More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_2592 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010681  Bphyt_3195  exodeoxyribonuclease VII large subunit  80.13 
 
 
459 aa  706    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.300243  normal  0.30831 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1044  exodeoxyribonuclease VII large subunit  85 
 
 
460 aa  760    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000021456  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0752  exodeoxyribonuclease VII large subunit  94.35 
 
 
460 aa  861    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.955357  normal  0.27096 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2272  exodeoxyribonuclease VII large subunit  85 
 
 
460 aa  760    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00826344  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0539  exodeoxyribonuclease VII large subunit  80.39 
 
 
459 aa  730    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0567  exodeoxyribonuclease VII large subunit  85 
 
 
510 aa  761    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0175948  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1084  exodeoxyribonuclease VII large subunit  85 
 
 
510 aa  761    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00935981  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5875  exodeoxyribonuclease VII large subunit  94.57 
 
 
460 aa  861    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0782017  normal  0.288359 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0929  exodeoxyribonuclease VII large subunit  85 
 
 
460 aa  761    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.344174  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2149  exodeoxyribonuclease VII large subunit  85 
 
 
460 aa  760    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.927626  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0743  exodeoxyribonuclease VII large subunit  84.35 
 
 
561 aa  755    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0768  exodeoxyribonuclease VII large subunit  80.57 
 
 
459 aa  731    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0516461  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1932  exodeoxyribonuclease VII large subunit  95.43 
 
 
460 aa  845    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0932  exodeoxyribonuclease VII large subunit  85 
 
 
460 aa  759    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.29303  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2462  exodeoxyribonuclease VII large subunit  99.13 
 
 
460 aa  900    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000422545 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2568  exodeoxyribonuclease VII large subunit  95.65 
 
 
460 aa  848    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0973694  normal  0.16842 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2592  exodeoxyribonuclease VII large subunit  100 
 
 
460 aa  907    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.144595  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2544  exodeoxyribonuclease VII large subunit  95.43 
 
 
460 aa  845    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.146847  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0596  exodeoxyribonuclease VII large subunit  62.64 
 
 
448 aa  508  9.999999999999999e-143  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00000355871  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0538  exodeoxyribonuclease VII large subunit  60.31 
 
 
481 aa  486  1e-136  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000000839459  unclonable  0.0000000860109 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2804  exodeoxyribonuclease VII large subunit  59.01 
 
 
469 aa  483  1e-135  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.345975  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2527  exodeoxyribonuclease VII large subunit  59.59 
 
 
440 aa  478  1e-133  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.258922  normal  0.0312935 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2398  exodeoxyribonuclease VII large subunit  58.11 
 
 
467 aa  475  1e-133  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3211  exodeoxyribonuclease VII large subunit  51.38 
 
 
450 aa  420  1e-116  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000173866  normal  0.203327 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0287  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  48.2 
 
 
408 aa  410  1e-113  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1863  exodeoxyribonuclease VII large subunit  49.42 
 
 
398 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1511  exodeoxyribonuclease VII large subunit  52.82 
 
 
451 aa  402  1e-111  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.823365  normal  0.344595 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0315  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  48.97 
 
 
406 aa  403  1e-111  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3218  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  52.73 
 
 
457 aa  392  1e-108  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1030  exodeoxyribonuclease VII large subunit  47.6 
 
 
447 aa  382  1e-105  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000189378  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1926  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  49.32 
 
 
439 aa  367  1e-100  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4149  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  43.65 
 
 
446 aa  361  2e-98  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.0000027114  normal  0.773576 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1458  exodeoxyribonuclease VII large subunit  44.14 
 
 
454 aa  350  2e-95  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2946  exodeoxyribonuclease VII large subunit  47.74 
 
 
436 aa  350  3e-95  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.877345 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3573  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  46.58 
 
 
445 aa  347  3e-94  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.168579  hitchhiker  0.00774159 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2644  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  47.36 
 
 
436 aa  343  2e-93  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.603733  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3000  exodeoxyribonuclease VII large subunit  41.86 
 
 
457 aa  341  2e-92  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00000210085  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004342  exodeoxyribonuclease VII large subunit  41.15 
 
 
443 aa  340  2.9999999999999998e-92  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2877  exodeoxyribonuclease VII large subunit  42.05 
 
 
449 aa  339  5e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.000174489  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2768  exodeoxyribonuclease VII large subunit  42.05 
 
 
449 aa  339  7e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.000315473  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1168  exodeoxyribonuclease VII large subunit  42.05 
 
 
456 aa  338  8e-92  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00000633307  normal  0.0126087 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2660  exodeoxyribonuclease VII large subunit  42.05 
 
 
456 aa  338  8e-92  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.87444e-19  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02401  exodeoxyribonuclease VII large subunit  41.82 
 
 
456 aa  338  9e-92  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000149221  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1159  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  41.82 
 
 
456 aa  338  9e-92  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000102008  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02363  hypothetical protein  41.82 
 
 
456 aa  338  9e-92  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000142965  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2885  exodeoxyribonuclease VII large subunit  41.82 
 
 
456 aa  338  9.999999999999999e-92  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.0000000000000248025  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2705  exodeoxyribonuclease VII large subunit  41.82 
 
 
449 aa  337  2.9999999999999997e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000963372  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2661  exodeoxyribonuclease VII large subunit  41.82 
 
 
449 aa  337  2.9999999999999997e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.000000000015005  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1557  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  45.86 
 
 
445 aa  337  2.9999999999999997e-91  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.260708  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2552  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  48.63 
 
 
432 aa  336  3.9999999999999995e-91  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00277248 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2746  exodeoxyribonuclease VII large subunit  41.82 
 
 
449 aa  335  7e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.00000699903  normal  0.210011 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1729  exodeoxyribonuclease VII large subunit  43.18 
 
 
451 aa  334  2e-90  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.038914  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2302  exodeoxyribonuclease VII large subunit  45.64 
 
 
445 aa  334  2e-90  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0779138 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02974  exonuclease VII, large subunit  39.96 
 
 
450 aa  332  6e-90  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.143789  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3734  exodeoxyribonuclease VII large subunit  41.82 
 
 
456 aa  330  3e-89  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000326312  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2658  exodeoxyribonuclease VII large subunit  42.89 
 
 
455 aa  329  7e-89  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000423152  normal  0.673985 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0294  exodeoxyribonuclease VII large subunit  40.73 
 
 
446 aa  329  8e-89  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1818  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  46 
 
 
467 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01075  exodeoxyribonuclease VII large subunit  40 
 
 
443 aa  327  2.0000000000000001e-88  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1327  exodeoxyribonuclease VII large subunit  41.94 
 
 
414 aa  327  3e-88  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.180784  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1386  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  41.94 
 
 
414 aa  326  5e-88  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3005  exodeoxyribonuclease VII large subunit  40.91 
 
 
462 aa  326  5e-88  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000184236  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2482  exodeoxyribonuclease VII large subunit  46.31 
 
 
447 aa  326  5e-88  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.780603  normal  0.458338 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1267  exodeoxyribonuclease VII large subunit  41.36 
 
 
464 aa  325  7e-88  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000176036  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3490  exodeoxyribonuclease VII large subunit  42.79 
 
 
476 aa  325  7e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.655561  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1126  exodeoxyribonuclease VII large subunit  40.45 
 
 
461 aa  325  1e-87  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000645996  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1216  exodeoxyribonuclease VII large subunit  41.47 
 
 
448 aa  324  2e-87  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0401789  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2730  exodeoxyribonuclease VII large subunit  42.37 
 
 
465 aa  323  3e-87  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.00000422836  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2323  exodeoxyribonuclease VII large subunit  41.65 
 
 
453 aa  323  4e-87  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000207972  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2567  exodeoxyribonuclease VII large subunit  46.5 
 
 
436 aa  322  7e-87  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00271156 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1034  Exodeoxyribonuclease VII  46.99 
 
 
447 aa  320  1.9999999999999998e-86  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0693  exodeoxyribonuclease VII large subunit  43.89 
 
 
458 aa  321  1.9999999999999998e-86  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.183752  normal  0.0687889 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0612  exodeoxyribonuclease VII  42.53 
 
 
452 aa  320  3.9999999999999996e-86  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000716955  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3152  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  42.34 
 
 
472 aa  320  5e-86  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.782441  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0248  exodeoxyribonuclease VII large subunit  41.1 
 
 
448 aa  317  2e-85  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0736  exodeoxyribonuclease VII large subunit  39.16 
 
 
444 aa  317  3e-85  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3597  exodeoxyribonuclease VII large subunit  44.61 
 
 
458 aa  314  1.9999999999999998e-84  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.00000000130865  normal  0.463212 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3000  exodeoxyribonuclease VII large subunit  40.22 
 
 
448 aa  312  7.999999999999999e-84  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1312  exodeoxyribonuclease VII large subunit  39.86 
 
 
445 aa  312  7.999999999999999e-84  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39770  exodeoxyribonuclease VII large subunit  44.1 
 
 
456 aa  311  2e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.979844  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2951  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  39.53 
 
 
447 aa  311  2e-83  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.19698  normal  0.152138 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1301  exodeoxyribonuclease VII large subunit  41.32 
 
 
459 aa  311  2e-83  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.00000000114365  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0718  exodeoxyribonuclease VII large subunit  45.33 
 
 
448 aa  311  2e-83  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2985  exodeoxyribonuclease VII large subunit  39.78 
 
 
448 aa  310  2.9999999999999997e-83  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.274759  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4890  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  43.64 
 
 
444 aa  310  2.9999999999999997e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.357891 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3143  exodeoxyribonuclease VII large subunit  42.37 
 
 
448 aa  310  2.9999999999999997e-83  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.246096 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00415  exodeoxyribonuclease VII large subunit  42.66 
 
 
445 aa  310  4e-83  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.391794  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1446  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  40.62 
 
 
463 aa  310  4e-83  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1296  exodeoxyribonuclease VII large subunit  41.36 
 
 
442 aa  310  4e-83  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0430502  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1683  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  42.6 
 
 
458 aa  310  4e-83  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.763853  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1136  exodeoxyribonuclease VII large subunit  38.7 
 
 
450 aa  309  5.9999999999999995e-83  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000110023  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0410  exodeoxyribonuclease VII large subunit  41.32 
 
 
459 aa  309  5.9999999999999995e-83  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000134785  hitchhiker  0.000369784 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1193  exodeoxyribonuclease VII large subunit  41.32 
 
 
458 aa  309  6.999999999999999e-83  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  7.10806e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1378  exodeoxyribonuclease VII large subunit  40 
 
 
448 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.904255 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1259  exodeoxyribonuclease VII large subunit  40.62 
 
 
463 aa  307  3e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3121  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  40.9 
 
 
444 aa  306  6e-82  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.698852  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4197  exodeoxyribonuclease VII large subunit  41.5 
 
 
463 aa  305  9.000000000000001e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.822853  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4592  exodeoxyribonuclease VII large subunit  40.62 
 
 
459 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2647  exodeoxyribonuclease VII large subunit  41.04 
 
 
466 aa  304  2.0000000000000002e-81  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1268  exodeoxyribonuclease VII large subunit  38.98 
 
 
446 aa  303  3.0000000000000004e-81  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000016399  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>