40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_2423 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008390  Bamb_2423  hypothetical protein  100 
 
 
134 aa  268  2e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.419372  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1754  inner membrane protein  85.86 
 
 
958 aa  172  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0098  hypothetical protein  85.86 
 
 
950 aa  172  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0113  hypothetical protein  85.86 
 
 
950 aa  172  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2366  inner membrane protein  85.86 
 
 
958 aa  172  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1288  inner membrane protein  85.86 
 
 
953 aa  172  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0309  inner membrane protein  85.86 
 
 
955 aa  172  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2484  primase 2  83.84 
 
 
953 aa  169  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2008  DNA primase  74.75 
 
 
955 aa  155  2e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.491105  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2180  inner membrane protein  54.32 
 
 
295 aa  89.7  1e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.541049  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1073  hypothetical protein  44.76 
 
 
591 aa  84  6e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0381  inner membrane protein  40 
 
 
890 aa  77.8  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.401126 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4783  zinc-binding domain protein, primase-helicase family  40 
 
 
890 aa  77.8  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3477  hypothetical protein  45.28 
 
 
631 aa  77.4  0.00000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00832403 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2917  hypothetical protein  41.98 
 
 
689 aa  76.6  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0301646 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2642  zinc-binding domain of primase-helicase family  43.68 
 
 
895 aa  76.3  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.740754  hitchhiker  0.00000000000696733 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0070  hypothetical protein  40.37 
 
 
582 aa  73.6  0.0000000000009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4214  hypothetical protein  40.57 
 
 
845 aa  73.2  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.363466  normal  0.433142 
 
 
-
 
NC_011888  Mnod_7731  protein of unknown function DUF927  48.15 
 
 
841 aa  68.2  0.00000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1626  hypothetical protein  40 
 
 
911 aa  67.8  0.00000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00166468  normal  0.0358334 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2819  hypothetical protein  41.11 
 
 
676 aa  66.2  0.0000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.14645  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0651  hypothetical protein  45.83 
 
 
627 aa  65.9  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.19875  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02077  hypothetical protein  35.29 
 
 
979 aa  65.9  0.0000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.777801  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1505  hypothetical protein  43.42 
 
 
633 aa  62.4  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.618483  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2370  hypothetical protein  81.82 
 
 
95 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1758  hypothetical protein  81.82 
 
 
95 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3881  P4 alpha zinc-binding domain-containing protein  35.64 
 
 
929 aa  53.9  0.0000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2244  hypothetical protein  38.89 
 
 
658 aa  53.9  0.0000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.696952  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0810  hypothetical protein  43.24 
 
 
930 aa  53.1  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3990  superfamily II helicase  36.14 
 
 
556 aa  52.4  0.000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4007  protein of unknown function DUF927  34.52 
 
 
899 aa  49.7  0.00001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0756  hypothetical protein  33.33 
 
 
711 aa  50.1  0.00001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1225  protein of unknown function DUF927  33.33 
 
 
515 aa  48.1  0.00004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0207229  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0552  hypothetical protein  38.81 
 
 
574 aa  47  0.00008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0680  P4 alpha zinc-binding domain protein  32.14 
 
 
713 aa  45.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000109484 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2096  protein of unknown function DUF927  32.35 
 
 
1051 aa  44.3  0.0006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0990242  normal  0.675674 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2368  protein of unknown function DUF927  30.39 
 
 
878 aa  44.3  0.0006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.124807  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0360  inner membrane protein  47.73 
 
 
443 aa  42  0.003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0346  superfamily II helicase  31.82 
 
 
553 aa  40.4  0.008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.079458 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04064  inner membrane protein  34.57 
 
 
580 aa  40  0.01  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>