39 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen_1478 on replicon NC_008060
Organism: Burkholderia cenocepacia AU 1054



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010557  BamMC406_5609  transcriptional regulator  73.66 
 
 
948 aa  635    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0160081  normal  0.519557 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7016  transcriptional regulator  98.31 
 
 
973 aa  918    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.252317  normal  0.0265916 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1478  tetratricopeptide TPR_4  100 
 
 
472 aa  925    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.911948  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5826  transcriptional regulator  74.44 
 
 
948 aa  640    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6350  transcriptional regulator  99.79 
 
 
973 aa  930    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00620791  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5717  transcriptional regulator  47.81 
 
 
973 aa  347  2e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6136  transcriptional regulator, winged helix family  37.88 
 
 
1014 aa  251  3e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6167  transcriptional regulator, winged helix family  28.99 
 
 
961 aa  134  3e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2376  transcriptional regulator  29.41 
 
 
1001 aa  119  9e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5714  transcriptional regulator  27.67 
 
 
950 aa  114  3e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.140329 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1892  transcriptional regulator  28.61 
 
 
972 aa  114  4.0000000000000004e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.642884  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4035  transcriptional regulator, winged helix family  26.29 
 
 
946 aa  109  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2248  transcriptional regulator  26.21 
 
 
959 aa  107  5e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5719  transcriptional regulator  27.54 
 
 
966 aa  105  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5187  transcriptional regulator, winged helix family  27.48 
 
 
950 aa  100  8e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6123  transcriptional regulator, winged helix family  27.03 
 
 
1010 aa  96.3  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4972  transcriptional regulator  28.61 
 
 
877 aa  95.5  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.36225  normal  0.311827 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2185  transcriptional regulator, winged helix family  26.01 
 
 
956 aa  94.4  4e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4100  tetratricopeptide TPR_4  28.61 
 
 
1377 aa  87.8  4e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000225277 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6834  transcriptional regulator, winged helix family  24.93 
 
 
921 aa  84  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.037754 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2391  transcriptional regulator  27.22 
 
 
954 aa  71.6  0.00000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.814373 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1958  transcriptional regulator  24.81 
 
 
928 aa  69.3  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6648  adenylate/guanylate cyclase  24.5 
 
 
1048 aa  65.5  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.119419 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3945  serine/threonine protein kinase  27.99 
 
 
1402 aa  65.1  0.000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0258209  decreased coverage  0.00379805 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4524  adenylate/guanylate cyclase  24.59 
 
 
1105 aa  61.6  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5691  sterile alpha motif-containing protein  26.43 
 
 
1055 aa  61.2  0.00000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7064  adenylate/guanylate cyclase  22.99 
 
 
1046 aa  60.1  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.48236  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5617  TPR repeat-containing adenylate/guanylate cyclase  24.62 
 
 
1151 aa  60.1  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.413675 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6166  adenylate/guanylate cyclase  26.83 
 
 
1139 aa  59.7  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5834  adenylate/guanylate cyclase  24.36 
 
 
1151 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5408  transcriptional regulator, winged helix family  26.27 
 
 
953 aa  55.1  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.17847  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5402  transcriptional regulator, winged helix family  27.07 
 
 
901 aa  54.7  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1636  TPR repeat transcriptional activator domain-containing protein  24.93 
 
 
1126 aa  52.8  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4834  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  23.33 
 
 
1149 aa  48.1  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.519309  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1683  sterile alpha motif-containing protein  25.06 
 
 
1122 aa  47.4  0.0006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.122095  normal  0.480972 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5401  transcriptional regulator, winged helix family  27.94 
 
 
906 aa  47  0.0007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2811  tetratricopeptide TPR_2  25.97 
 
 
782 aa  45.8  0.001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0319314  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1265  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  30.26 
 
 
1087 aa  43.9  0.006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.313737  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4593  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  26.09 
 
 
1141 aa  43.5  0.008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>