24 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5873 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010557  BamMC406_5656  type IV prepilin  98.58 
 
 		 565 aa  1127    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0112418 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5873  type IV prepilin  100 
 
 		 565 aa  1139    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5917  type IV prepilin  55.23 
 
 		 534 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.136349  normal  0.0238074 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2250  putative type IV pilus protein  39.15 
 
 		 560 aa  293  7e-78  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2166  putative type IV pilus protein  39.15 
 
 		 560 aa  293  7e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0422322  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0649  type IV prepilin  38.97 
 
 		 560 aa  291  2e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.48711  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1986  type IV prepilin  38.9 
 
 		 575 aa  287  4e-76  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.610006  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0665  type IV prepilin  38.9 
 
 		 575 aa  287  4e-76  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.754488  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1603  type IV prepilin  38.9 
 
 		 575 aa  287  4e-76  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0116074  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0776  type IV prepilin  39.72 
 
 		 560 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5249  methylation  32.18 
 
 		 547 aa  100  5e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0506403  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5442  hypothetical protein  32.55 
 
 		 507 aa  96.7  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0103893  normal  0.133635 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_5024  hypothetical protein  30.85 
 
 		 412 aa  95.1  3e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.501103  normal  1 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5430  putative adhesin precursor  30.85 
 
 		 412 aa  94.7  4e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.178225  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5205  putative adhesin precursor  28.88 
 
 		 432 aa  81.3  0.00000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.685771  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1540  hypothetical protein  28.88 
 
 		 432 aa  81.3  0.00000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0216242  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1510  prepilin  32 
 
 		 468 aa  80.1  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59350  Type IV B pilus protein  33.6 
 
 		 442 aa  79  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00610666  hitchhiker  0.0000000000033381 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3727  shufflon protein  26.46 
 
 		 425 aa  77.4  0.0000000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4478  type IV pilus protein PilV  31.98 
 
 		 459 aa  73.6  0.000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0021  type IV pilus biogenesis protein PilV  31.17 
 
 		 428 aa  67.8  0.0000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0109  shufflon protein B'  26.08 
 
 		 448 aa  67.4  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0634  shufflon domain protein  23.11 
 
 		 532 aa  48.9  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.119731  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0001  shufflon protein, N-terminal constant region  22.4 
 
 		 418 aa  47.4  0.0007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>