168 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5979 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007509  Bcep18194_C6632  metallophosphoesterase  96.63 
 
 
416 aa  820    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000403777  normal  0.125865 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5855  metallophosphoesterase  95.67 
 
 
416 aa  813    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0663703  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5734  metallophosphoesterase  98.56 
 
 
416 aa  835    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.458134  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5979  metallophosphoesterase  100 
 
 
416 aa  847    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6221  metallophosphoesterase  95.67 
 
 
416 aa  813    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.799134  hitchhiker  0.00232711 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5337  metallophosphoesterase  91.83 
 
 
416 aa  786    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00542986 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6697  metallophosphoesterase  96.14 
 
 
416 aa  815    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000065461  normal  0.239788 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7589  metallophosphoesterase  61.39 
 
 
418 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.691136 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1563  metallophosphoesterase  55.61 
 
 
430 aa  446  1.0000000000000001e-124  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2340  metallophosphoesterase  46.41 
 
 
423 aa  353  2e-96  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00187911 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1052  metallophosphoesterase  45.37 
 
 
416 aa  333  3e-90  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1662  metallophosphoesterase  43.49 
 
 
429 aa  315  7e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.185631  normal  0.706151 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1460  metallophosphoesterase  42.92 
 
 
419 aa  312  4.999999999999999e-84  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0443  metallophosphoesterase  48.24 
 
 
411 aa  311  1e-83  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0726  metallophosphoesterase  44.24 
 
 
412 aa  295  1e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.252632  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1271  metallophosphoesterase  44.19 
 
 
411 aa  294  2e-78  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5506  metallophosphoesterase  39.38 
 
 
425 aa  292  9e-78  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.562012  hitchhiker  0.0000451519 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0161  metallophosphoesterase  40.24 
 
 
410 aa  289  7e-77  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.254064 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1093  putative exonuclease  43.56 
 
 
434 aa  289  8e-77  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.144475  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1148  metallophosphoesterase  43.54 
 
 
416 aa  286  4e-76  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.809261  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3015  metallophosphoesterase  43.62 
 
 
449 aa  286  7e-76  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.499435  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3627  metallophosphoesterase  41.86 
 
 
407 aa  281  1e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0630322  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4580  metallophosphoesterase  42.42 
 
 
429 aa  281  2e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1185  metallophosphoesterase  41.49 
 
 
408 aa  280  3e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1000  phosphoesterase YhaO-putative DNA repair exonuclease  42.68 
 
 
416 aa  280  4e-74  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0050  metallophosphoesterase  41.69 
 
 
416 aa  275  1.0000000000000001e-72  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2831  metallophosphoesterase  42.31 
 
 
408 aa  271  2e-71  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.470462  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3539  metallophosphoesterase  42.06 
 
 
404 aa  270  2.9999999999999997e-71  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.892373 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2438  metallophosphoesterase  42.35 
 
 
405 aa  268  2e-70  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1990  metallophosphoesterase  38.94 
 
 
425 aa  264  2e-69  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.217213  normal  0.336367 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2263  metallophosphoesterase  42.9 
 
 
412 aa  262  6e-69  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6381  metallophosphoesterase  38.32 
 
 
422 aa  228  2e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.446574 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0346  metallophosphoesterase  41.58 
 
 
418 aa  222  9.999999999999999e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.45133  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0878  metallophosphoesterase  37.13 
 
 
425 aa  214  1.9999999999999998e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3216  putative DNA repair exonuclease  35.66 
 
 
418 aa  210  3e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3955  metallophosphoesterase  38.22 
 
 
418 aa  209  6e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3493  metallophosphoesterase  37.07 
 
 
410 aa  203  5e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1109  DNA repair exonuclease family protein  34.55 
 
 
413 aa  187  2e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1178  DNA repair exonuclease family protein  34.18 
 
 
413 aa  187  3e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.955279  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0925  metallophosphoesterase  35.21 
 
 
413 aa  186  6e-46  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0918  DNA repair exonuclease  33.12 
 
 
432 aa  186  7e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0943  DNA repair exonuclease family protein  32.48 
 
 
432 aa  185  1.0000000000000001e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1008  DNA repair exonuclease family protein  32.48 
 
 
413 aa  185  1.0000000000000001e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1084  DNA repair exonuclease family protein  33.45 
 
 
413 aa  185  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.2742100000000004e-56 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4251  DNA repair exonuclease family protein  34.18 
 
 
413 aa  184  3e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000236755 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0794  metallophosphoesterase  32.21 
 
 
413 aa  184  3e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0931  DNA repair exonuclease  32.8 
 
 
432 aa  183  5.0000000000000004e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1050  DNA repair exonuclease family protein  32.48 
 
 
413 aa  182  1e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.782479  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0070  phosphoesterase  29.74 
 
 
422 aa  172  1e-41  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1260  metallophosphoesterase  30.37 
 
 
436 aa  169  1e-40  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00868935  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1267  metallophosphoesterase  35.02 
 
 
394 aa  161  2e-38  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.007502  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1380  DNA repair exonuclease family protein  35.04 
 
 
398 aa  153  5.9999999999999996e-36  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00026771  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0902  DNA repair exonuclease  32.34 
 
 
413 aa  152  1e-35  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.175576  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1897  metallophosphoesterase  33.2 
 
 
398 aa  152  1e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.883814  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1931  metallophosphoesterase  33.2 
 
 
398 aa  152  1e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3623  Ser/Thr protein phosphatase family protein  33.86 
 
 
465 aa  149  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1245  metallophosphoesterase  32.41 
 
 
436 aa  149  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2891  metallophosphoesterase  37.26 
 
 
448 aa  147  3e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27860  DNA repair exonuclease  31.93 
 
 
420 aa  147  4.0000000000000006e-34  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.369857  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1745  metallophosphoesterase  32.02 
 
 
420 aa  146  8.000000000000001e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0027  metallophosphoesterase  32 
 
 
428 aa  144  4e-33  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.747459  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06370  metallophosphoesterase  35.56 
 
 
464 aa  135  1.9999999999999998e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000356218  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0728  DNA repair exonuclease  34.23 
 
 
390 aa  134  3.9999999999999996e-30  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.040475  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2312  metallophosphoesterase  35.87 
 
 
513 aa  132  7.999999999999999e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1450  DNA repair exonuclease  26.09 
 
 
407 aa  132  1.0000000000000001e-29  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2127  serine/threonine protein phosphatase family protein  29.39 
 
 
379 aa  129  8.000000000000001e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2416  Ser/Thr protein phosphatase family protein  30.11 
 
 
379 aa  129  1.0000000000000001e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.690282  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0736  metallophosphoesterase  26.43 
 
 
435 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00547019  normal  0.203895 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2411  metallophosphoesterase  24.81 
 
 
381 aa  85.1  0.000000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1421  nuclease SbcCD, D subunit, putative  26.42 
 
 
376 aa  78.2  0.0000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1710  metallophosphoesterase  27.69 
 
 
423 aa  77.8  0.0000000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1223  metallophosphoesterase  27.51 
 
 
376 aa  76.6  0.0000000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000483275 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3236  metallophosphoesterase  29.35 
 
 
434 aa  75.5  0.000000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1060  DNA repair exonuclease  27.27 
 
 
370 aa  73.9  0.000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00537439  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1090  nuclease SbcCD, D subunit  25.33 
 
 
380 aa  71.2  0.00000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0828  metallophosphoesterase  26.75 
 
 
428 aa  69.7  0.00000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281797  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1475  nuclease SbcCD, D subunit  25.73 
 
 
442 aa  69.3  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0190739  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0031  metallophosphoesterase  25.7 
 
 
379 aa  66.6  0.0000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1789  metallophosphoesterase  28.74 
 
 
409 aa  65.9  0.000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0776  metallophosphoesterase  22.52 
 
 
337 aa  65.9  0.000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3282  metallophosphoesterase  25.08 
 
 
368 aa  62.4  0.00000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1255  metallophosphoesterase  25.09 
 
 
455 aa  62.8  0.00000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.232414 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0479  metallophosphoesterase  25 
 
 
374 aa  61.6  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1625  metallophosphoesterase  24.78 
 
 
392 aa  61.6  0.00000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.504107  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2085  nuclease SbcCD, D subunit  24.75 
 
 
428 aa  61.6  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2129  nuclease SbcCD, D subunit  24.75 
 
 
428 aa  61.2  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.64706 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0749  metallophosphoesterase  26.4 
 
 
397 aa  59.7  0.00000009  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1212  metallophosphoesterase  24.55 
 
 
415 aa  59.3  0.0000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0019  metallophosphoesterase  25.4 
 
 
438 aa  57.4  0.0000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.044517 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1573  metallophosphoesterase  25.1 
 
 
391 aa  57.4  0.0000005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.331746  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0628  nuclease SbcCD, D subunit  32.71 
 
 
385 aa  57  0.0000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.013566  normal  0.458746 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1689  metallophosphoesterase  24.9 
 
 
361 aa  57  0.0000007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2457  nuclease SbcCD, D subunit  24.16 
 
 
380 aa  55.8  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.529794  unclonable  0.00000337627 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2385  nuclease SbcCD, D subunit  25.3 
 
 
388 aa  55.8  0.000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000242417  hitchhiker  0.000411821 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0493  metallophosphoesterase  23.62 
 
 
382 aa  55.5  0.000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3342  DNA repair exonuclease-like protein  28 
 
 
442 aa  55.1  0.000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.952092  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3061  nuclease SbcCD, D subunit  23.47 
 
 
381 aa  55.5  0.000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.749747  normal  0.0113326 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1444  DNA repair exonuclease  23.16 
 
 
390 aa  55.1  0.000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.403487  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0273  nuclease SbcCD, D subunit  22.99 
 
 
412 aa  54.7  0.000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2903  nuclease SbcCD, D subunit  22 
 
 
427 aa  53.5  0.000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0109667 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>