More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4919 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_5474  L-arabinose transporter permease protein  100 
 
 		 335 aa  647    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0452809 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4919  L-arabinose transporter permease protein  100 
 
 		 339 aa  655    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.259607  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3208  L-arabinose transporter permease protein  96.17 
 
 		 339 aa  631  1e-180  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0500809 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5220  L-arabinose transporter permease protein  95.6 
 
 		 341 aa  621  1e-177  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5639  L-arabinose transporter permease protein  95.6 
 
 		 341 aa  621  1e-177  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.356357  normal  0.0453459 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4590  L-arabinose transporter permease protein  95.25 
 
 		 337 aa  611  9.999999999999999e-175  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00280966 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0047  L-arabinose transporter permease protein  96.46 
 
 		 339 aa  593  1e-168  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.149615  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1626  L-arabinose transporter permease protein  89.97 
 
 		 339 aa  566  1e-160  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3962  L-arabinose transporter permease protein  85.54 
 
 		 334 aa  548  1e-155  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4219  L-arabinose transporter permease protein  90.26 
 
 		 338 aa  541  1e-153  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.645331 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2600  L-arabinose transporter permease protein  85.45 
 
 		 336 aa  498  1e-140  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.860073  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3010  L-arabinose transporter permease protein  85.45 
 
 		 336 aa  486  1e-136  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1021  L-arabinose transporter permease protein  64.24 
 
 		 333 aa  384  1e-105  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2613  L-arabinose transporter permease protein  49.55 
 
 		 338 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.727228  normal  0.716925 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2756  L-arabinose transporter permease protein  53.25 
 
 		 335 aa  320  3e-86  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.394625  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2585  L-arabinose transporter permease protein  51.64 
 
 		 335 aa  319  3e-86  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2995  L-arabinose transporter permease protein  51.64 
 
 		 335 aa  319  5e-86  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.397713  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3775  L-arabinose transporter permease protein  56.04 
 
 		 315 aa  313  2.9999999999999996e-84  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.629082 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3763  L-arabinose transporter permease protein  55.15 
 
 		 316 aa  312  5.999999999999999e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.139254  normal  0.990186 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2247  L-arabinose transporter permease protein  51.77 
 
 		 327 aa  312  6.999999999999999e-84  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000358536 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1997  L-arabinose transporter permease protein  51.1 
 
 		 349 aa  311  9e-84  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.254059  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1883  L-arabinose transporter permease protein  51.1 
 
 		 349 aa  311  9e-84  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2263  L-arabinose transporter permease protein  50.78 
 
 		 349 aa  311  1e-83  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2031  L-arabinose transporter permease protein  50.77 
 
 		 328 aa  308  8e-83  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.192716  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2331  L-arabinose transporter permease protein  50.77 
 
 		 328 aa  308  9e-83  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.266483  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0548  L-arabinose transporter permease protein  49.85 
 
 		 338 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0318738  normal  0.477108 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0548  L-arabinose transporter permease protein  51.38 
 
 		 338 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0287231  normal  0.64831 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0524  L-arabinose transporter permease protein  51.38 
 
 		 338 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.299001  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2762  L-arabinose transporter permease protein  51.69 
 
 		 338 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.84256  normal  0.399817 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3409  L-arabinose transporter permease protein  49.85 
 
 		 338 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0925142  normal  0.0828764 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3705  L-arabinose transporter permease protein  51.38 
 
 		 338 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.256894  normal  0.416608 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2474  L-arabinose transporter permease protein  50.92 
 
 		 326 aa  304  1.0000000000000001e-81  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.552924  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0140  L-arabinose transporter permease protein  51.69 
 
 		 338 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.907828  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0623  L-arabinose transporter permease protein  51.69 
 
 		 338 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000899793  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0591  L-arabinose transporter permease protein  51.38 
 
 		 338 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.257552  normal  0.0412649 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1910  L-arabinose transporter permease protein  49.55 
 
 		 328 aa  301  8.000000000000001e-81  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1287  L-arabinose transporter permease protein  50.3 
 
 		 328 aa  301  8.000000000000001e-81  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00785622  hitchhiker  0.000000602764 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2130  L-arabinose transporter permease protein  50.3 
 
 		 328 aa  301  8.000000000000001e-81  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000455443  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1023  L-arabinose transporter permease protein  50.3 
 
 		 328 aa  301  8.000000000000001e-81  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2635  L-arabinose transporter permease protein  50.3 
 
 		 328 aa  301  1e-80  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.348948  hitchhiker  0.00000000000485021 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3475  L-arabinose transporter permease protein  55.81 
 
 		 316 aa  301  1e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01867  fused L-arabinose transporter subunits of ABC superfamily: membrane components  50.3 
 
 		 329 aa  300  2e-80  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1744  Monosaccharide-transporting ATPase  50.3 
 
 		 328 aa  300  2e-80  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.629454  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1736  L-arabinose transporter permease protein  50.3 
 
 		 328 aa  300  2e-80  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.612736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1995  L-arabinose transporter permease protein  50.3 
 
 		 328 aa  300  2e-80  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00340389  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01856  hypothetical protein  50.3 
 
 		 329 aa  300  2e-80  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3446  L-arabinose transporter permease protein  50.15 
 
 		 334 aa  299  4e-80  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3602  L-arabinose transporter permease protein  56.81 
 
 		 317 aa  298  7e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1181  L-arabinose transporter permease protein  51.05 
 
 		 334 aa  293  2e-78  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2484  L-arabinose transporter permease protein  50.45 
 
 		 334 aa  293  3e-78  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.532923  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3482  L-arabinose transporter permease protein  50.45 
 
 		 334 aa  293  3e-78  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.456756  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2147  L-arabinose transporter permease protein  50.61 
 
 		 328 aa  293  3e-78  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0404  L-arabinose transporter permease protein  50.45 
 
 		 334 aa  293  3e-78  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.15645  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1264  L-arabinose transporter permease protein  50.45 
 
 		 334 aa  293  3e-78  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3484  L-arabinose transporter permease protein  50.45 
 
 		 334 aa  293  3e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3301  L-arabinose transporter permease protein  50.45 
 
 		 334 aa  293  3e-78  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2373  L-arabinose transporter permease protein  51.56 
 
 		 329 aa  280  2e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00546665  normal  0.130195 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2640  L-arabinose ABC transporter, permease protein  50.87 
 
 		 329 aa  277  2e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0418311  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4139  L-arabinose transporter permease protein  50.17 
 
 		 322 aa  264  2e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.494868  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3417  inner-membrane translocator  40.13 
 
 		 316 aa  206  6e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254798  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3539  inner-membrane translocator  37.87 
 
 		 315 aa  197  3e-49  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00149019  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22690  Monosaccharide-transporting ATPase  39.58 
 
 		 322 aa  197  3e-49  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00548912  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3181  monosaccharide-transporting ATPase  39.87 
 
 		 348 aa  196  4.0000000000000005e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0793432 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1057  L-arabinose transport system permease protein AraH  85.95 
 
 		 125 aa  192  5e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.566506  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4849  inner-membrane translocator  38.08 
 
 		 325 aa  191  1e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.361402  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0846  putative arabinose ABC transporter, permease protein  86.55 
 
 		 125 aa  191  2e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4767  monosaccharide-transporting ATPase  36.92 
 
 		 320 aa  190  2.9999999999999997e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.424997 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1142  L-arabinose transport system permease protein AraH  85.95 
 
 		 125 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0290  monosaccharide-transporting ATPase  38.33 
 
 		 331 aa  190  4e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0563  monosaccharide-transporting ATPase  38.3 
 
 		 311 aa  187  3e-46  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000352632  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0582  monosaccharide-transporting ATPase  37.94 
 
 		 311 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0635  ribose ABC transporter permease  37.59 
 
 		 311 aa  183  3e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0668  ribose ABC transporter permease  37.59 
 
 		 311 aa  183  3e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0579  ribose ABC transporter, permease  37.94 
 
 		 311 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0361  carbohydrate ABC transporter permease  34.49 
 
 		 310 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0736  ribose ABC transporter, permease protein  37.59 
 
 		 311 aa  182  7e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0578  ribose ABC transporter, permease  37.59 
 
 		 311 aa  182  7e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0535816  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1792  sugar ABC transporter, permease protein  34.76 
 
 		 835 aa  182  7e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0797  ribose ABC transporter, permease protein  37.59 
 
 		 311 aa  182  7e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000530424  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0700  ribose ABC transporter, permease protein  37.59 
 
 		 311 aa  182  8.000000000000001e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0973921  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0456  ribose/xylose/arabinose/galactoside ABC-type transporter permease  34.28 
 
 		 310 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4638  ribose ABC transporter, permease protein  37.59 
 
 		 311 aa  182  8.000000000000001e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0801722  unclonable  4.6789e-26 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0725  ribose ABC transporter, permease protein  37.23 
 
 		 311 aa  181  2e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.35469e-35 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3089  inner-membrane translocator  33.53 
 
 		 337 aa  179  4e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0871348  normal  0.381344 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4607  Monosaccharide-transporting ATPase  35.52 
 
 		 348 aa  179  9e-44  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1881  ribose ABC transporter, permease protein  33.44 
 
 		 311 aa  178  2e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0277317  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2278  inner-membrane translocator  35.11 
 
 		 309 aa  175  9.999999999999999e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.568654  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0516  ribose ABC transporter permease protein  35.91 
 
 		 324 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4066  monosaccharide-transporting ATPase  34.08 
 
 		 334 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0158179  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1826  inner-membrane translocator  35.63 
 
 		 336 aa  174  2.9999999999999996e-42  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0911886  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7831  sugar ABC transporter membrane protein  39.18 
 
 		 330 aa  174  2.9999999999999996e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0614  inner-membrane translocator  32.38 
 
 		 331 aa  173  3.9999999999999995e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3449  inner-membrane translocator  35.33 
 
 		 314 aa  173  3.9999999999999995e-42  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2121  Monosaccharide-transporting ATPase  33.53 
 
 		 350 aa  172  5e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.83989 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3880  sugar transport system permease  33.95 
 
 		 334 aa  172  5.999999999999999e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0490565 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0911  ribose ABC transporter, permease protein  33.95 
 
 		 342 aa  172  5.999999999999999e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3336  inner-membrane translocator  34.53 
 
 		 346 aa  172  5.999999999999999e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1631  ribose ABC transporter, permease protein  33.23 
 
 		 334 aa  172  6.999999999999999e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3329  inner-membrane translocator  38.51 
 
 		 314 aa  172  6.999999999999999e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1575  ribose ABC transporter, permease protein  33.23 
 
 		 334 aa  172  6.999999999999999e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.136542  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>