More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5066 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008391  Bamb_5066  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 		 340 aa  661    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5067  MerR family transcriptional regulator  77.88 
 
 		 351 aa  491  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.424066  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5793  MerR family transcriptional regulator  77.88 
 
 		 351 aa  491  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.998817  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4386  MerR family transcriptional regulator  77.06 
 
 		 340 aa  486  1e-136  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3072  MerR family transcriptional regulator  75.29 
 
 		 341 aa  476  1e-133  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4804  MerR family transcriptional regulator  55.13 
 
 		 341 aa  348  8e-95  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5640  transcriptional regulator, MerR family  60.9 
 
 		 334 aa  343  2e-93  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2364  MerR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 188 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0143687  normal  0.157085 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1823  transcriptional regulator, MerR family  35 
 
 		 183 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.8156  normal  0.10618 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0420  MerR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 258 aa  64.7  0.000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0339  MerR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 253 aa  65.1  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.841288 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2249  MerR family transcriptional regulator  39.84 
 
 		 166 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.391648  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1768  MerR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 166 aa  63.2  0.000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3609  transcriptional regulator, MerR family  38.38 
 
 		 288 aa  63.2  0.000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.279155  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5131  MerR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 166 aa  62.8  0.000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.533425  normal  0.589756 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1741  MerR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 166 aa  62.8  0.000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0950545  normal  0.107699 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1854  MerR family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 166 aa  62.8  0.000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.674161  normal  0.0887351 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6249  MerR family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 166 aa  62.8  0.000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.256623  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1830  MerR family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 166 aa  62.8  0.000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00524998  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1366  MerR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 166 aa  62  0.00000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0373128  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2377  MerR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 166 aa  62  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1856  MerR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 166 aa  62  0.00000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.424581  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0041  MerR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 166 aa  62  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.21109  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1127  MerR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 166 aa  62  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0247655  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2211  MerR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 166 aa  62  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.132223  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2603  transcriptional regulator, MerR family  39.22 
 
 		 274 aa  61.6  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.241665  normal  0.676341 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2216  MerR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 166 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.741024  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0409  TipAS antibiotic-recognition domain protein  45.21 
 
 		 259 aa  61.6  0.00000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1443  MerR family transcriptional regulator  48.57 
 
 		 179 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.278253  normal  0.0519631 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3793  transcriptional regulator, MerR family  32.79 
 
 		 139 aa  60.5  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2836  transcriptional regulator, MerR family  36.3 
 
 		 135 aa  60.1  0.00000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.906455  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2024  mercuric resistance operon regulatory protein MerR  30.83 
 
 		 130 aa  60.1  0.00000006  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2075  MerR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 304 aa  59.7  0.00000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.491392 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1255  mercuric resistance operon regulatory protein MerR  30 
 
 		 130 aa  59.3  0.00000009  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1458  MerR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 161 aa  58.9  0.0000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0168574  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6337  MerR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 342 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1534  MerR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 182 aa  58.9  0.0000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1755  MerR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 342 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.581641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1742  MerR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 342 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0148  MerR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 257 aa  58.5  0.0000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.290112  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5312  transcriptional regulator, MerR family  48.33 
 
 		 117 aa  58.2  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3844  transcriptional regulator, MerR family  32.79 
 
 		 139 aa  58.5  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.603426 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1357  MerR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 342 aa  57.8  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.744828  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1008  MerR family transcriptional regulator  24.06 
 
 		 253 aa  57.4  0.0000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2847  transcriptional regulator, MerR family  33.93 
 
 		 169 aa  57.4  0.0000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.444422  hitchhiker  0.0000160217 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1919  MerR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 268 aa  57.8  0.0000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0931546  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2462  TipAS antibiotic-recognition domain-containing protein  29.63 
 
 		 246 aa  57  0.0000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1504  MerR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 166 aa  57  0.0000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3408  zinc-responsive transcriptional regulator  41.94 
 
 		 171 aa  57  0.0000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3432  TipAS antibiotic-recognition domain protein  40 
 
 		 262 aa  57.4  0.0000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.712968  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2414  MerR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 246 aa  57  0.0000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06140  predicted transcriptional regulator  46.91 
 
 		 129 aa  56.6  0.0000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3105  transcriptional regulator, MerR family  30.53 
 
 		 255 aa  57  0.0000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0154295  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3285  transcriptional regulator, MerR family  31.79 
 
 		 272 aa  57  0.0000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.235229  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1614  transcriptional regulator, MerR family  45.35 
 
 		 295 aa  57  0.0000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.256957  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0073  hypothetical protein  38.46 
 
 		 314 aa  56.6  0.0000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.0572864  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0255  transcriptional regulator, MerR family  37.25 
 
 		 251 aa  56.6  0.0000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4234  regulatory protein, MerR  46.97 
 
 		 96 aa  56.2  0.0000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.231152  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24960  predicted transcriptional regulator  46.05 
 
 		 270 aa  56.2  0.0000007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1413  hypothetical protein  40 
 
 		 315 aa  56.2  0.0000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2357  MerR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 136 aa  56.2  0.0000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.120567 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3411  zinc-responsive transcriptional regulator  29.41 
 
 		 158 aa  56.2  0.0000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0297  zinc-responsive transcriptional regulator  29.41 
 
 		 159 aa  56.2  0.0000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25610  predicted transcriptional regulator  49.18 
 
 		 129 aa  55.8  0.000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3400  zinc-responsive transcriptional regulator  34.74 
 
 		 156 aa  55.5  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3133  MerR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 139 aa  55.5  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.845727  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2151  transcriptional regulator, MerR family  37.86 
 
 		 253 aa  55.5  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.447172 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1617  putative transcriptional regulator, MerR family  35.96 
 
 		 252 aa  55.5  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.870774 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0443  zinc-responsive transcriptional regulator  34.74 
 
 		 163 aa  54.7  0.000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1517  MerR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 342 aa  55.5  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.242009 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3209  MerR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 138 aa  54.7  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3016  MerR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 277 aa  55.1  0.000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0684201  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1498  MerR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 163 aa  55.1  0.000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0464  transcriptional regulator, MerR family  40 
 
 		 254 aa  54.7  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2165  MerR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 343 aa  54.7  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.123028  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4947  regulatory protein, MerR  48.57 
 
 		 129 aa  54.7  0.000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.459947  decreased coverage  0.00286067 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2640  transcriptional regulator, MerR family  31.43 
 
 		 283 aa  55.1  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2028  transcriptional regulator, MerR family  44.44 
 
 		 283 aa  55.1  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000014266  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2464  transcriptional regulator, MerR family  42.65 
 
 		 137 aa  54.7  0.000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2797  MerR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 255 aa  53.9  0.000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4910  putative transcriptional regulator, MerR family  50 
 
 		 334 aa  54.7  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.48977  normal  1 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0129  hypothetical protein  36.11 
 
 		 347 aa  54.3  0.000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.257512  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2352  MerR family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 152 aa  54.3  0.000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5038  MerR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 342 aa  54.3  0.000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.99192 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3726  MerR family transcriptional regulator  45.56 
 
 		 140 aa  53.9  0.000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2588  MerR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 129 aa  54.3  0.000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0158199 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2655  MerR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 129 aa  54.3  0.000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0052  transcriptional regulator, MerR family  39.53 
 
 		 157 aa  54.7  0.000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0442  zinc-responsive transcriptional regulator  33.68 
 
 		 157 aa  54.3  0.000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0264  MerR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 250 aa  53.9  0.000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3662  transcriptional regulator, MerR family  45.45 
 
 		 150 aa  53.9  0.000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.293998  normal  0.202254 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0868  transcriptional regulator, MerR family  37.14 
 
 		 254 aa  53.9  0.000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.915054 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00208  zinc-responsive transcriptional regulator  29.41 
 
 		 132 aa  53.5  0.000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02024  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  29.81 
 
 		 138 aa  53.9  0.000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.675487  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2202  MerR family transcriptional regulator  40 
 
 		 158 aa  53.9  0.000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3712  MerR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 251 aa  53.9  0.000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4791  MerR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 241 aa  53.9  0.000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3186  transcriptional regulator, MerR family  28.21 
 
 		 327 aa  53.9  0.000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5050  putative transcriptional regulator, MerR family  39.81 
 
 		 131 aa  53.9  0.000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.999579  normal  0.135086 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1407  MerR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 133 aa  53.9  0.000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>