89 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5049 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008391  Bamb_5049  blue (type1) copper domain-containing protein  100 
 
 
104 aa  214  4e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3194  blue (type1) copper domain-containing protein  88.46 
 
 
104 aa  165  2e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1499  hypothetical protein  62.86 
 
 
124 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0060  hypothetical protein  62.86 
 
 
116 aa  115  3e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0072  hypothetical protein  62.86 
 
 
116 aa  115  3e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1216  hypothetical protein  62.86 
 
 
116 aa  115  3e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0071  plastocyanin/azurin family copper binding protein  70.24 
 
 
99 aa  114  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0088  plastocyanin/azurin family copper binding protein  70.24 
 
 
100 aa  114  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1566  plastocyanin/azurin family copper binding protein  69.05 
 
 
124 aa  114  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6257  blue (type1) copper domain-containing protein  51.49 
 
 
123 aa  102  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.417235 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4700  blue (type1) copper domain-containing protein  48.72 
 
 
85 aa  80.5  0.000000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2134  blue (type1) copper domain-containing protein  47.5 
 
 
117 aa  76.6  0.0000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0741476  normal  0.352825 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3576  blue (type 1) copper domain protein  41.98 
 
 
156 aa  65.5  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.384715  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1678  blue (type1) copper domain-containing protein  32.95 
 
 
336 aa  63.9  0.0000000006  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3984  blue (type 1) copper domain protein  41.25 
 
 
139 aa  63.9  0.0000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0137128  normal  0.368193 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0239  blue (type1) copper domain-containing protein  36.05 
 
 
97 aa  63.5  0.0000000009  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3272  blue (type1) copper domain-containing protein  34.04 
 
 
116 aa  63.5  0.0000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.639699  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1788  plastocyanin-like protein  35.35 
 
 
264 aa  62.8  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.341565  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0391  blue (type 1) copper domain protein  31.37 
 
 
114 aa  62.8  0.000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.991228 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3424  hypothetical protein  41.25 
 
 
113 aa  62.4  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.185141  normal  0.167679 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2978  putative copper binding protein  34.15 
 
 
110 aa  62.4  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.359008  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2525  blue (type 1) copper domain protein  35.8 
 
 
179 aa  61.2  0.000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.197814  normal  0.378736 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4880  putative amicyanin protein  32.67 
 
 
106 aa  60.5  0.000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.266193  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7490  Amicyanin precursor protein  41.46 
 
 
104 aa  60.5  0.000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.41774  normal  0.342359 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2673  blue (type1) copper domain-containing protein  32.47 
 
 
109 aa  59.7  0.00000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0284633  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1354  multicopper oxidase type 3  40 
 
 
444 aa  60.1  0.00000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.111259 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0817  blue (type1) copper domain-containing protein  39.24 
 
 
97 aa  60.1  0.00000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.737466  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3197  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  31.87 
 
 
749 aa  58.9  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0061261  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3177  blue (type 1) copper domain protein  35 
 
 
124 aa  59.3  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0215  putative amicyanin precursor protein  34.95 
 
 
113 aa  58.2  0.00000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5523  blue (type1) copper domain-containing protein  37.18 
 
 
112 aa  57  0.00000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.736304 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4690  plastocyanin like protein  36.62 
 
 
72 aa  57  0.00000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.571062  normal  0.112783 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0146  blue (type 1) copper domain protein  33.33 
 
 
119 aa  56.2  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4791  putative amicyanin protein  34.12 
 
 
108 aa  56.6  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0921378 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6437  hypothetical protein  32.35 
 
 
107 aa  56.2  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1226  blue (type1) copper domain-containing protein  32.91 
 
 
358 aa  55.8  0.0000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4760  blue (type1) copper domain-containing protein  35.9 
 
 
112 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.205378 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3976  blue (type 1) copper domain protein  41.25 
 
 
149 aa  56.2  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.262484  normal  0.466824 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4608  blue (type1) copper domain-containing protein  35.9 
 
 
113 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.811834 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3607  blue (type1) copper domain-containing protein  35.9 
 
 
112 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.400265  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4142  blue (type1) copper domain-containing protein  35.9 
 
 
113 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.470905 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1439  hypothetical protein  34.44 
 
 
103 aa  54.7  0.0000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4195  blue (type1) copper domain-containing protein  33.33 
 
 
105 aa  54.3  0.0000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0422303  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0247  blue (type 1) copper domain protein  33.33 
 
 
157 aa  54.3  0.0000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5325  blue (type 1) copper domain protein  32.14 
 
 
114 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.261789  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0975  blue (type1) copper domain-containing protein  33.33 
 
 
120 aa  53.5  0.0000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2298  beta-Ig-H3/fasciclin  35.44 
 
 
301 aa  53.1  0.000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0968  plastocyanin  34.62 
 
 
110 aa  53.5  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.330808  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1443  blue (type1) copper domain-containing protein  32.89 
 
 
152 aa  53.1  0.000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2780  blue (type 1) copper domain protein  32.1 
 
 
112 aa  53.1  0.000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.235268  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3095  blue (type1) copper domain-containing protein  31.63 
 
 
192 aa  52.8  0.000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0784  blue (type 1) copper domain protein  32.1 
 
 
136 aa  51.6  0.000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.46005  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1272  hypothetical protein  32.05 
 
 
114 aa  52  0.000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.22418  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2615  blue (type 1) copper domain protein  28.57 
 
 
109 aa  51.2  0.000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.338185  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0815  blue (type1) copper domain-containing protein  32.43 
 
 
539 aa  50.8  0.000007  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.263519 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3670  blue (type1) copper domain-containing protein  33.33 
 
 
112 aa  50.1  0.00001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2424  blue (type1) copper domain-containing protein  28.89 
 
 
150 aa  49.7  0.00001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3897  blue (type1) copper domain-containing protein  34.62 
 
 
113 aa  50.1  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.591713  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2773  hypothetical protein  31.68 
 
 
123 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.326615  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2695  hypothetical protein  33.72 
 
 
107 aa  48.9  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.945566  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1102  blue (type1) copper domain-containing protein  33.33 
 
 
318 aa  49.3  0.00002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0561  amicyanin  28.42 
 
 
119 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0185  blue (type1) copper domain-containing protein  32 
 
 
315 aa  48.5  0.00003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.312922 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0323  blue (type1) copper domain-containing protein  29.63 
 
 
123 aa  47.8  0.00005  Methanococcus vannielii SB  Archaea  decreased coverage  0.00521297  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06071  plastocyanin  33.33 
 
 
116 aa  47.4  0.00006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1286  copper binding protein, plastocyanin  34.57 
 
 
192 aa  47  0.00009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.232717  normal  0.839304 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2896  hypothetical protein  32.56 
 
 
125 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.328337 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4559  plastocyanin  27.64 
 
 
127 aa  47  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3000  hypothetical protein  29.7 
 
 
123 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0511761 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7509  putative blue (type 1) copper protein  31.68 
 
 
107 aa  46.2  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.344279  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1637  blue (type1) copper domain-containing protein  31.65 
 
 
623 aa  46.2  0.0002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0581  plastocyanin  32.41 
 
 
116 aa  44.7  0.0004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18341  plastocyanin  30 
 
 
119 aa  44.7  0.0005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.259314 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06371  plastocyanin  32.41 
 
 
116 aa  43.9  0.0007  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4790  blue (type1) copper domain-containing protein  29.49 
 
 
116 aa  43.9  0.0008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.339634  normal  0.129438 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06461  plastocyanin  33.33 
 
 
116 aa  43.9  0.0008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.937671  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1250  protease inhibitor Kazal-type  29.87 
 
 
239 aa  43.1  0.001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0599  plastocyanin/azurin family copper binding protein  30.86 
 
 
111 aa  43.5  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0925  blue (type1) copper domain-containing protein  33.33 
 
 
121 aa  42.7  0.002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  hitchhiker  0.000000269051 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1273  blue (type1) copper domain-containing protein  28 
 
 
287 aa  42.7  0.002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.367942 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4004  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  29.49 
 
 
417 aa  42  0.003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.540358  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0918  hypothetical protein  31.71 
 
 
280 aa  41.6  0.003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1650  hypothetical protein  29.73 
 
 
270 aa  42  0.003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1921  blue (type1) copper domain-containing protein  28.75 
 
 
126 aa  42  0.003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1652  blue (type 1) copper domain protein  32.58 
 
 
486 aa  42  0.003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.00373533  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1129  hypothetical protein  28.71 
 
 
454 aa  41.6  0.003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.32866 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3140  hypothetical protein  29.13 
 
 
458 aa  40.8  0.006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.182787 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3225  cell surface lipoprotein  27.71 
 
 
218 aa  40.8  0.007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00779237  normal  0.0523754 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2377  blue (type1) copper domain-containing protein  23.81 
 
 
109 aa  40  0.01  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0230542  normal  0.405359 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>