  429  1e-118  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.305848  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2777  ATP-dependent DNA helicase Rep  38.5 
 
 		 817 aa  428  1e-118  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.46822  normal  0.929226 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2836  DNA helicase II  40.45 
 
 		 858 aa  425  1e-117  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0787  UvrD/REP helicase  40.85 
 
 		 800 aa  424  1e-117  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.82156  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2360  UvrD/REP helicase  38.48 
 
 		 816 aa  421  1e-116  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2092  ATP-dependent DNA helicase Rep  39.51 
 
 		 783 aa  420  1e-116  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0227682  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3373  DNA-dependent helicase II  39.62 
 
 		 722 aa  421  1e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1293  ATP-dependent DNA helicase Rep  39.17 
 
 		 765 aa  421  1e-116  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0678  UvrD/REP helicase  39.55 
 
 		 783 aa  421  1e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0563949  normal  0.0143494 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3367  UvrD/REP helicase  38.21 
 
 		 847 aa  421  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00561637 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2024  ATP-dependent DNA helicase Rep  38.18 
 
 		 814 aa  421  1e-116  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.260389  normal  0.212402 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0766  UvrD/REP helicase  39.51 
 
 		 786 aa  420  1e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.423643  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1426  UvrD/REP helicase  39.97 
 
 		 817 aa  418  9.999999999999999e-116  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.854677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6141  ATP-dependent DNA helicase Rep  37.77 
 
 		 855 aa  417  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0790722 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0689  UvrD/REP helicase  40.12 
 
 		 816 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.723035  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0398  UvrD/REP helicase  39.82 
 
 		 798 aa  418  9.999999999999999e-116  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.970559 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0322  UvrD/REP helicase  39.67 
 
 		 795 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0367  UvrD/REP helicase  38.93 
 
 		 795 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.944301  normal  0.78423 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2563  UvrD/REP helicase  40.7 
 
 		 825 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.309285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0419  DNA-dependent helicase II  38.93 
 
 		 721 aa  413  1e-114  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.590239  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0467  DNA-dependent helicase II  39.18 
 
 		 722 aa  413  1e-114  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3892  DNA-dependent helicase II  39.32 
 
 		 722 aa  415  1e-114  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3818  DNA-dependent helicase II  39.32 
 
 		 722 aa  415  1e-114  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00520  DNA-dependent helicase II  41.62 
 
 		 726 aa  413  1e-114  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.851543  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4015  DNA-dependent helicase II  39.32 
 
 		 722 aa  416  1e-114  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2739  UvrD/REP helicase  37.66 
 
 		 833 aa  415  1e-114  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0932  putative DNA helicase II  39.42 
 
 		 816 aa  414  1e-114  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.156274  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4295  UvrD/REP helicase  38.91 
 
 		 799 aa  415  1e-114  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0441  DNA-dependent helicase II  39.32 
 
 		 722 aa  415  1e-114  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419194  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0211  UvrD/REP helicase  39.62 
 
 		 760 aa  409  1e-113  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0344755 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2822  UvrD/REP helicase  40.39 
 
 		 826 aa  412  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.467404 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2023  UvrD/REP helicase  37.41 
 
 		 845 aa  409  1e-113  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.184337 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0356  UvrD/Rep family helicase  38.01 
 
 		 630 aa  409  1e-113  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.190335  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0473  DNA-dependent helicase II  39.09 
 
 		 722 aa  412  1e-113  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0469  DNA-dependent helicase II  39.09 
 
 		 722 aa  412  1e-113  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.154526  normal  0.949387 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2037  UvrD/REP helicase  38.97 
 
 		 850 aa  408  1.0000000000000001e-112  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.114912  normal  0.635195 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3558  DNA-dependent helicase II  38.95 
 
 		 722 aa  409  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.231339  normal  0.569551 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4498  DNA-dependent helicase II  39.94 
 
 		 721 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0025295  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0080  DNA helicase II  40.94 
 
 		 721 aa  407  1.0000000000000001e-112  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2483  DNA helicase II  38.46 
 
 		 807 aa  407  1.0000000000000001e-112  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3947  DNA-dependent helicase II  39.77 
 
 		 730 aa  403  1e-111  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0468  DNA-dependent helicase II  39.33 
 
 		 721 aa  404  1e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000657213  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0467  DNA-dependent helicase II  39.94 
 
 		 721 aa  405  1e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5401  DNA-dependent helicase II  41.51 
 
 		 728 aa  403  1e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0541595 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03689  DNA-dependent ATPase I and helicase II  37.44 
 
 		 720 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4166  DNA helicase II  37.44 
 
 		 720 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0963  helicase II - UvrD/PcrA  37.12 
 
 		 638 aa  402  9.999999999999999e-111  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1413  DNA helicase II  38.22 
 
 		 858 aa  400  9.999999999999999e-111  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.338777  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4179  DNA-dependent helicase II  37.44 
 
 		 720 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.654606  normal  0.0232596 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4332  DNA-dependent helicase II  37.44 
 
 		 720 aa  399  9.999999999999999e-111  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4444  UvrD/REP helicase  39.3 
 
 		 737 aa  402  9.999999999999999e-111  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.805765  normal  0.0453578 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1084  UvrD/REP helicase  40.59 
 
 		 789 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.305736 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5252  DNA-dependent helicase II  37.44 
 
 		 720 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4079  DNA helicase II  38.18 
 
 		 724 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03638  hypothetical protein  37.44 
 
 		 720 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3397  DNA-dependent helicase II  38.53 
 
 		 727 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1460  UvrD/REP helicase  37.31 
 
 		 804 aa  396  1e-109  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.373759  normal  0.271729 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5352  DNA-dependent helicase II  41.42 
 
 		 728 aa  399  1e-109  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.138491 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4038  DNA-dependent helicase II  37.3 
 
 		 720 aa  399  1e-109  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5260  DNA-dependent helicase II  41.42 
 
 		 728 aa  398  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.658271 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1764  UvrD/REP helicase  38.12 
 
 		 864 aa  399  1e-109  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.790075  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0236  DNA-dependent helicase II  37.85 
 
 		 720 aa  397  1e-109  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4180  DNA-dependent helicase II  37.44 
 
 		 720 aa  396  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.328302  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16340  DNA/RNA helicase, superfamily I  36.85 
 
 		 772 aa  396  1e-109  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0144318 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4194  DNA-dependent helicase II  37.3 
 
 		 720 aa  399  1e-109  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.452287  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0860  UvrD/Rep family helicase  37.37 
 
 		 639 aa  397  1e-109  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4161  DNA-dependent helicase II  37.44 
 
 		 720 aa  396  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0484  DNA-dependent helicase II  38.07 
 
 		 722 aa  396  1e-109  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4273  DNA-dependent helicase II  37.3 
 
 		 720 aa  399  1e-109  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3385  DNA-dependent helicase II  38.95 
 
 		 726 aa  399  1e-109  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4279  DNA-dependent helicase II  37.44 
 
 		 720 aa  396  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4338  DNA-dependent helicase II  37.44 
 
 		 720 aa  396  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4231  DNA-dependent helicase II  37.44 
 
 		 720 aa  396  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4021  UvrD/REP helicase  36.98 
 
 		 848 aa  397  1e-109  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1369  DNA helicase II  38.1 
 
 		 858 aa  399  1e-109  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.261872  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0187  DNA-dependent helicase II  37.85 
 
 		 720 aa  393  1e-108  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.276236  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0035  DNA-dependent helicase II  38.3 
 
 		 723 aa  395  1e-108  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.193678  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0233  ATP-dependent DNA helicase Rep  37.21 
 
 		 639 aa  393  1e-108  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3971  DNA-dependent helicase II  37.5 
 
 		 720 aa  392  1e-108  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03230  DNA-dependent helicase II  40 
 
 		 728 aa  394  1e-108  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0043  DNA-dependent helicase II  38.95 
 
 		 723 aa  395  1e-108  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.779926  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4951  UvrD/REP helicase  38.3 
 
 		 797 aa  395  1e-108  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.120082  decreased coverage  0.0000000995546 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1037  DNA-dependent helicase II  39.47 
 
 		 726 aa  389  1e-107  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0080  DNA-dependent helicase II  37.33 
 
 		 724 aa  392  1e-107  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5516  DNA helicase II  39.43 
 
 		 727 aa  389  1e-107  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002086  ATP-dependent DNA helicase UvrD/PcrA  37.97 
 
 		 724 aa  392  1e-107  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6233  DNA-dependent helicase II  41.31 
 
 		 728 aa  389  1e-107  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80471  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3764  DNA-dependent helicase II  38.4 
 
 		 724 aa  392  1e-107  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1988  ATP-dependent DNA helicase Rep  37.41 
 
 		 876 aa  391  1e-107  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5130  DNA-dependent helicase II  40.71 
 
 		 729 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.228367 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2059  ATP-dependent DNA helicase Rep  37.69 
 
 		 763 aa  392  1e-107  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.439478  normal  0.531774 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71870  DNA-dependent helicase II  41.31 
 
 		 728 aa  389  1e-107  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.186903  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4162  DNA-dependent helicase II  37.65 
 
 		 720 aa  392  1e-107  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0353617  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5644  DNA-dependent helicase II  40.21 
 
 		 727 aa  387  1e-106  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598838 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>