More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen_5579 on replicon NC_008062
Organism: Burkholderia cenocepacia AU 1054



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008062  Bcen_5579  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 
220 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5943  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 
220 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.441915 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6445  GntR family transcriptional regulator  99.09 
 
 
220 aa  441  1e-123  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7250  GntR family transcriptional regulator  95 
 
 
220 aa  424  1e-118  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6702  GntR family transcriptional regulator  93.64 
 
 
220 aa  422  1e-117  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.78486 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0422  GntR family transcriptional regulator  65.89 
 
 
219 aa  300  9e-81  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1462  GntR family transcriptional regulator  65.42 
 
 
219 aa  299  3e-80  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0519  GntR family transcriptional regulator  65.42 
 
 
219 aa  298  3e-80  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0833  GntR family transcriptional regulator  65.42 
 
 
219 aa  299  3e-80  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1846  GntR family transcriptional regulator  65.42 
 
 
219 aa  298  3e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2149  GntR family transcriptional regulator  65.42 
 
 
219 aa  299  3e-80  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.577726  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2102  GntR family transcriptional regulator  64.95 
 
 
219 aa  296  2e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0736867  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  34.98 
 
 
229 aa  94.4  1e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2099  transcriptional regulator, GntR family  32.82 
 
 
245 aa  90.9  1e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.386507  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0694  transcriptional regulator, GntR family  25.77 
 
 
215 aa  86.7  3e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6082  transcriptional regulator GntR family  34.17 
 
 
230 aa  85.5  6e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  31 
 
 
227 aa  85.1  7e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0180  transcriptional regulator, GntR family  29.61 
 
 
217 aa  85.1  8e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3094  transcriptional regulator, GntR family  31.39 
 
 
233 aa  84.7  9e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00936803  normal  0.247599 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3496  GntR family transcriptional regulator  30.94 
 
 
237 aa  84.3  0.000000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1010  transcriptional regulator, GntR family  30 
 
 
227 aa  82.4  0.000000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.691368  normal  0.535113 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0051  GntR family transcriptional regulator  31.16 
 
 
227 aa  82  0.000000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.331225 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  32.08 
 
 
256 aa  81.3  0.00000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1030  GntR family transcriptional regulator  28.28 
 
 
237 aa  80.1  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.48599  normal  0.150605 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2422  GntR family transcriptional regulator  33.97 
 
 
253 aa  80.5  0.00000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6551  transcriptional regulator, GntR family  33.5 
 
 
230 aa  80.1  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0158828  normal  0.969199 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  28.57 
 
 
239 aa  80.1  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  29.13 
 
 
225 aa  79.7  0.00000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2464  GntR family transcriptional regulator  29.61 
 
 
219 aa  79.3  0.00000000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5580  transcriptional regulator, GntR family  30.88 
 
 
231 aa  79  0.00000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1929  GntR family transcriptional regulator  30.26 
 
 
249 aa  77.4  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  31.79 
 
 
233 aa  77  0.0000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2160  GntR family transcriptional regulator  32.02 
 
 
211 aa  77.4  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0507248  normal  0.384122 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1126  GntR family transcriptional regulator  32.7 
 
 
219 aa  77  0.0000000000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.373714  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  26.83 
 
 
230 aa  76.6  0.0000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0942  GntR family transcriptional regulator  29.67 
 
 
214 aa  76.6  0.0000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0073  GntR family transcriptional regulator  31.61 
 
 
232 aa  76.6  0.0000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4432  GntR family transcriptional regulator  29.9 
 
 
218 aa  76.6  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.200664  normal  0.344729 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0280  GntR family transcriptional regulator  31.67 
 
 
233 aa  76.3  0.0000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0095071 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0602  GntR family transcriptional regulator  29.95 
 
 
220 aa  76.3  0.0000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0180782  normal  0.364212 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1461  transcriptional regulator, GntR family  29.91 
 
 
268 aa  76.6  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  27.49 
 
 
226 aa  76.3  0.0000000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2016  GntR family transcriptional regulator  31.16 
 
 
230 aa  75.9  0.0000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0125173 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0065  GntR family transcriptional regulator  26.7 
 
 
235 aa  75.9  0.0000000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0261299  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4674  GntR family transcriptional regulator  32.39 
 
 
230 aa  75.5  0.0000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3053  GntR family transcriptional regulator  29 
 
 
229 aa  75.5  0.0000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.784851  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  31.79 
 
 
233 aa  75.5  0.0000000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4045  transcriptional regulator, GntR family  38.36 
 
 
231 aa  75.1  0.0000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.56731  normal  0.723752 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2509  GntR family transcriptional regulator  31.53 
 
 
211 aa  75.1  0.0000000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0825913 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2937  GntR family transcriptional regulator  29.9 
 
 
242 aa  74.7  0.000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0279772  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  28.71 
 
 
231 aa  74.3  0.000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3484  GntR family transcriptional regulator  31.82 
 
 
224 aa  74.7  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.294371  normal  0.809242 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23200  transcriptional regulator, GntR  30.43 
 
 
240 aa  74.3  0.000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1510  GntR family transcriptional regulator  33.02 
 
 
222 aa  74.7  0.000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535687  normal  0.154359 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  29.38 
 
 
232 aa  73.6  0.000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0625  transcriptional regulator, GntR family  28.79 
 
 
223 aa  73.9  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.699085  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2333  GntR family transcriptional regulator  28.64 
 
 
238 aa  73.2  0.000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.527944  hitchhiker  0.0000370874 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2084  transcriptional regulator GntR  29.95 
 
 
239 aa  73.2  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.853758  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  26 
 
 
228 aa  73.2  0.000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2242  GntR family transcriptional regulator  33.82 
 
 
229 aa  73.2  0.000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.638324  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3437  GntR family transcriptional regulator  28.64 
 
 
238 aa  73.2  0.000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00721447  normal  0.10278 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  31.48 
 
 
232 aa  72.8  0.000000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2286  transcriptional regulator, GntR family  29.47 
 
 
232 aa  72.4  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.28962  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0129  GntR family transcriptional regulator  36.67 
 
 
236 aa  72.4  0.000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6280  transcriptional regulator, GntR family  37.41 
 
 
233 aa  72.4  0.000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.00000068764  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4353  GntR family transcriptional regulator  31.94 
 
 
290 aa  72.4  0.000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0208  GntR family transcriptional regulator  30.58 
 
 
229 aa  72  0.000000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00667385  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0513  transcriptional regulator, GntR family  29.59 
 
 
238 aa  72  0.000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.332909  normal  0.319587 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3629  transcriptional regulator, GntR family  31.86 
 
 
233 aa  72  0.000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3706  GntR family transcriptional regulator  31.78 
 
 
223 aa  72  0.000000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6257  GntR family transcriptional regulator  31.66 
 
 
231 aa  71.6  0.000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.648776  normal  0.0618122 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0500  transcriptional regulator, GntR family  29.59 
 
 
240 aa  71.6  0.000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.162166  normal  0.780963 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4656  transcriptional regulator, GntR family  30.14 
 
 
237 aa  71.6  0.000000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.741615 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1934  GntR family transcriptional regulator  28.17 
 
 
238 aa  71.6  0.000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.168362  hitchhiker  0.000000002523 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4086  transcriptional regulator, GntR family  30.1 
 
 
231 aa  71.6  0.000000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.129918 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2183  transcriptional regulator GntR  36.84 
 
 
240 aa  70.9  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.484217  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0109  transcriptional regulator, GntR family  30.48 
 
 
229 aa  71.2  0.00000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.140287 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1763  GntR family transcriptional regulator  29.95 
 
 
241 aa  70.9  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.481898  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1124  transcriptional regulator, GntR family  31.5 
 
 
223 aa  71.2  0.00000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4252  GntR family transcriptional regulator  27.94 
 
 
241 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6960  transcriptional regulator, GntR family  27.94 
 
 
241 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0095  GntR family transcriptional regulator  31.53 
 
 
230 aa  70.9  0.00000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  33.85 
 
 
237 aa  70.9  0.00000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3541  GntR family transcriptional regulator  33.82 
 
 
218 aa  71.2  0.00000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3604  GntR family transcriptional regulator  28.78 
 
 
214 aa  71.2  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.463907 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1870  transcriptional regulator  30.41 
 
 
237 aa  71.6  0.00000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.120377 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3123  transcriptional regulator, GntR family  35.14 
 
 
219 aa  70.9  0.00000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.312088  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  29.76 
 
 
212 aa  70.9  0.00000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0037  GntR family transcriptional regulator  25.98 
 
 
213 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2831  transcriptional regulator, GntR family  30.14 
 
 
224 aa  70.9  0.00000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.558529  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2079  GntR family transcriptional regulator  30.88 
 
 
240 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.70187  normal  0.119624 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1774  GntR family transcriptional regulator  27.83 
 
 
234 aa  70.5  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.253131  hitchhiker  0.0000230253 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5212  GntR family transcriptional regulator  28.12 
 
 
219 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0902392  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5647  GntR family transcriptional regulator  28.12 
 
 
219 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0508113  normal  0.188641 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  31 
 
 
262 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7641  transcriptional regulator, GntR family  26.92 
 
 
230 aa  69.7  0.00000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.587839 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3766  GntR family transcriptional regulator  33.87 
 
 
234 aa  69.7  0.00000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1421  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 
217 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00674258  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5099  GntR family transcriptional regulator  42.35 
 
 
240 aa  69.7  0.00000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408259  normal  0.367137 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4582  GntR family transcriptional regulator  28.12 
 
 
213 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.971723  hitchhiker  0.000691576 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>