More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5219 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008543  Bcen2424_3435  porin  89.5 
 
 
362 aa  672    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6067  porin  90.33 
 
 
362 aa  669    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0168259  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5219  porin  100 
 
 
362 aa  731    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.10924  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2734  outer membrane protein (porin)  87.29 
 
 
362 aa  659    Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00626959  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4082  porin  90.06 
 
 
362 aa  659    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0820071  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3381  porin  98.34 
 
 
362 aa  720    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.573075  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5135  outer membrane protein (porin)  63.71 
 
 
363 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.007051  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4499  outer membrane protein (porin)  63.71 
 
 
363 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5724  outer membrane protein (porin)  63.71 
 
 
363 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3140  outer membrane protein (porin)  64.89 
 
 
363 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.448151  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4999  outer membrane protein (porin)  64.04 
 
 
363 aa  464  1e-129  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.362759  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3150  outer membrane protein (porin)  64.24 
 
 
363 aa  455  1e-127  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343468  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0049  putative porin  51.16 
 
 
366 aa  315  6e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.30645  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2671  outer membrane porin, putative  50.87 
 
 
366 aa  315  8e-85  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0261  outer membrane porin precursor  50.87 
 
 
366 aa  315  8e-85  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1844  putative outer membrane porin  50.87 
 
 
366 aa  315  8e-85  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3283  putative outer membrane porin  50.87 
 
 
366 aa  315  8e-85  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2708  putative outer membrane porin  50.87 
 
 
366 aa  315  8e-85  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.959736  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0049  putative porin  50.87 
 
 
366 aa  315  8e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0043  outer membrane porin OpcP  50.29 
 
 
366 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4373  outer membrane protein (porin)-like  40.45 
 
 
351 aa  237  3e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0705727  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5007  porin  38.28 
 
 
379 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.167994  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4482  porin  38.28 
 
 
379 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.46976  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3288  porin  36.46 
 
 
380 aa  186  7e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5215  porin  37.28 
 
 
379 aa  186  8e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.778318 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5955  porin Gram-negative type  38.13 
 
 
384 aa  185  8e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.144043  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5070  porin  37.28 
 
 
379 aa  186  8e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.58235  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3298  porin  37.28 
 
 
379 aa  186  8e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.406065  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0589  outer membrane protein (porin)  37.5 
 
 
379 aa  183  3e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3572  porin  38.02 
 
 
379 aa  184  3e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.52228  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0225  outer membrane protein (porin)  36.29 
 
 
383 aa  181  1e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.436147  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5077  porin Gram-negative type  36.71 
 
 
382 aa  181  2e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0332495  hitchhiker  0.00543855 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4768  porin  36.71 
 
 
384 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1571  OmpC family outer membrane porin  36.71 
 
 
382 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.319374  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0486  putative outer membrane porin  35.44 
 
 
380 aa  177  4e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0844  outer membrane porin  35.44 
 
 
383 aa  177  4e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.109957  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2123  outer membrane porin  35.44 
 
 
380 aa  177  4e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0695  putative outer membrane porin  35.44 
 
 
383 aa  177  4e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.336216  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0991  putative outer membrane porin  35.44 
 
 
383 aa  177  4e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1963  putative outer membrane porin  35.44 
 
 
383 aa  177  4e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0756  outer membrane porin  35.44 
 
 
383 aa  177  4e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0256487  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6482  porin  35.94 
 
 
382 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0226396  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6717  porin  35.94 
 
 
382 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.653963  normal  0.435902 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1853  outer membrane porin OpcP  35.44 
 
 
481 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0277472  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0674  porin  35.68 
 
 
381 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.161927  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5311  porin  35.77 
 
 
386 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2803  outer membrane protein (porin)  37.19 
 
 
387 aa  171  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0760601  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0812  OmpC family outer membrane porin  34.57 
 
 
388 aa  171  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.366822 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3723  porin  34.91 
 
 
375 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0948757 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4640  porin  34.91 
 
 
375 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6299  porin Gram-negative type  36.39 
 
 
369 aa  168  1e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5769  putative outer membrane porin protein  32.31 
 
 
396 aa  168  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3080  porin Gram-negative type  34.15 
 
 
381 aa  168  1e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3798  porin  34.66 
 
 
375 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0973702 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2385  outer membrane protein (porin)  34.51 
 
 
375 aa  167  4e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2192  OmpC family outer membrane porin  36.52 
 
 
387 aa  167  4e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.711966 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1471  OmpC family outer membrane porin  35.45 
 
 
371 aa  166  5e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.620688  normal  0.0669938 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3342  porin  34.32 
 
 
386 aa  165  9e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00592431 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2189  outer membrane porin  35.37 
 
 
366 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4283  porin  36.25 
 
 
380 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0748908  normal  0.344647 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2478  outer membrane protein (porin)  35.19 
 
 
385 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.917959 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2048  outer membrane porin  35.37 
 
 
366 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.569362  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1679  outer membrane protein (porin)  36.43 
 
 
380 aa  164  3e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.537554  normal  0.868597 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0910  OmpC family outer membrane porin  34.15 
 
 
381 aa  163  6e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0510287  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0477  porin  35.09 
 
 
385 aa  162  1e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0452  porin  35.09 
 
 
385 aa  162  1e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.14543  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4271  porin  34.63 
 
 
370 aa  161  2e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4291  porin Gram-negative type  33.99 
 
 
383 aa  161  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.407078  normal  0.139177 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0620  OmpC family outer membrane porin  34.73 
 
 
383 aa  161  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0145861 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1157  porin  33.51 
 
 
379 aa  160  3e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4842  porin  36.03 
 
 
385 aa  160  4e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5427  porin  36.03 
 
 
385 aa  160  4e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.914056  normal  0.467276 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5435  porin  36.03 
 
 
385 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00368116  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0730  OmpC family outer membrane porin  35.52 
 
 
369 aa  159  6e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0127031  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1643  outer membrane porin OpcP  35.82 
 
 
384 aa  159  6e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.262884  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3742  porin  35.42 
 
 
380 aa  158  1e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.40751  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0072  porin Gram-negative type  36.04 
 
 
385 aa  158  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4216  porin  35.42 
 
 
380 aa  157  3e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.951814  normal  0.390513 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4327  porin  35.42 
 
 
380 aa  157  4e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.872591 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3019  outer membrane protein (porin)  34.77 
 
 
366 aa  156  6e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.38657 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3194  porin  34.43 
 
 
380 aa  156  6e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.809666  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0599  putative outer membrane porin  35.32 
 
 
384 aa  155  7e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2331  outer membrane porin OpcP  35.32 
 
 
384 aa  155  7e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1836  putative outer membrane porin  35.32 
 
 
384 aa  155  7e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0345511  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1029  outer membrane porin  35.32 
 
 
384 aa  155  7e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0869  putative outer membrane porin  35.32 
 
 
384 aa  155  7e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1592  outer membrane porin OpcP  34.99 
 
 
379 aa  155  1e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000753079  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0388  OmpC family outer membrane porin  35.01 
 
 
384 aa  155  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.62464  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0370  outer membrane porin  35.4 
 
 
382 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1801  putative porin-related protein  35.4 
 
 
424 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4230  porin  35.03 
 
 
357 aa  154  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4631  porin Gram-negative type  34.27 
 
 
366 aa  154  2e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0562233  normal  0.0152866 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0466  outer membrane porin  35.4 
 
 
382 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.965464  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2135  porin  35.14 
 
 
422 aa  154  2e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.262884  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2827  outer membrane porin OpcP  35.42 
 
 
375 aa  154  2e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2847  porin  33.75 
 
 
389 aa  154  2e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4499  porin Gram-negative type  34.27 
 
 
366 aa  154  2e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0190258  normal  0.402207 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4111  outer membrane protein, (porin)  34.72 
 
 
381 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000510275  normal  0.307303 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3880  porin  34 
 
 
384 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00909398  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4039  porin  35.42 
 
 
379 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0993774  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>