More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6392 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_04013  chaperonin GroEL  72.35 
 
 
548 aa  771    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3849  chaperonin GroEL  72.16 
 
 
548 aa  769    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0386  chaperonin GroEL  62.83 
 
 
544 aa  674    Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.0411403  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3340  chaperonin GroEL  67.99 
 
 
544 aa  723    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0236038  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1361  chaperonin GroEL  74.95 
 
 
546 aa  786    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.396838  normal  0.215405 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0707  chaperonin GroEL  74.43 
 
 
545 aa  798    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.990756  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1704  chaperonin, 60 kDa subunit  73.53 
 
 
542 aa  788    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.651544  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0642  chaperonin GroEL  78.32 
 
 
547 aa  837    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0957  chaperone protein GroEL  68.93 
 
 
548 aa  739    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.10436  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1356  chaperonin GroEL  63.4 
 
 
545 aa  659    Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.649732  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0195  chaperonin GroEL  69.64 
 
 
546 aa  706    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0704  chaperonin GroEL  71.51 
 
 
545 aa  759    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4376  chaperonin, 60 kDa  71.75 
 
 
547 aa  761    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0253  chaperonin GroEL  62.57 
 
 
544 aa  658    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000348561  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0239  chaperonin GroEL  62.76 
 
 
544 aa  659    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000814952  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0240  chaperonin GroEL  62.76 
 
 
544 aa  659    Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000179769  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2001  chaperonin GroEL  77.84 
 
 
550 aa  821    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0743  chaperonin GroEL  70.97 
 
 
548 aa  728    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0724  chaperonin GroEL  70.97 
 
 
548 aa  728    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4072  chaperonin GroEL  71.94 
 
 
547 aa  764    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0436792  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0553  chaperonin GroEL  69.08 
 
 
546 aa  735    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0426  chaperonin GroEL  78.15 
 
 
550 aa  814    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000639435  hitchhiker  0.00144357 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2656  chaperonin GroEL  77.38 
 
 
547 aa  830    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0091  chaperonin GroEL (Hsp60, Cpn10)  78.34 
 
 
547 aa  821    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.0000116999  normal  0.52877 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2113  chaperonin GroEL  66.05 
 
 
542 aa  705    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2192  chaperonin GroEL  67.55 
 
 
545 aa  712    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2574  chaperonin GroEL  68.84 
 
 
548 aa  722    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3175  chaperonin GroEL  77.84 
 
 
546 aa  821    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.509223  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2030  chaperonin GroEL  76.66 
 
 
546 aa  793    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.728979  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2921  chaperonin GroEL  72.59 
 
 
554 aa  790    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000000375677  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4501  chaperonin GroEL  74.01 
 
 
548 aa  788    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.356522  hitchhiker  0.00205266 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2311  chaperonin GroEL  65.6 
 
 
547 aa  697    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2770  chaperonin GroEL  68.18 
 
 
551 aa  699    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000454308  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3955  chaperonin GroEL  77.65 
 
 
546 aa  818    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0037978  normal  0.116505 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2616  chaperonin GroEL  75.52 
 
 
546 aa  808    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.534087 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0542  chaperonin GroEL  64.65 
 
 
547 aa  678    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  unclonable  0.000000020634  normal  0.698451 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1306  chaperonin GroEL  64.65 
 
 
547 aa  676    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  unclonable  0.00000000255221  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0029  chaperonin GroEL  67.61 
 
 
546 aa  716    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000109643  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2473  chaperonin GroEL  67.1 
 
 
548 aa  720    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.102352  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0346  chaperonin Cpn60/TCP-1  68.83 
 
 
544 aa  723    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000118378  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0267  chaperonin GroEL  62.57 
 
 
544 aa  658    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.0000111235  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2344  chaperonin GroEL  79.55 
 
 
552 aa  845    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.00000584882  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0162  chaperonin GroEL  68.05 
 
 
543 aa  704    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.762857  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0587  chaperonin GroEL  68.77 
 
 
548 aa  723    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1938  chaperonin GroEL  75.56 
 
 
546 aa  798    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1458  chaperonin GroEL  77.84 
 
 
546 aa  821    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2394  chaperonin GroEL  66.35 
 
 
548 aa  694    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0117412  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3594  chaperonin GroEL  70.04 
 
 
547 aa  729    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1836  chaperonin GroEL  66.73 
 
 
550 aa  707    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.253263  normal  0.0261483 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3234  chaperonin GroEL  67.55 
 
 
547 aa  669    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.554891  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0035  chaperonin GroEL  67.67 
 
 
547 aa  699    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0226788  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3358  chaperonin GroEL  66.54 
 
 
546 aa  702    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1131  chaperonin GroEL  76.08 
 
 
552 aa  817    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0000256117  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0884  chaperonin, 60 kDa  71.43 
 
 
547 aa  739    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000145695  hitchhiker  0.0000472619 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3172  chaperonin GroEL  66.22 
 
 
547 aa  660    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.252237  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4726  chaperonin GroEL  66.17 
 
 
551 aa  701    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0364  chaperonin GroEL  75.09 
 
 
544 aa  806    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000174436  decreased coverage  0.00158274 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0759  chaperonin GroEL  77.46 
 
 
550 aa  826    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000585799  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2609  chaperonin GroEL  90 
 
 
540 aa  971    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000319213  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3815  chaperonin GroEL  77.27 
 
 
546 aa  817    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000160857  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4544  chaperonin GroEL  90 
 
 
540 aa  971    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000305433  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1569  chaperonin GroEL  75.33 
 
 
546 aa  816    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0135  chaperonin GroEL  75.52 
 
 
546 aa  816    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.129883  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0422  chaperonin GroEL  70 
 
 
545 aa  749    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00454013  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2227  chaperonin GroEL  67.93 
 
 
547 aa  689    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.182713  normal  0.929536 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4127  chaperonin GroEL  66.92 
 
 
550 aa  710    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.176849  normal  0.953611 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2160  chaperonin GroEL  70.81 
 
 
547 aa  750    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.343509  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1176  chaperonin GroEL  65.28 
 
 
545 aa  674    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.412382  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2594  chaperonin GroEL  66.98 
 
 
546 aa  706    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3196  chaperonin GroEL  68.05 
 
 
545 aa  684    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0541  chaperonin GroEL  69.08 
 
 
549 aa  736    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0114318 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0616  chaperonin GroEL  77.38 
 
 
547 aa  815    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0352411 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0591  chaperonin GroEL  68.87 
 
 
546 aa  740    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1097  chaperonin GroEL  64.46 
 
 
553 aa  684    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000134813  hitchhiker  0.000260243 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0597  chaperonin GroEL  65.92 
 
 
547 aa  701    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.411178  normal  0.110788 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0452  chaperonin GroEL  68.98 
 
 
547 aa  705    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.992131 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2079  chaperonin GroEL  66.73 
 
 
539 aa  711    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.131312  normal  0.353745 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0378  chaperonin GroEL  77.27 
 
 
546 aa  816    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0165789  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1580  chaperonin GroEL  90.19 
 
 
540 aa  965    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3753  chaperonin GroEL  69.49 
 
 
548 aa  750    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0357  chaperonin GroEL  69.64 
 
 
544 aa  736    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3095  chaperonin GroEL  67.6 
 
 
542 aa  724    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1828  chaperonin GroEL  64.27 
 
 
542 aa  682    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.320328  normal  0.0519558 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0468  chaperonin GroEL  74.72 
 
 
547 aa  790    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0739991  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3397  chaperonin GroEL  71.7 
 
 
545 aa  760    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00127477 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0555  chaperonin GroEL  71.7 
 
 
545 aa  760    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.22128  normal  0.130437 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0019  chaperonin GroEL  71.54 
 
 
553 aa  765    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.557028  normal  0.807584 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3660  chaperonin GroEL  70.94 
 
 
545 aa  751    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000280031  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0604  chaperonin GroEL  68.05 
 
 
551 aa  719    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.390233  normal  0.0849194 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0733  chaperonin GroEL  77.84 
 
 
546 aa  821    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0551266  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5271  chaperonin GroEL  75.71 
 
 
546 aa  790    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.641954  normal  0.987849 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6392  chaperonin GroEL  100 
 
 
540 aa  1061    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0385642 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57010  chaperonin GroEL  74.01 
 
 
547 aa  778    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0860  chaperonin GroEL  77.27 
 
 
546 aa  816    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0348767  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3522  chaperonin GroEL  75.52 
 
 
546 aa  810    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.212735  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6251  chaperonin GroEL  90.19 
 
 
540 aa  965    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.775744 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0121  chaperonin GroEL  66.73 
 
 
543 aa  702    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0222262  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2345  chaperonin GroEL  66.98 
 
 
542 aa  682    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.000515051  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0295  chaperonin GroEL  68.67 
 
 
551 aa  728    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.206807  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3567  chaperonin GroEL  71.7 
 
 
545 aa  761    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0280431  decreased coverage  0.00325194 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>