More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5488 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008391  Bamb_5488  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 306 aa  607  1e-173  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.964929 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3634  LysR family transcriptional regulator  99.02 
 
 		 306 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3757  LysR family transcriptional regulator  92.48 
 
 		 306 aa  568  1e-161  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.196954  normal  0.103625 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3766  LysR family transcriptional regulator  92.48 
 
 		 306 aa  567  1e-161  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.368429  normal  0.290887 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4606  LysR family transcriptional regulator  92.48 
 
 		 306 aa  568  1e-161  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2342  LysR family transcriptional regulator  91.5 
 
 		 306 aa  560  1.0000000000000001e-159  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4973  LysR family transcriptional regulator  84.97 
 
 		 306 aa  530  1e-149  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3186  LysR family transcriptional regulator  39.14 
 
 		 349 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.651713  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3069  LysR family transcriptional regulator  39.14 
 
 		 349 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3128  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 349 aa  196  3e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.677462  normal  0.0859375 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6482  LysR family transcriptional regulator  39.14 
 
 		 349 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.833038 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3147  LysR family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 349 aa  195  9e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.315246 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3131  LysR family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 349 aa  195  9e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.154836  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2518  LysR family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 349 aa  195  9e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0124  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 351 aa  192  6e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2347  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 351 aa  192  8e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.890874  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0138  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 351 aa  192  8e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0342  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 351 aa  192  8e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2270  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 351 aa  192  8e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.520231  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0153  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 351 aa  192  8e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0145  transcriptional regulator  39.06 
 
 		 351 aa  192  8e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2811  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 351 aa  192  8e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3684  transcriptional regulator, LysR family  38.98 
 
 		 312 aa  189  4e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0031  LysR family transcriptional regulator  37.83 
 
 		 362 aa  188  1e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3361  transcriptional regulator, LysR family  38.64 
 
 		 312 aa  186  3e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.955701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0305  transcriptional regulator, LysR family  38.38 
 
 		 367 aa  186  5e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4420  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 367 aa  186  5e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0287989 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1971  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 355 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0397721 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0065  transcription regulator protein  37.97 
 
 		 312 aa  183  3e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2289  transcriptional regulator, LysR family  38.11 
 
 		 353 aa  183  3e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 299 aa  179  5.999999999999999e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2140  transcriptional regulator, LysR family  35.23 
 
 		 298 aa  178  1e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0723  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 328 aa  176  6e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.562943 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2428  LysR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 329 aa  175  8e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.886071  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0104  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 314 aa  172  5e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0706  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 328 aa  172  9e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5689  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 307 aa  170  2e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.104917 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4615  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 307 aa  170  2e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0591659 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0604  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 303 aa  171  2e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3753  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 307 aa  170  2e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3206  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 326 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  unclonable  0.000350263  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3919  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 327 aa  167  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2586  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 295 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4124  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 303 aa  166  5e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.774115  decreased coverage  0.0000191033 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2712  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 295 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1403  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 326 aa  165  8e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.000000041163  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1914  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 326 aa  165  9e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00000121317  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2049  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 326 aa  165  9e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.0000000535454  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3220  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 326 aa  165  9e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000114793  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3167  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 326 aa  165  9e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.000000000529291  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0864  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 326 aa  165  9e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000134216  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2557  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 327 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.221386  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0826  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 327 aa  162  6e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.325124  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0343  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 327 aa  162  6e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2690  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 295 aa  162  6e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1192  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 316 aa  162  7e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000735562  normal  0.361439 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2661  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 295 aa  162  9e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.583907  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1227  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 312 aa  162  9e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.207252 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2050  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 295 aa  162  9e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  33.33 
 
 		 300 aa  160  2e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3968  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 303 aa  161  2e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3439  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 303 aa  160  3e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0327434  normal  0.240925 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0695  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 303 aa  160  3e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000273507  normal  0.730196 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3327  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 303 aa  160  3e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.114009  normal  0.9019 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3219  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 303 aa  160  4e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00312841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 299 aa  159  4e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 305 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 305 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 294 aa  157  3e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0796  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 325 aa  156  3e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 294 aa  156  4e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  35.52 
 
 		 293 aa  156  4e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 305 aa  155  9e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0839  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 303 aa  155  1e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  37.69 
 
 		 294 aa  155  1e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0579  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.264482  normal  0.0538028 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3156  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000483738  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5604  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0269  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 337 aa  152  8.999999999999999e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4475  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 301 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5821  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 305 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.166944  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3230  regulatory protein, LysR  34.02 
 
 		 298 aa  151  1e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.796191 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 304 aa  150  2e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 300 aa  150  2e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0814  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 303 aa  150  2e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000116496  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3521  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 303 aa  150  2e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00124324  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0846  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 303 aa  150  2e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.579018  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1015  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 311 aa  150  2e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.688296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2375  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 301 aa  150  3e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00507322  normal  0.595951 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2963  LysR, substrate-binding  30.1 
 
 		 303 aa  150  3e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0839  transcriptional regulator, LysR family  30.34 
 
 		 303 aa  150  3e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.771385  hitchhiker  0.0000128794 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4311  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 303 aa  149  4e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 296 aa  149  4e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3338  transcriptional regulator, LysR family  35.62 
 
 		 301 aa  150  4e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4278  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 312 aa  149  4e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.105517 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0980  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 304 aa  149  7e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.926396 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 303 aa  149  8e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2690  putative transcriptional regulator  35.52 
 
 		 301 aa  149  8e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  34.45 
 
 		 300 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>