More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6542 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010557  BamMC406_6256  cobalamin synthesis protein P47K  97.58 
 
 		 414 aa  826    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420491  normal  0.88577 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4084  cobalamin synthesis protein, P47K  82.86 
 
 		 420 aa  713    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3235  cobalamin synthesis protein P47K  81.9 
 
 		 420 aa  701    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.673339 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6542  cobalamin synthesis protein, P47K  100 
 
 		 414 aa  843    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.321492  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4282  cobalamin synthesis protein, P47K  82.86 
 
 		 420 aa  713    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2730  cobalamin synthesis protein, P47K  65.06 
 
 		 420 aa  526  1e-148  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22980  Cobalamin synthesis protein  57.99 
 
 		 401 aa  439  9.999999999999999e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4536  cobalamin synthesis protein, P47K  54.94 
 
 		 401 aa  430  1e-119  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5526  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  53.88 
 
 		 403 aa  425  1e-118  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5655  cobalamin synthesis protein/P47K  54.55 
 
 		 401 aa  425  1e-118  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.108679 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5075  cobalamin synthesis protein/P47K:cobalamin synthesis protein/P47K  54.4 
 
 		 402 aa  423  1e-117  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5139  cobalamin synthesis protein P47K  54.1 
 
 		 402 aa  423  1e-117  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.522234 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5361  CobW/P47K family protein  53.87 
 
 		 402 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5410  cobalamin synthesis protein P47K  53.59 
 
 		 401 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0589592 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5269  cobalamin synthesis protein, P47K  53.35 
 
 		 402 aa  410  1e-113  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.55186 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6337  hypothetical protein  54.78 
 
 		 400 aa  409  1e-113  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73010  hypothetical protein  54.01 
 
 		 400 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00487394  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1446  cobalamin synthesis protein P47K  49.62 
 
 		 403 aa  397  1e-109  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.454825  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1980  hypothetical protein  49.22 
 
 		 402 aa  382  1e-105  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0097799  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1815  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  48.74 
 
 		 402 aa  376  1e-103  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.22864  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1720  cobalamin synthesis protein P47K  51.55 
 
 		 396 aa  377  1e-103  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00319553  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0192  cobalamin synthesis protein, P47K  49.14 
 
 		 410 aa  376  1e-103  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2626  cobalamin synthesis protein P47K  50.78 
 
 		 395 aa  370  1e-101  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.153552  normal  0.53013 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0299  cobalamin synthesis protein, P47K  48.32 
 
 		 415 aa  370  1e-101  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.376987  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2135  cobalamin synthesis protein P47K  51.28 
 
 		 407 aa  365  1e-100  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.847477  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1231  cobalamin synthesis protein, P47K  49.23 
 
 		 406 aa  355  6.999999999999999e-97  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.201771 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0316  cobalamin synthesis protein/P47K  49.25 
 
 		 423 aa  347  2e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3705  cobalamin synthesis protein P47K  48.75 
 
 		 435 aa  347  3e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3034  cobalamin synthesis protein, P47K  49.75 
 
 		 423 aa  346  5e-94  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0820283  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5332  cobalamin synthesis protein, P47K  49.75 
 
 		 423 aa  346  5e-94  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4936  cobalamin synthesis protein P47K  49.62 
 
 		 402 aa  344  2e-93  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.753815 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1476  cobalamin synthesis protein P47K  48.72 
 
 		 408 aa  343  2e-93  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.709417  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3105  cobalamin synthesis protein, P47K  49.35 
 
 		 417 aa  344  2e-93  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.934746  normal  0.32479 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3382  cobalamin synthesis protein P47K  48.38 
 
 		 435 aa  343  2.9999999999999997e-93  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0006  cobalamin synthesis protein, P47K  46.68 
 
 		 470 aa  343  4e-93  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273813  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0064  cobalamin synthesis protein, P47K  46.68 
 
 		 437 aa  342  5e-93  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0083  cobalamin synthesis protein P47K  46.68 
 
 		 437 aa  342  5.999999999999999e-93  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1098  cobalamin synthesis protein P47K  50.26 
 
 		 397 aa  342  5.999999999999999e-93  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0118986 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3246  cobalamin synthesis protein/P47K  46.68 
 
 		 437 aa  342  7e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.499544 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3649  cobalamin synthesis protein P47K  47.75 
 
 		 423 aa  342  7e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0493761  normal  0.568925 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0064  cobalamin synthesis protein P47K  47.16 
 
 		 436 aa  341  1e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0054  cobalamin synthesis protein, P47K  47.39 
 
 		 436 aa  341  1e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0608  cobalamin synthesis protein P47K  47.52 
 
 		 408 aa  338  9.999999999999999e-92  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.452974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2203  putative regulatory protein (nitrile hydratase activator like)  50.53 
 
 		 401 aa  336  5e-91  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.514388  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0045  hypothetical protein  48.22 
 
 		 424 aa  332  6e-90  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4503  putative cobalamin synthesis protein/P47K  46.83 
 
 		 438 aa  332  9e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.612828 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1091  cobalamin synthesis protein P47K  50 
 
 		 406 aa  331  1e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2385  cobalamin synthesis protein P47K  47.96 
 
 		 401 aa  332  1e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0065  cobalamin synthesis protein P47K  46.8 
 
 		 433 aa  331  1e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3017  cobalamin synthesis protein P47K  49.6 
 
 		 415 aa  330  2e-89  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.168872  normal  0.358971 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2062  cobalamin synthesis protein P47K  46.8 
 
 		 397 aa  331  2e-89  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.410151  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2183  hypothetical protein  48.31 
 
 		 404 aa  331  2e-89  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.233817  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2719  cobalamin synthesis protein P47K  48.84 
 
 		 401 aa  330  3e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0234236  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0639  cobalamin synthesis protein P47K  46.91 
 
 		 402 aa  330  3e-89  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000744918  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0005  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  46.15 
 
 		 519 aa  330  3e-89  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0218  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  45.71 
 
 		 446 aa  329  6e-89  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1893  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  45.09 
 
 		 446 aa  329  6e-89  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3934  cobalamin synthesis protein P47K  46.34 
 
 		 438 aa  328  7e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0005  CobW/P47K family protein  45.24 
 
 		 446 aa  328  7e-89  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3520  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  45.24 
 
 		 446 aa  328  9e-89  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2789  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  45 
 
 		 446 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0635224  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0005  CobW/P47K family protein  45.48 
 
 		 446 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.938262  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1533  cobalamin synthesis protein P47K  47.59 
 
 		 422 aa  327  3e-88  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2945  cobalamin synthesis protein P47K  48.32 
 
 		 406 aa  326  4.0000000000000003e-88  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.879984  hitchhiker  0.0065134 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4067  cobalamin synthesis protein, P47K  46.31 
 
 		 403 aa  323  5e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2934  cobalamin synthesis protein P47K  46.98 
 
 		 406 aa  322  7e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00608688 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1025  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  47.44 
 
 		 400 aa  321  1.9999999999999998e-86  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1120  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  47.44 
 
 		 400 aa  321  1.9999999999999998e-86  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.201392  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2441  cobalamin synthesis protein P47K  46.53 
 
 		 416 aa  320  1.9999999999999998e-86  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2707  cobalamin synthesis protein P47K  46.72 
 
 		 405 aa  321  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.217107 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03818  nitrile hydratase activator  45.99 
 
 		 441 aa  318  1e-85  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4174  cobalamin synthesis protein P47K  47.7 
 
 		 401 aa  317  2e-85  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0080  cobalamin synthesis protein, P47K  48.01 
 
 		 404 aa  316  6e-85  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0399  cobalamin synthesis protein P47K  45.69 
 
 		 441 aa  315  9e-85  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.414566  normal  0.973857 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3630  cobalamin synthesis protein P47K  44.91 
 
 		 399 aa  315  9.999999999999999e-85  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0621429 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2254  cobalamin synthesis protein, P47K  46.06 
 
 		 403 aa  314  1.9999999999999998e-84  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2829  cobalamin synthesis protein P47K  45.66 
 
 		 406 aa  314  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.62152 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2614  cobalamin synthesis protein P47K  45.59 
 
 		 410 aa  312  5.999999999999999e-84  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.729102 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2119  cobalamin synthesis protein P47K  47.83 
 
 		 393 aa  311  9e-84  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0323303 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1647  cobalamin synthesis protein P47K  45.01 
 
 		 402 aa  311  1e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2592  putative 47 kDa protein  47.07 
 
 		 403 aa  311  1e-83  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00869737 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3014  cobalamin synthesis protein, P47K  46.04 
 
 		 540 aa  310  2e-83  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2487  putative 47 kDa protein  46.53 
 
 		 401 aa  310  2e-83  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0581  cobalamin synthesis protein P47K  42.46 
 
 		 394 aa  310  2.9999999999999997e-83  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0473  cobalamin synthesis protein, P47K  42.35 
 
 		 400 aa  307  2.0000000000000002e-82  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0485  cobalamin synthesis protein P47K  42.35 
 
 		 400 aa  307  2.0000000000000002e-82  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1338  cobalamin synthesis protein, P47K  45.66 
 
 		 407 aa  307  2.0000000000000002e-82  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6213  cobalamin synthesis protein P47K  44.99 
 
 		 403 aa  306  5.0000000000000004e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.575624  normal  0.0528203 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6409  cobalamin synthesis protein P47K  45.24 
 
 		 410 aa  305  8.000000000000001e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0080  cobalamin synthesis protein, putative  42.67 
 
 		 400 aa  304  1.0000000000000001e-81  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1101  cobalamin synthesis protein P47K  43.09 
 
 		 442 aa  304  2.0000000000000002e-81  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6215  cobalamin synthesis protein P47K  43.19 
 
 		 407 aa  304  2.0000000000000002e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.103879 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6411  cobalamin synthesis protein P47K  43.44 
 
 		 394 aa  303  3.0000000000000004e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.352865  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2212  cobalamin synthesis protein P47K  42.79 
 
 		 423 aa  300  2e-80  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.614725  normal  0.208807 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3393  transposase IS116/IS110/IS902 family protein  44.7 
 
 		 399 aa  298  1e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0189919  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1193  hypothetical protein  42.39 
 
 		 442 aa  298  1e-79  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.619068  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1836  cobalamin synthesis protein, putative  40.72 
 
 		 395 aa  294  2e-78  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.196672  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3566  cobalamin synthesis protein, P47K  44.36 
 
 		 399 aa  294  2e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.107446  normal  0.0714729 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5321  cobalamin synthesis protein, P47K  43.91 
 
 		 388 aa  294  2e-78  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3502  cobalamin synthesis protein, P47K  42.86 
 
 		 410 aa  294  2e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.461262 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>