86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6591 on replicon NC_008385
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008385  Bamb_6591  conjugal transfer protein TrbA  100 
 
 		 120 aa  244  3e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000102889  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6501  conjugal transfer protein TrbA  99.17 
 
 		 120 aa  243  9e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000000000173415  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4275  conjugal transfer protein TrbA  99.17 
 
 		 120 aa  242  9.999999999999999e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  6.75879e-22  normal  0.733184 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0046  conjugal transfer protein TrbA  71.79 
 
 		 122 aa  181  2.0000000000000003e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.91014  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2264  conjugal transfer protein TrbA  69.75 
 
 		 118 aa  169  9e-42  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.0000000287063  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2228  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 197 aa  52.4  0.000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.386344  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2927  transcriptional regulator, XRE family  35.19 
 
 		 130 aa  51.6  0.000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.298234 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2951  DNA-binding protein  42.86 
 
 		 186 aa  50.4  0.000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000726653  hitchhiker  0.00000000446905 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2170  MerR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 186 aa  48.9  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.22299  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2432  DNA-binding protein  42.86 
 
 		 186 aa  48.9  0.00002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.164998 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2250  DNA-binding protein  42.86 
 
 		 186 aa  48.9  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2513  DNA-binding protein  42.86 
 
 		 152 aa  49.3  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00277307  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0772  transcriptional regulator  45.1 
 
 		 204 aa  49.3  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.855503 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2380  DNA-binding protein  40.91 
 
 		 186 aa  49.3  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.801132  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2414  DNA-binding protein  42.86 
 
 		 186 aa  48.9  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1276  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 69 aa  48.5  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1207  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 69 aa  48.5  0.00003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.12255  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1147  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 69 aa  48.5  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 252 aa  48.1  0.00004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1193  helix-turn-helix domain-containing protein  38.18 
 
 		 68 aa  47.4  0.00008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.67349  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1786  helix-turn-helix transcriptional regulator  38.46 
 
 		 124 aa  47  0.0001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1219  putative HTH-type transcriptional regulator  34.38 
 
 		 75 aa  46.6  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.568152  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2305  XRE family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 130 aa  46.6  0.0001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0843666 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1912  putative prophage repressor  29.63 
 
 		 196 aa  45.1  0.0003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1223  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  34.29 
 
 		 316 aa  44.7  0.0004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.117145  normal  0.0124179 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1326  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  37.74 
 
 		 309 aa  44.7  0.0004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.783299  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2924  XRE family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 204 aa  44.3  0.0005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.705469  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 71 aa  44.3  0.0006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000391644  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 71 aa  44.3  0.0006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2125  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 66 aa  44.3  0.0007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0230  transcriptional regulator  38.1 
 
 		 197 aa  43.9  0.0008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0641  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 211 aa  43.5  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2294  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 211 aa  43.5  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.328361 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1795  DNA-binding protein  38.6 
 
 		 181 aa  43.1  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00600  putative transcriptional regulator  35 
 
 		 127 aa  43.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.1953  normal  0.198014 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3066  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 66 aa  43.1  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0121825  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0430  helix-turn-helix domain-containing protein  42 
 
 		 356 aa  43.1  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.177138  hitchhiker  0.0000000020389 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2792  transcriptional regulator, XRE family  40.82 
 
 		 72 aa  42.4  0.002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1906  DNA-binding protein  38.6 
 
 		 181 aa  42.4  0.002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0011859  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1599  MerR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 181 aa  42.4  0.002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1629  MerR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 181 aa  42.4  0.002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000044317  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4657  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  39.62 
 
 		 305 aa  42.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1854  DNA-binding protein  38.6 
 
 		 181 aa  42.4  0.002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.653009  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0285  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 74 aa  42.4  0.002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.17528  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2346  transcriptional regulator  32.84 
 
 		 215 aa  42.7  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.958774 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3546  DNA-binding protein  38.6 
 
 		 181 aa  42.4  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0336  XRE family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 140 aa  42.4  0.002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  unclonable  0.000000000838003  normal  0.0169736 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1831  DNA-binding protein  38.6 
 
 		 181 aa  42.4  0.002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34730  XRE family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 193 aa  42  0.003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0210921  normal  0.262574 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1781  DNA-binding protein  38.6 
 
 		 181 aa  42  0.003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  32.26 
 
 		 72 aa  42  0.003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1655  helix-turn-helix domain protein  32.1 
 
 		 194 aa  42  0.003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000652652  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0679  transcriptional regulator, XRE family  41.18 
 
 		 105 aa  42  0.003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5273  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  39.62 
 
 		 305 aa  42  0.003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1650  DNA-binding protein  38.6 
 
 		 181 aa  42  0.003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000412674  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1991  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 69 aa  42  0.003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0791  transcriptional regulator, XRE family  45 
 
 		 213 aa  41.6  0.004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  7.49267e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6981  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 245 aa  41.6  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2445  DNA-binding protein  29.41 
 
 		 101 aa  41.2  0.004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.153574  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0995  transcriptional regulator, XRE family  35.59 
 
 		 72 aa  41.6  0.004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.651052 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2484  transcriptional regulator, XRE family  42 
 
 		 67 aa  41.2  0.004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1627  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 300 aa  41.6  0.004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000332957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4300  hypothetical protein  34.18 
 
 		 400 aa  41.6  0.004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0235978  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  36.73 
 
 		 72 aa  41.2  0.005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0770  transcriptional regulator, XRE family  36.96 
 
 		 262 aa  41.2  0.005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.528769  normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0427  transcriptional regulator  35.42 
 
 		 66 aa  41.2  0.005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.423701  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 		 83 aa  41.2  0.005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1139  transcriptional regulator  32.2 
 
 		 232 aa  41.2  0.005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.483755  normal  0.0958639 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0368  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 76 aa  41.2  0.005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0877  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  37.74 
 
 		 317 aa  41.2  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.54694  normal  0.67724 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4177  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 106 aa  40.8  0.006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl455  Cro/CI family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 75 aa  40.8  0.006  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  1.33845e-27  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0004  DNA-binding protein  31.45 
 
 		 202 aa  40.8  0.006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2505  XRE family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 220 aa  40.8  0.006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1150  DNA-binding protein  31.45 
 
 		 202 aa  40.8  0.006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.129822  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1430  DNA-binding protein  31.45 
 
 		 202 aa  40.8  0.006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0005  DNA-binding protein  31.45 
 
 		 202 aa  40.8  0.006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.792058  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6450  hypothetical protein  32.91 
 
 		 402 aa  40.4  0.007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4209  XRE family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 194 aa  40.4  0.007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.940435  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1021  DNA-binding protein  32.26 
 
 		 180 aa  40.4  0.008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000053147  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1855  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 		 177 aa  40.4  0.009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.21785 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3441  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 		 187 aa  40.4  0.009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.404086 
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6597  hypothetical protein  33.33 
 
 		 401 aa  40  0.01  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.609028  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1574  XRE family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 57 aa  40  0.01  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4019  XRE family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 72 aa  40  0.01  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0671372 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1649  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 181 aa  40  0.01  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.176921  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>