More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3558 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010086  Bmul_4436  transcriptional regulator  86.9 
 
 		 514 aa  870    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0313734  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3121  transcriptional regulator  70.4 
 
 		 495 aa  659    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1880  GntR family transcriptional regulator  92.7 
 
 		 494 aa  920    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.208633 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3558  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 497 aa  994    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4039  transcriptional regulator  98.58 
 
 		 494 aa  976    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.185178 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1930  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  56.38 
 
 		 498 aa  504  1e-141  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.199389  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0983  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  51.57 
 
 		 517 aa  501  1e-140  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3431  GntR family transcriptional regulator  51.66 
 
 		 492 aa  494  9.999999999999999e-139  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.875541  normal  0.885014 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2661  GntR family transcriptional regulator  51.78 
 
 		 483 aa  492  9.999999999999999e-139  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0327795  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0599  putative transcription regulator protein  51.72 
 
 		 504 aa  486  1e-136  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0558391  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0515  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  53.44 
 
 		 487 aa  487  1e-136  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.663704  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0528  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  53.81 
 
 		 487 aa  486  1e-136  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0868  GntR family transcriptional regulator  51.05 
 
 		 606 aa  469  1.0000000000000001e-131  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2460  GntR family transcriptional regulator  52.19 
 
 		 478 aa  468  9.999999999999999e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3430  GntR family transcriptional regulator  51.86 
 
 		 521 aa  466  9.999999999999999e-131  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.527841  normal  0.3063 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5367  transcriptional regulator  52.53 
 
 		 494 aa  434  1e-120  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.336445 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1582  transcriptional regulator  38.99 
 
 		 483 aa  345  1e-93  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.121263 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1725  GntR family transcriptional regulator  39.92 
 
 		 483 aa  342  5.999999999999999e-93  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.809338  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0803  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  40.42 
 
 		 480 aa  339  8e-92  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.284256  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4183  transcriptional regulator  41.86 
 
 		 492 aa  338  9e-92  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0018  GntR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 478 aa  338  9.999999999999999e-92  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.422778  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0850  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  40.42 
 
 		 492 aa  338  1.9999999999999998e-91  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1184  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  38.09 
 
 		 479 aa  335  1e-90  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.823264 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1940  transcriptional regulator  40.63 
 
 		 469 aa  332  1e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00494484 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2446  GntR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 489 aa  331  2e-89  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1173  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  40.51 
 
 		 486 aa  331  2e-89  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.914694  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3253  putative transcriptional regulator  41.7 
 
 		 474 aa  329  9e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0471959  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2379  transcriptional regulator  40.3 
 
 		 469 aa  327  4.0000000000000003e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.228366  normal  0.534962 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2230  GntR family transcriptional regulator  40.08 
 
 		 469 aa  327  4.0000000000000003e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.630416 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2639  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  38.67 
 
 		 477 aa  327  4.0000000000000003e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.147714  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3544  GntR family transcriptional regulator  39.87 
 
 		 469 aa  325  1e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.384624  normal  0.66471 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2529  GntR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 487 aa  325  1e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.796458 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38250  putative transcriptional regulator  40.76 
 
 		 474 aa  323  3e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00293552 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1487  GntR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 477 aa  323  4e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.539495  normal  0.767107 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4094  GntR family transcriptional regulator  38.4 
 
 		 479 aa  323  5e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.541503  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1126  GntR family transcriptional regulator  39.41 
 
 		 475 aa  322  8e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10530  GntR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 471 aa  322  9.999999999999999e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0959  hypothetical protein  38.95 
 
 		 500 aa  321  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3105  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  40.72 
 
 		 486 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5531  GntR family transcriptional regulator  41.59 
 
 		 473 aa  320  3e-86  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.433178 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4005  GntR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 473 aa  319  6e-86  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.723654  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4467  transcriptional regulator  38.82 
 
 		 473 aa  318  1e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.652401  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3939  GntR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 482 aa  317  2e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1266  GntR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 473 aa  318  2e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0592211  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3442  GntR family transcriptional regulator  40.72 
 
 		 481 aa  317  2e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0677812  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3836  GntR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 474 aa  317  2e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4066  transcriptional regulator  38.95 
 
 		 478 aa  317  3e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.974396  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0752  GntR family transcriptional regulator  41.93 
 
 		 476 aa  317  4e-85  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.743264  normal  0.0151878 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6190  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  38.4 
 
 		 475 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3059  GntR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 473 aa  314  1.9999999999999998e-84  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0865812  hitchhiker  0.000973023 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5275  GntR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 496 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.187277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1421  GntR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 532 aa  314  2.9999999999999996e-84  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.694482  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1892  GntR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 477 aa  313  2.9999999999999996e-84  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5185  GntR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 496 aa  313  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0411857 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2450  GntR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 469 aa  313  4.999999999999999e-84  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00121397  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1063  GntR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 470 aa  313  4.999999999999999e-84  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1338  GntR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 472 aa  313  4.999999999999999e-84  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1073  GntR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 472 aa  313  5.999999999999999e-84  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0498  GntR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 472 aa  313  5.999999999999999e-84  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.645809  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1253  GntR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 472 aa  313  5.999999999999999e-84  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.413574  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2226  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  39.53 
 
 		 470 aa  313  5.999999999999999e-84  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0226  GntR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 472 aa  313  5.999999999999999e-84  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2580  GntR family regulatory protein  39.79 
 
 		 493 aa  312  6.999999999999999e-84  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.882118  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2096  GntR family transcriptional regulator  38.53 
 
 		 471 aa  312  6.999999999999999e-84  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.698776  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1420  GntR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 472 aa  312  7.999999999999999e-84  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.242297  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2093  GntR family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 473 aa  311  2e-83  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.132381  normal  0.73636 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2257  putative transcriptional regulator  37.5 
 
 		 479 aa  311  2e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26590  GntR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 479 aa  311  2e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.079349  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0195  transcriptional regulator  39.51 
 
 		 476 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.344664  hitchhiker  0.000191089 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2921  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  36.58 
 
 		 475 aa  310  4e-83  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.542365  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5327  transcriptional regulator  38.72 
 
 		 496 aa  309  8e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.898471  normal  0.06298 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1425  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  35.49 
 
 		 472 aa  309  1.0000000000000001e-82  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2744  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  34.45 
 
 		 483 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1450  GntR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 504 aa  308  1.0000000000000001e-82  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00080879  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0240  GntR family transcriptional regulator  38.4 
 
 		 473 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2000  regulatory protein, GntR  39.43 
 
 		 479 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0975801 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3095  GntR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 491 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.259075  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003147  GntR-family regulatory protein  35.46 
 
 		 468 aa  308  2.0000000000000002e-82  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00323958  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0230  transcriptional regulator GntR  37.55 
 
 		 473 aa  307  3e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2520  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  35.36 
 
 		 473 aa  307  3e-82  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0126986  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0096  transcriptional regulator, GntR family/aminotransferase, class I  38.49 
 
 		 473 aa  306  5.0000000000000004e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3521  transcriptional regulator  38.18 
 
 		 480 aa  306  5.0000000000000004e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1939  transcriptional regulator  35.32 
 
 		 476 aa  305  1.0000000000000001e-81  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0234327  normal  0.0215976 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4744  transcriptional regulator  36.58 
 
 		 475 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.0066637  normal  0.499437 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3949  GntR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 473 aa  305  1.0000000000000001e-81  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.905833  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5727  transcriptional regulator  38.61 
 
 		 473 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.769586 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1432  GntR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 474 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.422672  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4578  GntR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 473 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6397  GntR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 474 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2190  transcriptional regulator, GntR family  38.16 
 
 		 479 aa  304  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1972  GntR family transcriptional regulator  39.7 
 
 		 470 aa  304  3.0000000000000004e-81  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3790  GntR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 478 aa  304  3.0000000000000004e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1656  GntR family transcriptional regulator  37.6 
 
 		 509 aa  303  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.928604  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4197  GntR family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 530 aa  303  5.000000000000001e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6954  GntR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 474 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.273802  normal  0.898059 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5393  transcriptional regulator  37.29 
 
 		 474 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0156586 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2454  transcriptional regulator  41.56 
 
 		 481 aa  302  9e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.201497  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3769  transcriptional regulator  37.8 
 
 		 480 aa  302  1e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.492539  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5419  transcriptional regulator  37.08 
 
 		 474 aa  301  1e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.454828  normal  0.125674 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1524  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  34.32 
 
 		 483 aa  301  1e-80  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.790712  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>