88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3880 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008391  Bamb_3880  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  100 
 
 		 176 aa  350  5.9999999999999994e-96  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.745877  normal  0.0848334 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4341  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  95.95 
 
 		 173 aa  332  1e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4448  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  84.97 
 
 		 173 aa  295  3e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5859  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  84.97 
 
 		 173 aa  294  5e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.284913  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1495  hypothetical protein  86.75 
 
 		 167 aa  293  9e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.301949  normal  0.1168 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3920  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  86.31 
 
 		 174 aa  292  2e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5754  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  62.66 
 
 		 163 aa  194  4.0000000000000005e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.036925  hitchhiker  0.00000000000572699 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1894  YbaK/prolyl-tRNA synthetase-associated domain protein  46.98 
 
 		 175 aa  136  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1408  YbaK/prolyl-tRNA synthetase-associated domain-containing protein  46.98 
 
 		 175 aa  135  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.247573 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1374  YbaK/prolyl-tRNA synthetase-associated domain protein  46.98 
 
 		 175 aa  135  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.734452  normal  0.692878 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1668  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  46.31 
 
 		 165 aa  135  4e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1821  YbaK/prolyl-tRNA synthetases associated domain-containing protein  37.63 
 
 		 191 aa  135  4e-31  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2074  YbaK/prolyl-tRNA synthetase-associated domain-containing protein  46.31 
 
 		 175 aa  134  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000328816 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2041  YbaK/prolyl-tRNA synthetase-associated domain protein  43.64 
 
 		 167 aa  133  9.999999999999999e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01744  hypothetical protein  43.64 
 
 		 167 aa  133  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1873  YbaK/prolyl-tRNA synthetase-associated domain-containing protein  43.64 
 
 		 167 aa  133  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01756  hypothetical protein  43.64 
 
 		 167 aa  133  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1845  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  43.64 
 
 		 167 aa  133  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.900726  normal  0.129019 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1404  YbaK/prolyl-tRNA synthetase-associated domain-containing protein  43.64 
 
 		 167 aa  133  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.812752  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1391  YbaK/prolyl-tRNA synthetase-associated domain protein  46.31 
 
 		 175 aa  132  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000245761 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1855  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  43.64 
 
 		 167 aa  132  3e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.157643  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2511  YbaK/prolyl-tRNA synthetase-associated domain protein  43.64 
 
 		 167 aa  132  3e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.579279 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2011  YbaK/prolyl-tRNA synthetase-associated domain-containing protein  43.03 
 
 		 167 aa  131  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.111031  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1112  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  36.72 
 
 		 191 aa  121  5e-27  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3402  YbaK/prolyl-tRNA synthetase-like protein  39.87 
 
 		 162 aa  111  6e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.702018  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002487  hypothetical protein  31.79 
 
 		 148 aa  70.1  0.00000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.190269  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03547  hypothetical protein  31.85 
 
 		 157 aa  70.5  0.00000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2116  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  33.11 
 
 		 153 aa  62.8  0.000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0022261  decreased coverage  0.00203199 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2082  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  31.13 
 
 		 154 aa  61.6  0.000000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.184179  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2486  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  30.46 
 
 		 156 aa  61.6  0.000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0933  hypothetical cytosolic protein  28.95 
 
 		 151 aa  60.5  0.00000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2156  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  29.61 
 
 		 154 aa  57  0.0000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.284719  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1791  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  26.97 
 
 		 163 aa  54.7  0.0000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0470  YbaK/ebsC protein  27.15 
 
 		 166 aa  54.3  0.0000008  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1263  hypothetical protein  29.75 
 
 		 159 aa  53.1  0.000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0125501 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3029  hypothetical protein  29.75 
 
 		 159 aa  52.8  0.000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.480981  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0303  hypothetical protein  31.37 
 
 		 161 aa  52.8  0.000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000014956  unclonable  0.000000628456 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3402  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  27.97 
 
 		 159 aa  52.8  0.000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1914  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  28.95 
 
 		 154 aa  51.6  0.000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3167  hypothetical protein  28.93 
 
 		 159 aa  51.2  0.000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.583041  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1756  hypothetical protein  28.48 
 
 		 152 aa  51.2  0.000007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2070  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  28.21 
 
 		 163 aa  50.1  0.00001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0237486  normal  0.038928 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0520  hypothetical protein  28.76 
 
 		 159 aa  50.1  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00432  hypothetical protein  28.76 
 
 		 159 aa  50.1  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.362307  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00437  hypothetical protein  28.76 
 
 		 159 aa  50.1  0.00002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.34185  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1093  hypothetical protein  29.27 
 
 		 159 aa  50.1  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0558  hypothetical protein  28.76 
 
 		 159 aa  50.1  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3129  ybaK/ebsC protein  28.76 
 
 		 159 aa  50.1  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.393401  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3222  hypothetical protein  29.27 
 
 		 159 aa  50.1  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3135  hypothetical protein  28.76 
 
 		 159 aa  50.1  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.215151  unclonable  0.0000000116633 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0416  hypothetical protein  28.76 
 
 		 159 aa  48.9  0.00003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0573  hypothetical protein  28.67 
 
 		 159 aa  49.3  0.00003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1124  hypothetical protein  24.65 
 
 		 158 aa  48.5  0.00004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0993  ybaK/ebsC protein  26.83 
 
 		 158 aa  48.5  0.00004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.206645  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0525  hypothetical protein  29.68 
 
 		 159 aa  48.5  0.00004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0955  ybaK/ebsC protein  26.83 
 
 		 158 aa  48.5  0.00004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1215  hypothetical protein  26.67 
 
 		 151 aa  48.5  0.00005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1260  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  25.17 
 
 		 159 aa  48.1  0.00005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0160426 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1929  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  32.26 
 
 		 170 aa  47.8  0.00007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2911  hypothetical protein  27.03 
 
 		 162 aa  48.1  0.00007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121231  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3691  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  28.12 
 
 		 173 aa  47.8  0.00008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1040  ybaK/ebsC protein  26.83 
 
 		 158 aa  47  0.0001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0196148  hitchhiker  0.0000171099 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3539  ybaK/ebsC protein  26.83 
 
 		 158 aa  47  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.115352  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0957  ybaK/ebsC protein  24.65 
 
 		 158 aa  47  0.0001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1766  hypothetical protein  29.41 
 
 		 158 aa  47  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.547358  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2973  ybaK/ebsC protein  25.21 
 
 		 158 aa  46.2  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1148  hypothetical protein  30.09 
 
 		 159 aa  45.4  0.0004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0654966  hitchhiker  0.000000339512 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3413  ybaK/ebsC protein  27.5 
 
 		 158 aa  45.4  0.0004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0703981  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0960  hypothetical protein  26.8 
 
 		 159 aa  45.4  0.0004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3321  ybaK/ebsC protein  27.5 
 
 		 158 aa  45.4  0.0004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4653  YbaK/prolyl-tRNA synthetase domain-containing protein  28.06 
 
 		 159 aa  45.1  0.0005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.321898  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1696  ybaK/ebsC protein  28.57 
 
 		 168 aa  44.3  0.0008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0180556 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2562  ybaK/ebsC protein  25.79 
 
 		 157 aa  43.9  0.001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1005  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  28.87 
 
 		 158 aa  43.9  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2119  ybaK/ebsC protein  24.04 
 
 		 157 aa  43.5  0.001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.443897  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1181  ybaK/ebsC protein  30.99 
 
 		 166 aa  43.1  0.002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0675087  normal  0.344163 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5733  ybaK/ebsC protein  28.29 
 
 		 165 aa  43.1  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2700  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  25.69 
 
 		 165 aa  42.7  0.003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.102685 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0854  hypothetical protein  24.78 
 
 		 170 aa  42.4  0.003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000580569  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0228  hypothetical protein  24.5 
 
 		 169 aa  42  0.004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.822642  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2808  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  27.14 
 
 		 162 aa  41.6  0.006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0168  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  24.82 
 
 		 153 aa  41.6  0.006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3567  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  22.07 
 
 		 158 aa  41.6  0.006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1758  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  29.59 
 
 		 154 aa  41.6  0.006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3157  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  27.14 
 
 		 162 aa  41.6  0.006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000990307 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10900  ybaK/ebsC protein  29.36 
 
 		 170 aa  41.2  0.007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.882195 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4739  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  27.69 
 
 		 159 aa  41.2  0.008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.708243 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0986  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  22.66 
 
 		 159 aa  40.8  0.009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.015482  normal  0.28852 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>