More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcenmc03_6016 on replicon NC_010512
Organism: Burkholderia cenocepacia MC0-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010512  Bcenmc03_6016  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 125 aa  248  2e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.234524  normal  0.324273 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7002  LysR family transcriptional regulator  74.12 
 
 		 128 aa  127  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.832908  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5415  LysR family transcriptional regulator  69.41 
 
 		 109 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.268248  normal  0.063315 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3835  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 329 aa  82  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6189  transcriptional regulator, LysR family  50.63 
 
 		 329 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6239  LysR family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 307 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6523  LysR family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 307 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.988548  normal  0.714407 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4012  LysR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 302 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.408694  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4354  LysR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 302 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.294193  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3512  LysR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 302 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00807403 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2071  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 302 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.152611  normal  0.829047 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6558  LysR family transcriptional regulator  42.5 
 
 		 301 aa  61.2  0.000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6890  LysR family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 303 aa  61.2  0.000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.422177  normal  0.612141 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  43.18 
 
 		 293 aa  61.2  0.000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2961  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 292 aa  58.9  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0923221 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2711  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 292 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2836  LysR family transcriptional regulator  38.37 
 
 		 306 aa  58.9  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1521  LysR family transcriptional regulator  40.23 
 
 		 299 aa  58.5  0.00000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3447  LysR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 305 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.800287  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3610  hypothetical protein  34.88 
 
 		 299 aa  58.5  0.00000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4517  transcriptional regulator, LysR family  41.25 
 
 		 311 aa  57.8  0.00000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.408069  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4649  transcriptional regulator, LysR family  41.25 
 
 		 311 aa  57.8  0.00000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  0.0278568 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3422  LysR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 288 aa  57.4  0.00000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.803212  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2618  putative HTH-type transcriptional regulator YafC  41.77 
 
 		 314 aa  57.4  0.00000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.811729  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3913  LysR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 304 aa  57  0.00000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3990  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 298 aa  57  0.00000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.550501  normal  0.577869 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0833  transcriptional regulator, LysR family  37.21 
 
 		 300 aa  56.6  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4728  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 299 aa  56.6  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.1699  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 300 aa  56.2  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3236  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 299 aa  56.2  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0163272  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  37.21 
 
 		 300 aa  56.2  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1032  transcriptional regulator, LysR family  37.35 
 
 		 305 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.156305 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3912  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 315 aa  56.2  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  47.3 
 
 		 314 aa  55.8  0.0000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0607  LysR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 310 aa  55.8  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.822767  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0647  LysR family transcriptional regulator  42.5 
 
 		 314 aa  55.8  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.238426 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  38.96 
 
 		 300 aa  55.8  0.0000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0547  LysR family substrate binding transcriptional regulator  38.55 
 
 		 318 aa  55.8  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1780  LysR family substrate binding transcriptional regulator  36.25 
 
 		 306 aa  55.1  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6559  LysR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 304 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.882993 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2138  transcriptional regulator, LysR family  41.33 
 
 		 302 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 306 aa  55.1  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0934  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 298 aa  54.7  0.0000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.886955  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  38.55 
 
 		 335 aa  55.1  0.0000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0616  LysR family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 330 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0928  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 291 aa  54.3  0.0000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0490463  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1056  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 299 aa  54.3  0.0000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000324577  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3680  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.36 
 
 		 308 aa  54.3  0.0000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1929  LysR family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 323 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.965755  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1406  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 299 aa  54.3  0.0000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.475015  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0518  LysR family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 330 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03103  predicted DNA-binding transcriptional regulator, efflux system  36.36 
 
 		 309 aa  53.9  0.0000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0463  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 309 aa  53.9  0.0000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10730  transcriptional regulator, LysR family  40.91 
 
 		 311 aa  53.9  0.0000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0781  LysR family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 330 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1508  LysR family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 323 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.922844  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0463  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.36 
 
 		 309 aa  53.9  0.0000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03054  hypothetical protein  36.36 
 
 		 309 aa  53.9  0.0000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2027  LysR family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 321 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.4312  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3539  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.36 
 
 		 309 aa  53.9  0.0000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2097  LysR family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 323 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6200  LysR family transcriptional regulator  42.5 
 
 		 309 aa  54.3  0.0000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.209823 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3275  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.36 
 
 		 309 aa  54.3  0.0000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4560  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.36 
 
 		 309 aa  53.9  0.0000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.550103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3432  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.36 
 
 		 309 aa  53.9  0.0000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3726  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.36 
 
 		 309 aa  53.9  0.0000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5335  transcriptional regulator, LysR family  36.14 
 
 		 301 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0218  transcriptional regulator, LysR family  35.53 
 
 		 337 aa  53.9  0.0000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000934146  normal  0.114496 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4290  LysR family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 308 aa  53.9  0.0000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.82906 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0216  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 337 aa  53.5  0.0000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000393101  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4955  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 305 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.846935  normal  0.648001 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4121  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 337 aa  53.5  0.0000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000919638  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  44.58 
 
 		 293 aa  53.9  0.0000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4216  transcriptional regulator, LysR family  36 
 
 		 337 aa  53.9  0.0000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4623  LysR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 315 aa  53.9  0.0000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.570776 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5389  LysR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 300 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3630  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.36 
 
 		 309 aa  53.5  0.0000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.75458  normal  0.0429881 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3413  LysR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 303 aa  53.5  0.0000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3727  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.36 
 
 		 309 aa  53.5  0.0000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.107486 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3665  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.36 
 
 		 309 aa  53.5  0.0000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.99326 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0261  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.84 
 
 		 311 aa  53.5  0.0000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4052  putative LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 300 aa  53.5  0.0000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.880964 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3559  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.36 
 
 		 309 aa  53.5  0.0000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3558  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.36 
 
 		 309 aa  53.5  0.0000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6852  transcriptional regulator, LysR family  32.69 
 
 		 310 aa  53.5  0.0000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.960415 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1405  transcriptional regulator, LysR family  43.06 
 
 		 329 aa  53.1  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.223999  normal  0.124738 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3280  transcription regulator protein  37.5 
 
 		 303 aa  53.1  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1056  transcriptional regulator, LysR family  35.56 
 
 		 299 aa  53.5  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199163  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5604  LysR family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 305 aa  53.5  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1453  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 301 aa  53.5  0.000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000245506  normal  0.0938109 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3502  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 342 aa  53.1  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000578298  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1113  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 318 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.293194 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0246  LysR family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 308 aa  53.1  0.000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3143  LysR family transcriptional regulator  44.16 
 
 		 336 aa  53.1  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.937784  normal  0.0533201 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1178  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.25 
 
 		 303 aa  53.1  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.237766  hitchhiker  0.000914509 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0482  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.25 
 
 		 303 aa  53.1  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01389  transcriptional regulator  37.33 
 
 		 306 aa  53.1  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2275  transcriptional regulator, LysR family protein  31.71 
 
 		 289 aa  52.8  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0234107  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5821  LysR family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 305 aa  53.5  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.166944  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27400  LysR family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 323 aa  53.5  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>