More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcav_0036 on replicon NC_012669
Organism: Beutenbergia cavernae DSM 12333



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012669  Bcav_0036  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 		 284 aa  563  1.0000000000000001e-159  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.020454  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6179  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  56.16 
 
 		 284 aa  283  2.0000000000000002e-75  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1119  LacI family transcription regulator  50.36 
 
 		 347 aa  251  1e-65  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00140598 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3659  transcriptional regulator, LacI family  48.18 
 
 		 343 aa  248  1e-64  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.346093  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4828  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  50.36 
 
 		 286 aa  248  1e-64  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5637  LacI family transcription regulator  46.4 
 
 		 338 aa  234  9e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.339737  normal  0.425271 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0909  LacI family transcription regulator  44.77 
 
 		 338 aa  233  2.0000000000000002e-60  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3723  transcriptional regulator, LacI family  46.43 
 
 		 346 aa  229  3e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0543452  normal  0.256454 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3513  LacI family transcriptional regulator  45.09 
 
 		 337 aa  224  1e-57  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.390726  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5001  LacI family transcription regulator  45.49 
 
 		 343 aa  223  3e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.282758  normal  0.452434 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2012  transcriptional regulator, LacI family  44.36 
 
 		 342 aa  221  9.999999999999999e-57  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0794313 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1186  regulatory protein, LacI  43.8 
 
 		 339 aa  219  5e-56  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1344  transcriptional regulator, LacI family  42.96 
 
 		 365 aa  217  2e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1755  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  42.7 
 
 		 295 aa  208  1e-52  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0701785 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1079  LacI family transcription regulator  44.07 
 
 		 347 aa  206  3e-52  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000248753 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2253  transcriptional regulator, LacI family  41.45 
 
 		 343 aa  192  7e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000862042 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14780  transcriptional regulator  41.96 
 
 		 355 aa  185  8e-46  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.684849  normal  0.111834 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16820  transcriptional regulator  37.94 
 
 		 385 aa  175  9e-43  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0968844  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01370  transcriptional regulator  37.27 
 
 		 279 aa  165  8e-40  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04940  transcriptional regulator  37.97 
 
 		 363 aa  161  1e-38  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3330  transcriptional regulator, LacI family  36.11 
 
 		 343 aa  159  5e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.451729  normal  0.198785 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3896  LacI family transcription regulator  37.68 
 
 		 339 aa  157  1e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1161  transcriptional regulator, LacI family  39.21 
 
 		 347 aa  155  6e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.193058  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5075  transcriptional regulator, LacI family  34.89 
 
 		 350 aa  155  6e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4130  transcriptional regulator, LacI family  39.08 
 
 		 344 aa  142  4e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0571066  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2275  transcriptional regulator, LacI family  36.05 
 
 		 342 aa  139  4.999999999999999e-32  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.995394  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4608  transcriptional regulator, LacI family  34.7 
 
 		 344 aa  135  7.000000000000001e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  35.57 
 
 		 347 aa  133  3e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  34.2 
 
 		 346 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  34.2 
 
 		 346 aa  130  3e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.27 
 
 		 336 aa  121  9.999999999999999e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0736  transcriptional regulator, LacI family  33.98 
 
 		 354 aa  120  1.9999999999999998e-26  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.585027  normal  0.948547 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2870  transcriptional regulator, LacI family  30.82 
 
 		 342 aa  120  3e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0198  LacI family response repressor  29.79 
 
 		 368 aa  119  6e-26  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.258556  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0673  transcriptional regulator, LacI family  31.54 
 
 		 382 aa  118  9.999999999999999e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.208846  normal  0.309345 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4748  LacI family transcription regulator  32.96 
 
 		 343 aa  116  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.395057 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.09 
 
 		 335 aa  116  5e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1895  transcriptional regulator, LacI family  34.17 
 
 		 364 aa  115  7.999999999999999e-25  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.450478 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1129  LacI family transcription regulator  33.21 
 
 		 343 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1586  LacI family transcription regulator  33.21 
 
 		 343 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.122412  normal  0.650271 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1609  LacI family transcription regulator  33.21 
 
 		 343 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0684889  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5490  transcriptional regulator, LacI family  32.17 
 
 		 337 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.932078  normal  0.122051 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.96 
 
 		 342 aa  114  1.0000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2939  alanine racemase  31.58 
 
 		 340 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1628  LacI family transcription regulator  32.83 
 
 		 343 aa  113  3e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2022  ribose operon repressor RbsR  32.95 
 
 		 343 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.662423  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1857  ribose operon repressor RbsR  32.95 
 
 		 343 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1870  ribose operon repressor RbsR  32.95 
 
 		 343 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.585666  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1525  LacI family transcription regulator  33.21 
 
 		 343 aa  112  5e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1506  LacI family transcription regulator  33.21 
 
 		 343 aa  112  5e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3813  alanine racemase  32.87 
 
 		 340 aa  112  5e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0506  LacI family transcription regulator  29.3 
 
 		 332 aa  112  8.000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.549777  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  31.68 
 
 		 343 aa  112  9e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  32.58 
 
 		 340 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  30.3 
 
 		 353 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  32.45 
 
 		 340 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  29.59 
 
 		 337 aa  110  3e-23  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  31.68 
 
 		 337 aa  110  3e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.34 
 
 		 335 aa  110  3e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2472  ribose operon repressor RbsR  32.58 
 
 		 343 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.59 
 
 		 342 aa  109  6e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.59 
 
 		 342 aa  109  6e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1598  LacI family transcription regulator  24.54 
 
 		 333 aa  109  6e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0971431  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1125  transcriptional regulator, LacI family  33.21 
 
 		 341 aa  108  7.000000000000001e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000107829 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  28.93 
 
 		 333 aa  108  8.000000000000001e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2000  LacI family transcription regulator  31.7 
 
 		 346 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.121919  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  30.34 
 
 		 335 aa  108  1e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1744  transcriptional regulator, LacI family  27.97 
 
 		 336 aa  107  2e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0911  transcriptional regulator, LacI family  28.57 
 
 		 332 aa  107  2e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  30 
 
 		 334 aa  107  2e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  31.82 
 
 		 340 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.96 
 
 		 335 aa  107  3e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1515  transcriptional regulator, LacI family  28.07 
 
 		 339 aa  106  3e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2260  transcriptional regulator, LacI family  31.32 
 
 		 346 aa  107  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167374  normal  0.588495 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4639  transcriptional regulator, LacI family  31.72 
 
 		 357 aa  106  3e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.496087  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0329  LacI family transcription regulator  31.09 
 
 		 347 aa  105  6e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.16025  normal  0.855853 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  25.1 
 
 		 341 aa  105  6e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7452  LacI family transcription regulator  30.8 
 
 		 357 aa  105  7e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.390478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0297  LacI family transcription regulator  27.46 
 
 		 340 aa  105  8e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3767  maltose operon transcriptional repressor  25.09 
 
 		 343 aa  105  1e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2844  transcriptional regulator, LacI family  38.89 
 
 		 331 aa  105  1e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0556143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  31.3 
 
 		 339 aa  105  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3838  LacI family transcription regulator  25 
 
 		 343 aa  105  1e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2311  transcriptional regulator, LacI family  27.8 
 
 		 335 aa  105  1e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000106518  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2545  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.34 
 
 		 341 aa  104  1e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0224  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.26 
 
 		 339 aa  105  1e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.770893  normal  0.229032 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2204  transcriptional regulator, LacI family  22.7 
 
 		 337 aa  105  1e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3919  maltose operon transcriptional repressor  25.09 
 
 		 343 aa  104  2e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3751  maltose operon transcriptional repressor  25.09 
 
 		 343 aa  103  2e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4226  maltose operon transcriptional repressor  25.09 
 
 		 343 aa  104  2e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4134  maltose operon transcriptional repressor  25.09 
 
 		 340 aa  103  2e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1895  LacI family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 339 aa  103  2e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.371942 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4116  maltose operon transcriptional repressor  25.36 
 
 		 340 aa  103  2e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.271073  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4028  maltose operon transcriptional repressor  25.09 
 
 		 343 aa  104  2e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1871  raffinose repressor, putative  30.22 
 
 		 336 aa  103  3e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2720  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 		 337 aa  103  5e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.687845  normal  0.476409 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2711  alanine racemase  25.45 
 
 		 342 aa  102  6e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000872573  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3075  transcriptional regulator, LacI family  31.73 
 
 		 338 aa  102  7e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.494184  normal  0.554684 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1123  maltose operon transcriptional repressor  25 
 
 		 343 aa  102  7e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  30.42 
 
 		 340 aa  102  8e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>