More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen_0372 on replicon NC_008060
Organism: Burkholderia cenocepacia AU 1054



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008060  Bcen_0372  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
171 aa  335  1.9999999999999998e-91  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.19061  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0854  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  99.42 
 
 
171 aa  333  5e-91  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.587938  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0825  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  98.83 
 
 
171 aa  331  4e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00239434  hitchhiker  0.00037297 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3943  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  94.12 
 
 
171 aa  295  3e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00832722  normal  0.03391 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0727  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  92.94 
 
 
171 aa  288  2e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0906703  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0744  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  92.35 
 
 
171 aa  285  2e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0148905 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2534  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  90.59 
 
 
171 aa  281  4.0000000000000003e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.389913  normal  0.0510945 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1154  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  71.07 
 
 
173 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1187  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  71.07 
 
 
173 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.140841  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0014  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  71.07 
 
 
173 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.503189  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1413  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  71.07 
 
 
173 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.113039  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0146  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  71.07 
 
 
173 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169169  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0425  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  71.07 
 
 
173 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.303094  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1500  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  71.07 
 
 
173 aa  218  3.9999999999999997e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.215371  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2784  sigma-24 (FecI)  63.64 
 
 
176 aa  217  7e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.313744 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1709  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  64.71 
 
 
172 aa  214  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1666  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  64.41 
 
 
176 aa  215  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.47725  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1387  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  69.81 
 
 
173 aa  212  1.9999999999999998e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00286946  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1671  sigma-24 (FecI)  48.77 
 
 
172 aa  140  7e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.200883 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4980  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  49.69 
 
 
172 aa  139  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.448739  normal  0.0655006 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0018  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  46.91 
 
 
172 aa  136  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.747529 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0854  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  48.72 
 
 
175 aa  130  6e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0521  sigma-70 region 2:sigma-70 region 4  48.17 
 
 
166 aa  127  5.0000000000000004e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7159  RNA polymerase sigma factor  45.51 
 
 
179 aa  127  6e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.693773 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6011  RNA polymerase sigma factor  45.83 
 
 
179 aa  127  6e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.784268  normal  0.0725494 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5143  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  47.97 
 
 
180 aa  125  3e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.387385  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1254  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  49.39 
 
 
171 aa  120  9.999999999999999e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0627077  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2662  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  48 
 
 
168 aa  119  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.396888 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0263  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  48 
 
 
168 aa  119  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.204704  normal  0.0212517 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2755  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  49.04 
 
 
171 aa  118  3.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2548  sigma-24 (FecI-like)  46.79 
 
 
183 aa  118  3.9999999999999996e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.339201  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5735  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  52.38 
 
 
170 aa  117  7e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.61786 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5260  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  52.05 
 
 
169 aa  115  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.232851  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0172  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  48.12 
 
 
176 aa  116  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0627094 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2554  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  48.47 
 
 
171 aa  115  1.9999999999999998e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00472204 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0228  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  49.03 
 
 
173 aa  115  3e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3376  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  47.83 
 
 
179 aa  115  3e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.891873  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3786  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  47.28 
 
 
180 aa  113  1.0000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1654  sigma-24 (FecI)  47.55 
 
 
165 aa  112  2.0000000000000002e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000018155  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4552  RNA polymerase sigma factor  45.39 
 
 
193 aa  111  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.513735  decreased coverage  0.00114083 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2983  RNA polymerase sigma-E factor (sigma-24) transcription regulator protein  45.24 
 
 
177 aa  110  1.0000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1370  RNA polymerase sigma factor  40.98 
 
 
192 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0146  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.64 
 
 
167 aa  110  1.0000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.274442  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1650  RNA polymerase sigma factor  41.53 
 
 
187 aa  108  3e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  hitchhiker  0.00656272  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1376  RNA polymerase sigma factor  41.53 
 
 
187 aa  108  3e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.924678  hitchhiker  0.0000700282 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3924  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.21 
 
 
231 aa  108  4.0000000000000004e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0053  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.56 
 
 
201 aa  107  9.000000000000001e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.524534 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3143  sigma-70 region 2:sigma-70 region 4  48.47 
 
 
183 aa  106  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0965188  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5992  RNA polymerase sigma factor  37.66 
 
 
188 aa  107  1e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0299  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  48.98 
 
 
176 aa  107  1e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5400  RNA polymerase sigma M factor  43.48 
 
 
165 aa  106  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2957  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.72 
 
 
162 aa  106  2e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.013292  normal  0.111412 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3095  RNA polymerase sigma factor  44.19 
 
 
176 aa  105  3e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.1452  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0485  sigma-24 (FecI-like)  38.85 
 
 
202 aa  105  3e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4484  RNA polymerase sigma factor  44 
 
 
193 aa  105  3e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.76377  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3822  RNA polymerase sigma factor  44.19 
 
 
176 aa  105  3e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.538946 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3280  FecI-like sigma-24  44.83 
 
 
177 aa  105  4e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0286  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.77 
 
 
211 aa  104  5e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.285949  normal  0.371248 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3276  RNA polymerase sigma factor  37.66 
 
 
185 aa  104  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00846469 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3024  RNA polymerase sigma factor  37.66 
 
 
185 aa  104  6e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.023192  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0568  sigma-70, region 4 type 2  37.74 
 
 
162 aa  104  6e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0581915  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4706  RNA polymerase sigma factor  41.29 
 
 
181 aa  104  7e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1658  RNA polymerase sigma factor  35.67 
 
 
190 aa  103  8e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1248  RNA polymerase sigma factor  36 
 
 
190 aa  103  8e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.830354  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1605  RNA polymerase sigma factor  35.67 
 
 
190 aa  103  8e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1386  RNA polymerase sigma factor  41.29 
 
 
181 aa  103  1e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3397  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.33 
 
 
183 aa  103  1e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3107  RNA polymerase sigma factor  38.46 
 
 
183 aa  103  1e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3928  RNA polymerase sigma factor  44.97 
 
 
211 aa  102  2e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.9635 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3287  sigma-24 (FecI)  40.91 
 
 
278 aa  102  2e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4030  RNA polymerase sigma factor  40.65 
 
 
182 aa  103  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.193201 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1366  RNA polymerase sigma factor  41.29 
 
 
181 aa  103  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3572  RNA polymerase sigma factor  39.61 
 
 
181 aa  102  2e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0284  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.1 
 
 
211 aa  103  2e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.725237  normal  0.366803 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6203  RNA polymerase sigma factor  45.88 
 
 
211 aa  103  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1876  RNA polymerase sigma factor  45.88 
 
 
211 aa  103  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3241  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.18 
 
 
190 aa  103  2e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1899  RNA polymerase sigma factor  47.02 
 
 
213 aa  102  3e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.606466  hitchhiker  0.000000620575 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2391  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.87 
 
 
173 aa  101  5e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2345  RNA polymerase sigma factor  36.6 
 
 
184 aa  101  5e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0608175  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3002  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  48.92 
 
 
191 aa  101  6e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0301112  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4500  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.86 
 
 
249 aa  101  6e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.523982  normal  0.0336544 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5153  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.86 
 
 
249 aa  101  6e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0284  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.13 
 
 
185 aa  100  7e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.140737 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3261  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.71 
 
 
190 aa  100  8e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.452271  normal  0.37979 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1057  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.24 
 
 
226 aa  100  8e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.495081 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2773  RNA polymerase sigma factor  38.96 
 
 
180 aa  100  1e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6886  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.86 
 
 
227 aa  100  1e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2467  ECF family RNA polymerase sigma factor  46.1 
 
 
162 aa  100  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2021  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.11 
 
 
181 aa  99  3e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.160759  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1210  sigma-24 (FecI-like)  50 
 
 
172 aa  99  3e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.722255 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6692  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.91 
 
 
240 aa  99  3e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.341213  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1217  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.91 
 
 
246 aa  98.6  4e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5176  RNA polymerase sigma factor  46.01 
 
 
213 aa  98.2  4e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0623  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.71 
 
 
250 aa  98.6  4e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.511458  hitchhiker  0.00478886 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0458  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  42.28 
 
 
226 aa  97.4  7e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.6635 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4870  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  38.32 
 
 
248 aa  97.8  7e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.233795  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2078  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.1 
 
 
249 aa  97.8  7e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0849144 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7431  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.26 
 
 
240 aa  97.1  9e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00872807  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1829  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.96 
 
 
246 aa  97.4  9e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>