More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3981 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010515  Bcenmc03_5748  penicillin-binding protein 1C  93.57 
 
 		 747 aa  1352    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5300  penicillin-binding protein 1C  56.41 
 
 		 774 aa  734    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4445  penicillin-binding protein 1C  98.79 
 
 		 745 aa  1462    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0971962  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2652  penicillin-binding protein 1C  56.65 
 
 		 768 aa  730    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.447412  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0680  penicillin-binding protein  76.42 
 
 		 942 aa  1128    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3383  penicillin-binding protein 1C  57.5 
 
 		 746 aa  803    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.743243  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3142  penicillin-binding protein 1C  54.35 
 
 		 742 aa  742    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2406  penicillin-binding protein 1C  75.96 
 
 		 951 aa  1127    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.806049  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1126  penicillin-binding protein 1C  77.66 
 
 		 913 aa  1147    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0888315  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1290  penicillin-binding protein 1C  94.24 
 
 		 747 aa  1390    Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00589164  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1203  penicillin-binding protein 1C  73.34 
 
 		 923 aa  1069    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1343  penicillin-binding protein 1C  55.97 
 
 		 747 aa  741    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00458316  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1584  penicillin-binding protein 1C  80.86 
 
 		 844 aa  1186    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1957  penicillin-binding protein 1C  55.53 
 
 		 784 aa  724    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0162399 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3529  penicillin-binding protein 1C  58.62 
 
 		 726 aa  797    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4091  penicillin-binding protein 1C  91.46 
 
 		 745 aa  1280    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3812  penicillin-binding protein 1C  93.57 
 
 		 747 aa  1352    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.596  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0786  penicillin-binding protein 1C  76.8 
 
 		 1060 aa  915    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.879691  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3299  penicillin-binding protein 1C  57.82 
 
 		 758 aa  740    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3981  penicillin-binding protein 1C  100 
 
 		 745 aa  1478    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.187688 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4556  penicillin-binding protein 1C  93.57 
 
 		 747 aa  1352    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0941  penicillin-binding protein 1C  71.54 
 
 		 785 aa  983    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.237946  normal  0.754349 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1576  penicillin-binding protein, putative  47.33 
 
 		 713 aa  559  1e-158  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.772594  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1163  penicillin-binding protein 1C  48.03 
 
 		 705 aa  526  1e-148  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.22385  normal  0.584003 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2383  penicillin-binding protein 1C  44.87 
 
 		 729 aa  494  9.999999999999999e-139  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.977643  normal  0.393038 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0836  penicillin-binding protein 1C  34.21 
 
 		 719 aa  358  1.9999999999999998e-97  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.0734378 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2226  glycosyl transferase family protein  36.3 
 
 		 759 aa  320  5e-86  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1168  penicillin-binding protein 1C  33.7 
 
 		 798 aa  315  1.9999999999999998e-84  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.676311  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2356  penicillin-binding protein 1C  31.92 
 
 		 762 aa  315  2.9999999999999996e-84  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3225  1A family penicillin-binding protein  33.52 
 
 		 952 aa  290  5.0000000000000004e-77  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00720883  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2518  glycosyl transferase family 51  32.86 
 
 		 857 aa  288  2.9999999999999996e-76  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011285  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2871  1A family penicillin-binding protein  38.76 
 
 		 860 aa  285  2.0000000000000002e-75  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2605  1A family penicillin-binding protein  37.23 
 
 		 853 aa  284  4.0000000000000003e-75  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09670  penicillin-binding protein 1C  29.91 
 
 		 770 aa  280  7e-74  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1421  penicillin-binding protein, 1A family  34.83 
 
 		 801 aa  275  3e-72  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2036  glycosyl transferase family penicillin-binding protein transpeptidase  37.05 
 
 		 779 aa  272  1e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0247082  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1842  glycosyl transferase family 51  36.16 
 
 		 782 aa  261  4e-68  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0117542  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1927  glycosyl transferase family 51  39.04 
 
 		 782 aa  259  1e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0285568  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3834  1A family penicillin-binding protein  34.66 
 
 		 861 aa  257  6e-67  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1948  1A family penicillin-binding protein  35.42 
 
 		 855 aa  254  4.0000000000000004e-66  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3903  penicillin-binding protein 1C  32.61 
 
 		 766 aa  251  3e-65  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2139  Peptidoglycan glycosyltransferase  37.18 
 
 		 774 aa  243  1e-62  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.911102 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2639  penicillin-binding protein 1C  36.04 
 
 		 793 aa  243  1e-62  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0263  penicillin-binding protein 1C  33.23 
 
 		 679 aa  242  2e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.371203 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0390  penicillin-binding protein 1C  35.15 
 
 		 780 aa  238  3e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.3876 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5076  penicillin-binding protein 1C  31.97 
 
 		 816 aa  237  6e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.634438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0543  membrane carboxypeptidase/penicillin-binding protein PbpC  32.14 
 
 		 780 aa  236  9e-61  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0603  bifunctional penicillin-binding protein 1C  34.2 
 
 		 807 aa  235  3e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1324  glycosyl transferase family 51  32.21 
 
 		 980 aa  235  3e-60  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00144561 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1192  glycosyltransferase  29.88 
 
 		 774 aa  233  8.000000000000001e-60  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.224348  normal  0.131145 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4847  penicillin-binding protein  35.33 
 
 		 782 aa  229  1e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2824  penicillin-binding protein 1C  36.33 
 
 		 680 aa  228  3e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4387  penicillin-binding protein 1C  35.19 
 
 		 782 aa  228  4e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5243  penicillin-binding protein, 1A family  34.24 
 
 		 727 aa  226  1e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.766198  normal  0.919451 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2543  penicillin-binding protein 1C  34.39 
 
 		 696 aa  226  1e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.845119  normal  0.304866 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4776  1A family penicillin-binding protein  34.24 
 
 		 727 aa  226  1e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.119918  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2671  penicillin-binding protein 1C  35.05 
 
 		 770 aa  225  2e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.122147 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3175  1A family penicillin-binding protein  34 
 
 		 728 aa  224  3e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2894  penicillin-binding protein 1C  35.05 
 
 		 770 aa  224  4e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02411  fused transglycosylase/transpeptidase  34.88 
 
 		 770 aa  224  6e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1149  penicillin-binding protein 1C  34.88 
 
 		 770 aa  224  6e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.391736  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02373  hypothetical protein  34.88 
 
 		 770 aa  224  6e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1158  penicillin-binding protein 1C  34.88 
 
 		 770 aa  224  6e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.729598  normal  0.0485769 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2077  penicillin-binding protein 1C  35.66 
 
 		 706 aa  224  6e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.145944  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3748  penicillin-binding protein 1C  35.05 
 
 		 770 aa  224  6e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2670  penicillin-binding protein 1C  34.88 
 
 		 770 aa  224  6e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3614  penicillin-binding protein 1C  35.68 
 
 		 774 aa  223  9.999999999999999e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.355013 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0508  peptidoglycan glycosyltransferase  33.11 
 
 		 927 aa  223  9.999999999999999e-57  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2726  penicillin-binding protein 1C  35.93 
 
 		 771 aa  223  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2683  penicillin-binding protein 1C  35.75 
 
 		 771 aa  221  3e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2770  penicillin-binding protein 1C  35.75 
 
 		 771 aa  221  3e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2803  penicillin-binding protein 1C  34.88 
 
 		 770 aa  221  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3916  penicillin-binding protein 1C (PBP-1C)  36.15 
 
 		 745 aa  221  3.9999999999999997e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.787281 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4689  glycosyl transferase family protein  29.03 
 
 		 1037 aa  221  3.9999999999999997e-56  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2918  penicillin-binding protein 1C  34.7 
 
 		 731 aa  221  5e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0572  penicillin-binding protein 1C  36.1 
 
 		 784 aa  220  6e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1128  penicillin-binding protein, 1A family  32.01 
 
 		 648 aa  220  6e-56  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2901  penicillin-binding protein 1C  35.93 
 
 		 771 aa  220  7e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3013  penicillin-binding protein 1C  33.75 
 
 		 774 aa  219  1e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.928991  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2789  penicillin-binding protein 1C  35.75 
 
 		 771 aa  219  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0400715  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0611  penicillin-binding protein 1C  34.98 
 
 		 784 aa  219  1e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.585704  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3046  1A family penicillin-binding protein  32.82 
 
 		 720 aa  219  2e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.370823  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3703  penicillin-binding protein, 1A family  34 
 
 		 712 aa  219  2e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.053736 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2552  penicillin-binding protein 1C  36.28 
 
 		 750 aa  219  2e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0465357  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5318  penicillin-binding protein, 1A family  33.95 
 
 		 728 aa  218  2e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3260  penicillin-binding protein 1C  37.21 
 
 		 696 aa  218  2.9999999999999998e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.247594  normal  0.375198 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1534  penicillin-binding protein 1C  33.94 
 
 		 706 aa  217  5.9999999999999996e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.232379  normal  0.600626 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0131  1A family penicillin-binding protein  34 
 
 		 770 aa  217  5.9999999999999996e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4592  penicillin-binding protein 1C  35.14 
 
 		 784 aa  216  9e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0233923 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0023  penicillin-binding protein 1C  34.57 
 
 		 674 aa  216  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0617  penicillin-binding protein 1C  34.4 
 
 		 784 aa  215  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.701974  normal  0.0771525 
 
 
-
 
NC_004310  BR0117  1A family penicillin-binding protein  34.06 
 
 		 763 aa  214  2.9999999999999995e-54  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1355  glycosyl transferase family protein  34.98 
 
 		 674 aa  215  2.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.186022  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0114  1A family penicillin-binding protein  34.06 
 
 		 730 aa  215  2.9999999999999995e-54  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.572692  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3627  glycosyl transferase family protein  32.14 
 
 		 908 aa  214  3.9999999999999995e-54  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0732  penicillin-binding protein 1C  34.26 
 
 		 774 aa  214  5.999999999999999e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0013  penicillin-binding protein 1C  35.73 
 
 		 674 aa  214  5.999999999999999e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0471043 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7653  putative penicillin-binding protein pbpC/mrcB-like protein  32.29 
 
 		 734 aa  213  1e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.278881 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1500  penicillin-binding protein 1C  28.94 
 
 		 734 aa  211  3e-53  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0067  penicillin-binding protein 1C  31.54 
 
 		 762 aa  211  3e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>