62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6296 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008392  Bamb_6296  TadE family protein  100 
 
 
147 aa  292  1e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6000  TadE family protein  97.76 
 
 
147 aa  261  2e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.196579  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6780  TadE family protein  78.91 
 
 
147 aa  221  2e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0136653  normal  0.216151 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6368  TadE family protein  78.91 
 
 
147 aa  221  2e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.455628  normal  0.902056 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5494  TadE-like  78.91 
 
 
147 aa  221  2e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0094498  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7197  TadE-like protein  75.51 
 
 
147 aa  215  2e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0163564  normal  0.273639 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2272  hypothetical protein  61.44 
 
 
153 aa  171  1.9999999999999998e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.292747  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0643  TadE-like protein  54.61 
 
 
152 aa  168  2e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.155901  normal  0.589277 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3089  TadE-like protein  59.48 
 
 
153 aa  167  5e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1314  hypothetical protein  58.82 
 
 
153 aa  163  9e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2964  TadE-like protein  58.17 
 
 
153 aa  162  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2356  TadE-like  53.28 
 
 
145 aa  149  1e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0797  TadE-like  41.73 
 
 
147 aa  115  3e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.160626  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2653  TadE-like  38.57 
 
 
148 aa  106  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1526  TadE family protein  40.28 
 
 
149 aa  104  3e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0585  TadE family protein  38.35 
 
 
148 aa  104  4e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.786226 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2368  hypothetical protein  36.57 
 
 
152 aa  79.7  0.00000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.274749  normal  0.12275 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2553  TadE-like  31.1 
 
 
179 aa  57.8  0.00000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.429285  normal  0.193689 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2112  TadE family protein  36.9 
 
 
137 aa  57.4  0.00000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2017  TadE family protein  29.79 
 
 
151 aa  57  0.00000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0138  TadE family protein  32.76 
 
 
135 aa  52.8  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1023  TadE family protein  35.87 
 
 
135 aa  52.4  0.000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2929  TadE family protein  36.21 
 
 
129 aa  52.4  0.000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.197954  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4440  TadE family protein  35.24 
 
 
126 aa  49.7  0.00001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0344205 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5904  TadE family protein  29.46 
 
 
134 aa  49.7  0.00001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.781531  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0658  hypothetical protein  33.33 
 
 
140 aa  49.3  0.00002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.0921771 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7198  TadE-like protein  43.64 
 
 
177 aa  48.9  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0214815  normal  0.436422 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6369  TadE family protein  43.4 
 
 
177 aa  47.8  0.00006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.944894 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5495  TadE-like  43.4 
 
 
177 aa  47.4  0.00006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0437869  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6781  TadE family protein  43.4 
 
 
177 aa  47.4  0.00006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0179995  normal  0.123574 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0584  TadE family protein  28.57 
 
 
165 aa  47.4  0.00007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.45278 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2064  TadE family protein  47.92 
 
 
180 aa  47  0.00008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.221684  normal  0.769574 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3426  TadE family protein  36.28 
 
 
132 aa  46.6  0.0001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0764833  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2669  TadE family protein  27.62 
 
 
122 aa  45.8  0.0002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.380149  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1749  Flp pilus assembly protein TadG  40 
 
 
151 aa  45.8  0.0002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3944  TadE family protein  40 
 
 
170 aa  45.8  0.0002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000125282  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5999  TadE family protein  42.86 
 
 
177 aa  45.4  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.835378  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6295  TadE family protein  42.86 
 
 
177 aa  45.4  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2654  TadE-like  35.42 
 
 
163 aa  44.3  0.0006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2271  hypothetical protein  36.21 
 
 
180 aa  44.3  0.0006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.58997  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2051  TadE family protein  35.48 
 
 
138 aa  43.9  0.0007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2635  TadE family protein  27.45 
 
 
148 aa  43.9  0.0007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.857387 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2705  TadE family protein  34.55 
 
 
154 aa  43.9  0.0008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1313  hypothetical protein  37.5 
 
 
722 aa  43.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3088  TadE family protein  36.21 
 
 
180 aa  43.5  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2404  TadE family protein  28.28 
 
 
138 aa  43.1  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0489166 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1525  hypothetical protein  25.81 
 
 
174 aa  42.7  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.815078 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2552  TadE-like  38.46 
 
 
163 aa  42.7  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.442336  normal  0.185486 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3970  TadE family protein  36.07 
 
 
134 aa  42  0.003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.043722  normal  0.677829 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0798  hypothetical protein  34.85 
 
 
156 aa  42  0.003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0542  TadE family protein  38.98 
 
 
157 aa  42  0.003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0422176  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2963  TadE family protein  38.64 
 
 
168 aa  41.6  0.003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5822  TadE family protein  39.62 
 
 
152 aa  42  0.003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.943338  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3787  TadE family protein  29.79 
 
 
130 aa  41.2  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.326508  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0644  TadE-like protein  35.42 
 
 
176 aa  41.6  0.004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.262205  normal  0.399069 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1164  TadE family protein  38.78 
 
 
135 aa  41.2  0.004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.167453  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1856  TadE family protein  39.22 
 
 
138 aa  41.2  0.005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0164908  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2917  TadE family protein  38.6 
 
 
136 aa  40.4  0.007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.354094  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5124  TadE family protein  41.82 
 
 
141 aa  40.4  0.007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0349202 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2800  putative transmembrane protein  37.93 
 
 
165 aa  40.4  0.008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.338207 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1037  TadE family protein  35.05 
 
 
128 aa  40.4  0.008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0222  TadE family protein  26.05 
 
 
124 aa  40  0.009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.535343  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>