More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6416 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010557  BamMC406_6128  thioesterase superfamily protein  100 
 
 		 138 aa  290  5e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.892734 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6416  hypothetical protein  100 
 
 		 138 aa  290  5e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.586823  normal  0.782807 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5999  thioesterase superfamily protein  39.25 
 
 		 181 aa  67.4  0.00000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5253  phenylacetic acid degradation-related protein  35.85 
 
 		 176 aa  65.1  0.0000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0725  thioesterase superfamily protein  40.52 
 
 		 159 aa  65.5  0.0000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5342  hypothetical protein  35.85 
 
 		 176 aa  65.1  0.0000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.331699  normal  0.285633 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0606  thioesterase superfamily protein  36.36 
 
 		 176 aa  64.7  0.0000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0448554 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2271  hypothetical protein  34.55 
 
 		 128 aa  64.3  0.0000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.641276  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2334  phenylacetic acid degradation-related protein  33.63 
 
 		 148 aa  63.5  0.0000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.788653  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4670  thioesterase superfamily protein  34.91 
 
 		 137 aa  61.6  0.000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.614434 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0207  thioesterase superfamily protein  33.33 
 
 		 160 aa  60.8  0.000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1893  thioesterase superfamily protein  36.13 
 
 		 225 aa  61.2  0.000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.333222  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1736  hypothetical protein  32.56 
 
 		 135 aa  60.5  0.000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0873993  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4071  thioesterase superfamily protein  32.2 
 
 		 128 aa  60.1  0.00000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.881858 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0190  thioesterase superfamily protein  37.4 
 
 		 146 aa  59.7  0.00000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1677  hypothetical protein  32.56 
 
 		 135 aa  59.3  0.00000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1093  phenylacetic acid degradation-related protein  30.77 
 
 		 132 aa  58.5  0.00000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0100  hypothetical protein  38.2 
 
 		 155 aa  58.2  0.00000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.420751  normal  0.431878 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5767  thioesterase superfamily protein  34.23 
 
 		 144 aa  58.2  0.00000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.576026  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3654  thioesterase superfamily protein  34.82 
 
 		 144 aa  58.2  0.00000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00894045  normal  0.0146751 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1560  thioesterase superfamily protein  36.67 
 
 		 183 aa  57.8  0.00000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.532155  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1949  hypothetical protein  36.17 
 
 		 144 aa  57.8  0.00000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0913088  normal  0.0384991 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2529  phenylacetic acid degradation-related protein  28.89 
 
 		 149 aa  57  0.00000008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.692969 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3656  thioesterase superfamily protein  26.5 
 
 		 127 aa  57  0.00000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0447076  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4446  thioesterase superfamily protein  34.26 
 
 		 160 aa  56.2  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2403  thioesterase superfamily protein  34.34 
 
 		 139 aa  55.5  0.0000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69270  hypothetical protein  24.68 
 
 		 157 aa  55.5  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1137  hypothetical protein  28.83 
 
 		 153 aa  55.8  0.0000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0826  phenylacetic acid degradation-related protein  29.91 
 
 		 191 aa  55.5  0.0000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2942  thioesterase superfamily protein  26.5 
 
 		 135 aa  55.5  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0555225  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0186  thioesterase superfamily protein  38.82 
 
 		 142 aa  55.1  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.439757  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5992  hypothetical protein  25.97 
 
 		 157 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3305  phenylacetic acid degradation-related protein  31.09 
 
 		 209 aa  54.7  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1857  thioesterase superfamily protein  30.68 
 
 		 122 aa  53.5  0.0000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0499053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1898  thioesterase superfamily protein  27.35 
 
 		 136 aa  53.1  0.000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3202  thioesterase superfamily protein  37.63 
 
 		 134 aa  53.1  0.000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2356  phenylacetic acid degradation-related protein  31.53 
 
 		 144 aa  53.5  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.757412  normal  0.692346 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0009  thioesterase superfamily protein  33.66 
 
 		 161 aa  53.1  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.239362  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4539  thioesterase superfamily protein  28.7 
 
 		 151 aa  52.8  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3939  thioesterase superfamily protein  32.69 
 
 		 179 aa  52.4  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0150452 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3846  thioesterase superfamily protein  32.48 
 
 		 151 aa  52.4  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10860  hypothetical protein  33.33 
 
 		 161 aa  52.4  0.000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.405906  unclonable  0.00000000176552 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0167  phenylacetic acid degradation-like protein  29.06 
 
 		 144 aa  52.4  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2865  hypothetical protein  29.66 
 
 		 167 aa  52.8  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.218944 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4820  thioesterase superfamily protein  31.96 
 
 		 174 aa  51.6  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2573  thioesterase superfamily protein  30.08 
 
 		 232 aa  51.6  0.000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.686458  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5821  thioesterase superfamily protein  31.19 
 
 		 139 aa  52  0.000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.104468  normal  0.024751 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2142  hypothetical protein  31.3 
 
 		 138 aa  51.6  0.000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4779  phenylacetic acid degradation-related protein  32.61 
 
 		 140 aa  51.2  0.000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1354  hypothetical protein  31.71 
 
 		 138 aa  51.2  0.000005  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17390  Phenylacetic acid degradation-related protein  27.21 
 
 		 140 aa  51.2  0.000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00857022  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2202  hypothetical protein  31.11 
 
 		 163 aa  50.8  0.000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.42347  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1292  thioesterase superfamily protein  29.76 
 
 		 159 aa  50.8  0.000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.430842  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0021  thioesterase superfamily protein  28.93 
 
 		 168 aa  50.8  0.000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3942  thioesterase superfamily protein  31.09 
 
 		 191 aa  50.4  0.000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05030  phenylacetic acid degradation protein  31.62 
 
 		 127 aa  50.8  0.000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.264385  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1285  phenylacetic acid degradation-related protein  33.7 
 
 		 169 aa  50.4  0.000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1932  thioesterase superfamily protein  26.5 
 
 		 161 aa  50.4  0.000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.248061  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0117  thioesterase superfamily protein  38.2 
 
 		 155 aa  50.4  0.000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5298  phenylacetic acid degradation-related protein  25.83 
 
 		 147 aa  49.7  0.00001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.52092  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2242  phenylacetic acid degradation-related protein  31.4 
 
 		 152 aa  49.7  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.298496  normal  0.129861 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2201  thioesterase superfamily protein  37.36 
 
 		 130 aa  49.7  0.00001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3360  thioesterase superfamily protein  28.95 
 
 		 161 aa  49.7  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.199811  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4897  thioesterase superfamily protein  33 
 
 		 143 aa  49.3  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5764  thioesterase superfamily protein  29.37 
 
 		 139 aa  49.3  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0523  hypothetical protein  32.99 
 
 		 195 aa  48.9  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0912  thioesterase superfamily protein  31.4 
 
 		 138 aa  49.3  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.511728  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0877  hypothetical protein  30.37 
 
 		 163 aa  49.3  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.609076 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2494  thioesterase superfamily protein  27.62 
 
 		 156 aa  49.3  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.721118  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5737  thioesterase superfamily protein  33.71 
 
 		 137 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00962069 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8061  thioesterase superfamily protein  32.18 
 
 		 184 aa  48.5  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.157988  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1795  phenylacetic acid degradation-related protein  29.57 
 
 		 161 aa  48.9  0.00003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.560349  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2049  phenylacetic acid degradation-related protein  32.05 
 
 		 135 aa  48.9  0.00003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.466899  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2032  hypothetical protein  32.05 
 
 		 128 aa  48.5  0.00003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0732771 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0357  thioesterase superfamily protein  30.3 
 
 		 128 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5089  thioesterase superfamily protein  30.25 
 
 		 165 aa  48.5  0.00003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.765529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2095  hypothetical protein  32.05 
 
 		 128 aa  48.5  0.00003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.117378  normal  0.546982 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0959  phenylacetic acid degradation-related protein  32.61 
 
 		 169 aa  48.1  0.00004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.46096  normal  0.0335378 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1884  thioesterase superfamily protein  28.7 
 
 		 134 aa  48.1  0.00004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000959247  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1764  hypothetical protein  31.82 
 
 		 144 aa  47.8  0.00005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.101105  normal  0.242168 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05814  esterase  30.69 
 
 		 145 aa  47.8  0.00005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4425  phenylacetic acid degradation-related protein  26.61 
 
 		 134 aa  47.8  0.00005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.064517  normal  0.466839 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4719  thioesterase superfamily protein  25.44 
 
 		 143 aa  47.8  0.00005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0175  thioesterase superfamily protein  32.52 
 
 		 142 aa  47.8  0.00005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1737  thioesterase superfamily protein  31.82 
 
 		 131 aa  47.4  0.00006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.000000190297  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0470  thioesterase superfamily protein  29.41 
 
 		 161 aa  47.8  0.00006  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.61831  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0102  thioesterase superfamily protein  32.65 
 
 		 144 aa  47.4  0.00006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.306463  normal  0.0212661 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11565  hypothetical protein  25.69 
 
 		 144 aa  47.8  0.00006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0530  ComA2 family protein  27.52 
 
 		 124 aa  47.4  0.00007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.184702  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0315  phenylacetic acid degradation-related protein  34.48 
 
 		 187 aa  47.4  0.00007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3906  thioesterase superfamily protein  30.19 
 
 		 137 aa  47  0.00009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4125  hypothetical protein  33.62 
 
 		 156 aa  47  0.00009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.380555  normal  0.637069 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2492  phenylacetic acid degradation-related protein  38.27 
 
 		 146 aa  47  0.00009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0048  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  24.27 
 
 		 124 aa  47  0.00009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.979137 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2270  phenylacetic acid degradation-related protein  24.79 
 
 		 161 aa  47  0.00009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.552661  normal  0.164654 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1352  phenylacetic acid degradation-related protein  33.64 
 
 		 133 aa  47  0.00009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0602688  normal  0.0191166 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1780  hypothetical protein  29.46 
 
 		 176 aa  47  0.00009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.371406 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3546  phenylacetic acid degradation-related protein  35.63 
 
 		 185 aa  46.2  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.572373  normal  0.256771 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2516  phenylacetic acid degradation-related protein  30.19 
 
 		 135 aa  46.2  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.158842 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1553  phenylacetic acid degradation-related protein  28.24 
 
 		 140 aa  46.6  0.0001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.639423 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>