More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcep18194_A3943 on replicon NC_007510
Organism: Burkholderia sp. 383



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007510  Bcep18194_A3943  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
171 aa  337  2.9999999999999998e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00832722  normal  0.03391 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0854  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  94.71 
 
 
171 aa  297  6e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.587938  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0825  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  94.71 
 
 
171 aa  295  1e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00239434  hitchhiker  0.00037297 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0372  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  94.12 
 
 
171 aa  295  2e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.19061  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0727  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  94.15 
 
 
171 aa  293  5e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0906703  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0744  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  92.98 
 
 
171 aa  289  1e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0148905 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2534  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  91.23 
 
 
171 aa  288  2e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.389913  normal  0.0510945 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1187  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  72.96 
 
 
173 aa  223  1e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.140841  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0014  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  72.96 
 
 
173 aa  223  1e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.503189  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1154  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  72.96 
 
 
173 aa  223  1e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0146  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  72.96 
 
 
173 aa  223  1e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169169  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1413  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  72.96 
 
 
173 aa  223  1e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.113039  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0425  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  72.96 
 
 
173 aa  223  1e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.303094  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1500  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  72.96 
 
 
173 aa  221  3e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.215371  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1709  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  66.47 
 
 
172 aa  219  9.999999999999999e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2784  sigma-24 (FecI)  65.9 
 
 
176 aa  219  9.999999999999999e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.313744 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1666  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  69.09 
 
 
176 aa  218  3e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.47725  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1387  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  70.44 
 
 
173 aa  214  5e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00286946  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1671  sigma-24 (FecI)  46.55 
 
 
172 aa  137  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.200883 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4980  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  48.12 
 
 
172 aa  135  4e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.448739  normal  0.0655006 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0018  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.4 
 
 
172 aa  133  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.747529 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0854  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  48.72 
 
 
175 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0521  sigma-70 region 2:sigma-70 region 4  48.17 
 
 
166 aa  125  4.0000000000000003e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5143  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  47.97 
 
 
180 aa  122  3e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.387385  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6011  RNA polymerase sigma factor  43.11 
 
 
179 aa  121  5e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.784268  normal  0.0725494 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7159  RNA polymerase sigma factor  43.11 
 
 
179 aa  120  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.693773 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1254  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  50 
 
 
171 aa  119  1.9999999999999998e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0627077  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2554  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  50 
 
 
171 aa  117  7e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00472204 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5735  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  52.38 
 
 
170 aa  117  7.999999999999999e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.61786 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2548  sigma-24 (FecI-like)  46.79 
 
 
183 aa  117  9e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.339201  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5260  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  52.74 
 
 
169 aa  117  9e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.232851  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0228  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  48.39 
 
 
173 aa  116  9.999999999999999e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3786  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  48.91 
 
 
180 aa  117  9.999999999999999e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0172  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.74 
 
 
176 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0627094 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3376  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  49.7 
 
 
179 aa  116  9.999999999999999e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.891873  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2662  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  48 
 
 
168 aa  115  1.9999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.396888 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0263  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  48 
 
 
168 aa  115  1.9999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.204704  normal  0.0212517 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2755  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  48.41 
 
 
171 aa  114  6e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1654  sigma-24 (FecI)  49.69 
 
 
165 aa  114  6.9999999999999995e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000018155  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1370  RNA polymerase sigma factor  41.53 
 
 
192 aa  112  3e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0146  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  46.62 
 
 
167 aa  111  5e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.274442  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3143  sigma-70 region 2:sigma-70 region 4  49.08 
 
 
183 aa  110  7.000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0965188  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1376  RNA polymerase sigma factor  42.08 
 
 
187 aa  110  8.000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.924678  hitchhiker  0.0000700282 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1650  RNA polymerase sigma factor  42.08 
 
 
187 aa  110  8.000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  hitchhiker  0.00656272  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4552  RNA polymerase sigma factor  44.16 
 
 
193 aa  109  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.513735  decreased coverage  0.00114083 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0299  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  48 
 
 
176 aa  109  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2983  RNA polymerase sigma-E factor (sigma-24) transcription regulator protein  44.97 
 
 
177 aa  108  5e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3280  FecI-like sigma-24  47.4 
 
 
177 aa  108  5e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5992  RNA polymerase sigma factor  38.24 
 
 
188 aa  105  3e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3924  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.86 
 
 
231 aa  105  3e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3095  RNA polymerase sigma factor  44.19 
 
 
176 aa  104  5e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.1452  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3822  RNA polymerase sigma factor  44.19 
 
 
176 aa  104  7e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.538946 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0286  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.77 
 
 
211 aa  103  8e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.285949  normal  0.371248 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3928  RNA polymerase sigma factor  47.86 
 
 
211 aa  103  8e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.9635 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2021  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.67 
 
 
181 aa  103  1e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.160759  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3276  RNA polymerase sigma factor  38.96 
 
 
185 aa  102  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00846469 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3024  RNA polymerase sigma factor  38.96 
 
 
185 aa  102  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.023192  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0568  sigma-70, region 4 type 2  37.82 
 
 
162 aa  102  2e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0581915  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1658  RNA polymerase sigma factor  37.11 
 
 
190 aa  102  3e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1248  RNA polymerase sigma factor  37.18 
 
 
190 aa  102  3e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.830354  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3241  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.88 
 
 
190 aa  102  3e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1605  RNA polymerase sigma factor  37.11 
 
 
190 aa  102  3e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3397  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42 
 
 
183 aa  102  3e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3666  sigma-24 (FecI)  40.48 
 
 
168 aa  101  4e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000713997  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4484  RNA polymerase sigma factor  41.88 
 
 
193 aa  101  4e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.76377  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2957  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.12 
 
 
162 aa  102  4e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.013292  normal  0.111412 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3261  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  44.58 
 
 
190 aa  101  4e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.452271  normal  0.37979 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3002  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  48.92 
 
 
191 aa  101  4e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0301112  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3287  sigma-24 (FecI)  40.65 
 
 
278 aa  101  5e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3107  RNA polymerase sigma factor  39.1 
 
 
183 aa  101  5e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2467  ECF family RNA polymerase sigma factor  45.68 
 
 
162 aa  100  8e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5400  RNA polymerase sigma M factor  40.85 
 
 
165 aa  100  8e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0084  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  46.36 
 
 
171 aa  100  8e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0118305  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0053  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.18 
 
 
201 aa  100  9e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.524534 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3972  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.33 
 
 
175 aa  100  1e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.892642  normal  0.300179 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0294  ECF sigma factor PrtI  46.36 
 
 
171 aa  99.8  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000544982  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0071  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  46.36 
 
 
171 aa  100  1e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4689  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.51 
 
 
227 aa  100  1e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0084  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  46.36 
 
 
171 aa  99.8  1e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4706  RNA polymerase sigma factor  40.65 
 
 
181 aa  99.8  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2391  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.75 
 
 
173 aa  99.8  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1210  sigma-24 (FecI-like)  49.33 
 
 
172 aa  99.8  2e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.722255 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1386  RNA polymerase sigma factor  40.65 
 
 
181 aa  99.4  2e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0485  sigma-24 (FecI-like)  37.82 
 
 
202 aa  99.8  2e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4500  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.86 
 
 
249 aa  98.6  3e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.523982  normal  0.0336544 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5153  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.86 
 
 
249 aa  99  3e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4030  RNA polymerase sigma factor  40 
 
 
182 aa  99  3e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.193201 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2914  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40 
 
 
193 aa  99  3e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00295449 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1366  RNA polymerase sigma factor  40.65 
 
 
181 aa  98.6  4e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0284  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.99 
 
 
211 aa  98.6  4e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.725237  normal  0.366803 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6203  RNA polymerase sigma factor  44.2 
 
 
211 aa  98.6  4e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1876  RNA polymerase sigma factor  44.2 
 
 
211 aa  98.6  4e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3572  RNA polymerase sigma factor  38.96 
 
 
181 aa  98.2  5e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0284  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.13 
 
 
185 aa  97.4  8e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.140737 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6886  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.54 
 
 
227 aa  97.4  8e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2345  RNA polymerase sigma factor  37.25 
 
 
184 aa  97.4  9e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0608175  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0032  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.45 
 
 
173 aa  97.1  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00832626  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6692  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.91 
 
 
240 aa  97.1  1e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.341213  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3197  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.86 
 
 
173 aa  97.1  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000871623  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1899  RNA polymerase sigma factor  46.15 
 
 
213 aa  96.7  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.606466  hitchhiker  0.000000620575 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>